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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGCGAATTAAGCGTTGGGGGTTGAGTGGATCAACAGTGCTGCGTGTAGTTTGTAGCCATGTCCGCTACCGCCTTCCCCGCGGCGTCTTGTGCTGTCAAGgtaaccgtggattctagtgttgggctgagtttaatgaattgtgccatgctcctggtgcttcgacttcgcctgtttgaaagttgtgtctggcaatgtgcct...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S135_29V6.2
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100447177|gb|CJ971476.1|CJ971476
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EST: gi|100445756|gb|CJ970055.1|CJ970055
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genomic: TTGTAGCCATGTCCGCTACCGCCTTCCCCGCGGCGTCTTGTGCTGTCAAGgtaaccgtgg ... caaattgtagGCTTCGGGATTCTCAGAATTCTCCGGAATCAAGAGCACTAACTCTGTCACC
EST: gi|100390360|gb|BY952768.1|BY952768
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genomic: TTGTAGCCATGTCCGCTACCGCCTTCCCCGCGGCGTCTTGTGCTGTCAAGgtaaccgtgg ... caaattgtagGCTTCGGGATTCTCAGAATTCTCCGGAATCAAGAGCACTAACTCTGTCACC
EST: gi|100391109|gb|BY953119.1|BY953119
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genomic: TTGTAGCCATGTCCGCTACCGCCTTCCCCGCGGCGTCTTGTGCTGTCAAGgtaaccgtgg ... caaattgtagGCTTCGGGATTCTCAGAATTCTCCGGAATCAAGAGCACTAACTCTGTCACC
EST: gi|100409716|gb|BY956070.1|BY956070
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genomic: TTGTAGCCATGTCCGCTACCGCCTTCCCCGCGGCGTCTTGTGCTGTCAAGgtaaccgtgg ... caaattgtagGCTTCGGGATTCTCAGAATTCTCCGGAATCAAGAGCACTAACTCTGTCACC
EST: gi|100425701|gb|BY958727.1|BY958727
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EST: gi|100356872|gb|BY965321.1|BY965321
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EST: gi|100376420|gb|BY986158.1|BY986158
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EST: gi|162265993|gb|FC442684.1|FC442684
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genomic: TTGTAGCCATGTCCGCTACCGCCTTCCCCGCGGCGTCTTGTGCTGTCAAGgtaaccgtgg ... caaattgtagGCTTCGGGATTCTCAGAATTCTCCGGAATCAAGAGCACTAACTCTGTCACC
EST: gi|18328351|gb|BJ160355.1|BJ160355
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EST: gi|100447310|gb|CJ971609.1|CJ971609
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EST: gi|100413327|gb|BY956617.1|BY956617
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EST: gi|208400254|gb|DC908915.1|DC908915
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EST: gi|100448385|gb|CJ972684.1|CJ972684
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EST: gi|100443711|gb|BY963808.1|BY963808
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EST: gi|208393257|gb|DC942425.1|DC942425
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EST: gi|100354988|gb|BY964942.1|BY964942
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EST: gi|100430110|gb|BY978252.1|BY978252
