1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
CTTACTCTCCAGGTTTCCTCACCCTTCGTGCCGCTGCTTTGCATGCTCCTGAAGgtacctcttctgctgtgaagctccctcaggaagattgcttttagtgctgattaatgttgtccacgggctttttcaaaattttcttttttcccctctacat...
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S126_52V6.1 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CACCCTTCGTGCCGCTGCTTTGCATGCTCCTGAAG AGTTGAAACATGGTGAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGCCACTTCAAGEST: gi|162218145|gb|FC394982.1|FC394982
genomic: CACCCTTCGTGCCGCTGCTTTGCATGCTCCTGAAGgtacctcttc ... gtatgtgaagAGTTGAAACATGGTGAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGCCACTTCAAG
EST: TTCGTGCCGCTGCTTTGCATGCTCCTGAAG AGTTGAAACATGGTGAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGCCACTTCAAGEST: gi|162222749|gb|FC399003.1|FC399003
genomic: TTCGTGCCGCTGCTTTGCATGCTCCTGAAGgtacctcttc ... gtatgtgaagAGTTGAAACATGGTGAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGCCACTTCAAG
EST: CTTCGTGCCGCTGCTTTGCATGCTCCTGAAG AGTTGAAACATGGTGAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGCCACTTCAAGEST: gi|67699691|gb|BJ959924.1|BJ959924
genomic: CTTCGTGCCGCTGCTTTGCATGCTCCTGAAGgtacctcttc ... gtatgtgaagAGTTGAAACATGGTGAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGCCACTTCAAG
EST: TTCGTGCCGCTGCTTTGCATGCTCCTGAAG AGTTGAAACATGGTGAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGCCACTTCAAGEST: gi|67576194|gb|BJ949018.1|BJ949018
genomic: TTCGTGCCGCTGCTTTGCATGCTCCTGAAGgtacctcttc ... gtatgtgaagAGTTGAAACATGGTGAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGCCACTTCAAG
EST: CCCTTCGTGCCGCTGCTTTGCATGCTCCTGAAG AGTTGAAACATGGTGAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGCCACTTCAAGEST: gi|67699716|gb|BJ959949.1|BJ959949
genomic: CCCTTCGTGCCGCTGCTTTGCATGCTCCTGAAGgtacctcttc ... gtatgtgaagAGTTGAAACATGGTGAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGCCACTTCAAG
EST: GCCGCTGCTTTGCATGCTCCTGAAG AGTTGAAACATGGTGAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGCCACTTCAAGEST: gi|162252357|gb|FC426165.1|FC426165
genomic: GCCGCTGCTTTGCATGCTCCTGAAGgtacctcttc ... gtatgtgaagAGTTGAAACATGGTGAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGCCACTTCAAG
EST: GTGCCGCTGCTTTGCATGCTCCTGAAG AGTTGAAACATGGTGAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGCCACTTCAAGEST: gi|162274823|gb|FC450850.1|FC450850
genomic: GTGCCGCTGCTTTGCATGCTCCTGAAGgtacctcttc ... gtatgtgaagAGTTGAAACATGGTGAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGCCACTTCAAG
EST: TCGTGCCGCTGCTTTGCATGCTCCTGAAG AGTTGAAACATGGTGAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGCCACTTCAAGEST: gi|67574166|gb|BJ946990.1|BJ946990
genomic: TCGTGCCGCTGCTTTGCATGCTCCTGAAGgtacctcttc ... gtatgtgaagAGTTGAAACATGGTGAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGCCACTTCAAG
EST: CCCTTCGTGCCGCTGCTTTGCATGCTCCTGAAG AGTTGAAACATGGTGAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGCCACTTCAAGEST: gi|67698454|gb|BJ958687.1|BJ958687
genomic: CCCTTCGTGCCGCTGCTTTGCATGCTCCTGAAGgtacctcttc ... gtatgtgaagAGTTGAAACATGGTGAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGCCACTTCAAG