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EST: gi|208399830|gb|DC904702.1|DC904702
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EST: gi|100436669|gb|BY979466.1|BY979466
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EST: gi|100424423|gb|BY958477.1|BY958477
EST:     TTGTAGCCACGTCCGCTACCGCCTTCCCCGCGGCGTCTTGTGCTGTCAAG                         GCTTCGGGATTCTCAGAATTCTCCGGAATCAAGAGCACTAACTCTGTCACC
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EST: gi|100388562|gb|BY952164.1|BY952164
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EST: gi|100446725|gb|CJ971024.1|CJ971024
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EST: gi|100428077|gb|BY959271.1|BY959271
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EST: gi|100437565|gb|BY979716.1|BY979716
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EST: gi|18367806|gb|BJ199889.1|BJ199889
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EST: gi|100356849|gb|BY965310.1|BY965310
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genomic: TTGTAGCCATGTCCGCTACCGCCTTCCCCGCGGCGTCTTGTGCTGTCAAGgtaaccgtgg ... caaattgtagGCTTCGGGATTCTCAGAATTCTCCGGAATCAAGAGCACTAACTCTGTCACC
EST: gi|100412429|gb|BY974729.1|BY974729
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genomic: TTGTAGCCATGTCCGCTACCGCCTTCCCCGCGGCGTCTTGTGCTGTCAAGgtaaccgtgg ... caaattgtagGCTTCGGGATTCTCAGAATTCTCCGGAATCAAGAGCACTAACTCTGTCACC
EST: gi|100443614|gb|BY963711.1|BY963711
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genomic: TTGTAGCCATGTCCGCTACCGCCTTCCCCGCGGCGTCTTGTGCTGTCAAGgtaaccgtgg ... caaattgtagGCTTCGGGATTCTCAGAATTCTCCGGAATCAAGAGCACTAACTCTGTCACC
EST: gi|18361914|gb|BJ193981.1|BJ193981
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genomic: TTGTAGCCATGTCCGCTACCGCCTTCCCCGCGGCGTCTTGTGCTGTCAAGgtaaccgtgg ... caaattgtagGCTTCGGGATTCTCAGAATTCTCCGGAATCAAGAGCACTAACTCTGTCACC
EST: gi|18326252|gb|BJ158251.1|BJ158251
EST:     TTGTAGCCATGTCCGCTACCGCCTTCCCCGCGGCGTCTTGTGCTGTCAAG                         GCTTCGGGATTCTCAGAATTCTCCGGAATCAAGAGCACTAACTCTGTCACC
genomic: TTGTAGCCATGTCCGCTACCGCCTTCCCCGCGGCGTCTTGTGCTGTCAAGgtaaccgtgg ... caaattgtagGCTTCGGGATTCTCAGAATTCTCCGGAATCAAGAGCACTAACTCTGTCACC
EST: gi|100393240|gb|BY989791.1|BY989791
EST:     TTGTAGCCATGTCCGCTACCGCCTTCCCCGCGGCGTCTTGTGCTGTCAAG                         GCTTCGGGATTCTCAGAATTCTCCGGAATCAAGAGCACTAACTCTGTCACC
genomic: TTGTAGCCATGTCCGCTACCGCCTTCCCCGCGGCGTCTTGTGCTGTCAAGgtaaccgtgg ... caaattgtagGCTTCGGGATTCTCAGAATTCTCCGGAATCAAGAGCACTAACTCTGTCACC
EST: gi|100358917|gb|BY946753.1|BY946753
EST:     TTGTAGCCATGTCCGCTACCGCCTTCCCCGCGGCGTCTTGTGCTGTCAAG                         GCTTCGGGATTCTCAGAATTCTCCGGAATCAAGAGCACTAACTCTGTCACC
genomic: TTGTAGCCATGTCCGCTACCGCCTTCCCCGCGGCGTCTTGTGCTGTCAAGgtaaccgtgg ... caaattgtagGCTTCGGGATTCTCAGAATTCTCCGGAATCAAGAGCACTAACTCTGTCACC
EST: gi|162230022|gb|FC405962.1|FC405962
EST:     TTGTAGCCATGTCCGCTACCGCCTTCCCCGCGGCGTCTTGTGCTGTCAAG                         GCTTCGGGATTCTCAGAATTCTCCGGAATCAAGAGCACTAACTCTGTCACC
genomic: TTGTAGCCATGTCCGCTACCGCCTTCCCCGCGGCGTCTTGTGCTGTCAAGgtaaccgtgg ... caaattgtagGCTTCGGGATTCTCAGAATTCTCCGGAATCAAGAGCACTAACTCTGTCACC
EST: gi|162185629|gb|FC361522.1|FC361522
EST:     TTGTAGCCATGTCCGCTACCGCCTTCCCCGCGGCGTCTTGTGCTGTCAAG                         GCTTCGGGATTCTCAGAATTCTCCGGAATCAAGAGCACTAACTCTGTCACC
genomic: TTGTAGCCATGTCCGCTACCGCCTTCCCCGCGGCGTCTTGTGCTGTCAAGgtaaccgtgg ... caaattgtagGCTTCGGGATTCTCAGAATTCTCCGGAATCAAGAGCACTAACTCTGTCACC
EST: gi|162256440|gb|FC432471.1|FC432471
EST:     TTGTAGCCATGTCCGCTACCGCCTTCCCCGCGGCGTCTTGTGCTGTCAAG                         GCTTCGGGATTCTCAGAATTCTCCGGAATCAAGAGCACTAACTCTGTCACC
genomic: TTGTAGCCATGTCCGCTACCGCCTTCCCCGCGGCGTCTTGTGCTGTCAAGgtaaccgtgg ... caaattgtagGCTTCGGGATTCTCAGAATTCTCCGGAATCAAGAGCACTAACTCTGTCACC
EST: gi|100389987|gb|BY989067.1|BY989067
EST:     TTGTAGCCATGTCCGCTACCGCCTTCCCCGCGGCGTCTTGTGCTGTCAAG                         GCTTCGGGATTCTCAGAATTCTCCGGAATCAAGAGCACTAACTCTGTCACC
genomic: TTGTAGCCATGTCCGCTACCGCCTTCCCCGCGGCGTCTTGTGCTGTCAAGgtaaccgtgg ... caaattgtagGCTTCGGGATTCTCAGAATTCTCCGGAATCAAGAGCACTAACTCTGTCACC
EST: gi|100372544|gb|BY985650.1|BY985650
EST:     TTGTAGCCATGTCCGCTACCGCCTTCCCCGCGGCGTCTTGTGCTGTCAAG                         GCTTCGGGATTCTCAGAATTCTCCGGAATCAAGAGCACTAACTCTGTCACC
genomic: TTGTAGCCATGTCCGCTACCGCCTTCCCCGCGGCGTCTTGTGCTGTCAAGgtaaccgtgg ... caaattgtagGCTTCGGGATTCTCAGAATTCTCCGGAATCAAGAGCACTAACTCTGTCACC
EST: gi|100425409|gb|BY958580.1|BY958580
EST:     TTGTAGCCATGTCCGCTACCGCCTTCCCCGCGGCGTCTTGTGCTGTCAAG                         GCTTCGGGATTCTCAGAATTCTCCGGAATCAAGAGCACTAACTCTGTCACC
genomic: TTGTAGCCATGTCCGCTACCGCCTTCCCCGCGGCGTCTTGTGCTGTCAAGgtaaccgtgg ... caaattgtagGCTTCGGGATTCTCAGAATTCTCCGGAATCAAGAGCACTAACTCTGTCACC
EST: gi|100377629|gb|BY986333.1|BY986333
EST:     TTGTAGCCATGTCCGCTACCGCCTTCCCCGCGGCGTCTTGTGCTGTCAAG                         GCTTCGGGATTCTCAGAATTCTCCGGAATCAAGAGCACTAACTCTGTCACC
genomic: TTGTAGCCATGTCCGCTACCGCCTTCCCCGCGGCGTCTTGTGCTGTCAAGgtaaccgtgg ... caaattgtagGCTTCGGGATTCTCAGAATTCTCCGGAATCAAGAGCACTAACTCTGTCACC
EST: gi|162161224|gb|FC337287.1|FC337287
EST:     TTGTAGCCATGTCCGCTACCGCCTTCCCCGCGGCGTCTTGTGCTGTCAAG                         GCTTCGGGATTCTCAGAATTCTCCGGAATCAAGAGCACTAACTCTGTCACC
genomic: TTGTAGCCATGTCCGCTACCGCCTTCCCCGCGGCGTCTTGTGCTGTCAAGgtaaccgtgg ... caaattgtagGCTTCGGGATTCTCAGAATTCTCCGGAATCAAGAGCACTAACTCTGTCACC
EST: gi|100370184|gb|BY985284.1|BY985284
EST:     TTGTAGCCATGTCCGCTACCGCCTTCCCCGCGGCGTCTTGTGCTGTCAAG                         GCTTCGGGATTCTCAGAATTCTCCGGAATCAAGAGCACTAACTCTGTCACC
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