EST: GCCGCTGCTTTGCATGCTCCTGAAG AGTTGAAACATGGTGAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGCCACTTCAAGEST: gi|18351988|gb|BJ184040.1|BJ184040
genomic: GCCGCTGCTTTGCATGCTCCTGAAGgtacctcttc ... gtatgtgaagAGTTGAAACATGGTGAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGCCACTTCAAG
EST: CTCTCCAGGTTTCCTCACCCTTCGTGCCGCTGCTTTGCATGCTCCTGAAG AGTTGAAACATGGTGAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGCCACTTCAAGEST: gi|67697564|gb|BJ957797.1|BJ957797
genomic: CTCTCCAGGTTTCCTCACCCTTCGTGCCGCTGCTTTGCATGCTCCTGAAGgtacctcttc ... gtatgtgaagAGTTGAAACATGGTGAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGCCACTTCAAG
EST: CTCTCCAGGTTTCCTCACCCTTCGTGCCGCTGCTTTGCATGCTCCTGAAG AGTTGAAACATGGTGAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGCCACTTCAAGEST: gi|67573151|gb|BJ945975.1|BJ945975
genomic: CTCTCCAGGTTTCCTCACCCTTCGTGCCGCTGCTTTGCATGCTCCTGAAGgtacctcttc ... gtatgtgaagAGTTGAAACATGGTGAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGCCACTTCAAG
EST: TGCTTTGCATGCTCCTGAAG AGTTGACACATGGTGAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGCCACTTCAAGEST: gi|162274992|gb|FC450851.1|FC450851
genomic: TGCTTTGCATGCTCCTGAAGgtacctcttc ... gtatgtgaagAGTTGAAACATGGTGAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGCCACTTCAAG
EST: TCGTGCCGCTGCTTTGCATGCTCCTGAAG AGTTGAAACATGGTGAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGCCACTTCAAGEST: gi|67576924|gb|BJ949748.1|BJ949748
genomic: TCGTGCCGCTGCTTTGCATGCTCCTGAAGgtacctcttc ... gtatgtgaagAGTTGAAACATGGTGAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGCCACTTCAAG
EST: CCCTTCGTGCCGCTGCTTTGCATGCTCCTGAAG AGTTGAAACATGGTGAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGCCACTTCAAGEST: gi|67572987|gb|BJ945811.1|BJ945811
genomic: CCCTTCGTGCCGCTGCTTTGCATGCTCCTGAAGgtacctcttc ... gtatgtgaagAGTTGAAACATGGTGAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGCCACTTCAAG
EST: GCATGCTCCTGAAG AGTTGAAACATGGTGAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGCCACTTCAAGEST: gi|67696367|gb|BJ956600.1|BJ956600
genomic: GCATGCTCCTGAAGgtacctcttc ... gtatgtgaagAGTTGAAACATGGTGAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGCCACTTCAAG
EST: AGGTTTCCTCACCCTTCGTGCCGCTGCTTTGCATGCTCCTGAAG AGTTGAAACATGGTGAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGCCACTTCAAGEST: gi|162218146|gb|FC394983.1|FC394983
genomic: AGGTTTCCTCACCCTTCGTGCCGCTGCTTTGCATGCTCCTGAAGgtacctcttc ... gtatgtgaagAGTTGAAACATGGTGAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGCCACTTCAAG
EST: TTCGTGCCGCTGCTTTGCATGCTCCTGAAG AGTTGAAACATGGTGAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGCCACTTCAAG
genomic: TTCGTGCCGCTGCTTTGCATGCTCCTGAAGgtacctcttc ... gtatgtgaagAGTTGAAACATGGTGAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGCCACTTCAAG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CTTACTCTCCAGGTTTCCTCACCCTTCGTGCCGCTGCTTTGCATGCTCCTGAAGgtacctcttctgctgtgaagctccctcaggaagattgcttttagtgctgattaatgttgtccacgggctttttcaaaattttcttttttcccctctacat
- - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG