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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTCAAGTTTAAATTTCCTGAATGTATTGGATTGGTGCTCCAAGGGAGCCAGGTTCTTCGTCGTATCAAGGATAATTGTCAGATTCTTCACGAATTTAAGgtaattggcggtcgcatttttcatggggctgatgatggcccgtgagactgtttttgtggaattgaagtttctttgttcattgttttttttgatttttgat...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S101_201V6.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100450278|gb|CJ974183.1|CJ974183
EST:     AGGTTCTTCGTCGTATCAAGGATAATTGTCAGATTCTTCACGAATTTAAG                         GTGCTTGATCAGACATGAGAATGATCGAGCTATGAAGCAACGAGAGTCTCG
genomic: AGGTTCTTCGTCGTATCAAGGATAATTGTCAGATTCTTCACGAATTTAAGgtaattggcg ... atgtccttagGTGCTTGATCAGACATGAGAATGATCGAGCTATGAAGCAACGAGAGTCTCG
EST: gi|67571524|gb|BJ944348.1|BJ944348
EST:     AGGTTCTTCGTCGTATCAAGGATAATTGTCAGATTCTTCACGAATTTAAG                         GTGCTTGATCAGACATGAGAATGATCGAGCTATGAAGCAACGAGAGTCTCG
genomic: AGGTTCTTCGTCGTATCAAGGATAATTGTCAGATTCTTCACGAATTTAAGgtaattggcg ... atgtccttagGTGCTTGATCAGACATGAGAATGATCGAGCTATGAAGCAACGAGAGTCTCG
EST: gi|208390368|gb|DC933413.1|DC933413
EST:     AGGTTCTTCGTCGTATCAAGGATAATTGTCAGATTCTTCACGAATTTAAG                         GTGCTTGATCAGACATGAGAATGATCGAGCTATGAAGCAACGAGAGTCTCG
genomic: AGGTTCTTCGTCGTATCAAGGATAATTGTCAGATTCTTCACGAATTTAAGgtaattggcg ... atgtccttagGTGCTTGATCAGACATGAGAATGATCGAGCTATGAAGCAACGAGAGTCTCG
EST: gi|100397879|gb|BY953977.1|BY953977
EST:     AGGTTCTTCGTCGTATCAAGGATAATTGTCAGATTCTTCACGAATTTAAG                         GTGCTTGATCAGACATGAGAATGATCGAGCTATGAAGCAACGAGAGTCTCG
genomic: AGGTTCTTCGTCGTATCAAGGATAATTGTCAGATTCTTCACGAATTTAAGgtaattggcg ... atgtccttagGTGCTTGATCAGACATGAGAATGATCGAGCTATGAAGCAACGAGAGTCTCG
EST: gi|100359199|gb|BY965636.1|BY965636
EST:     AGGTTCTTCGTCGTATCAAGGATAATTGTCAGATTCTTCACGAATTTAAG                         GTGCTTGATCAGACATGAGAATGATCGAGCTATGAAGCAACGAGAGTCTCG
genomic: AGGTTCTTCGTCGTATCAAGGATAATTGTCAGATTCTTCACGAATTTAAGgtaattggcg ... atgtccttagGTGCTTGATCAGACATGAGAATGATCGAGCTATGAAGCAACGAGAGTCTCG
EST: gi|100397945|gb|BY954010.1|BY954010
EST:     AGGTTCTTCGTCGTATCAAGGATAATTGTCAGATTCTTCACGAATTTAAG                         GTGCTTGATCAGACATGAGAATGATCGAGCTATGAAGCAACGAGAGTCTCG
genomic: AGGTTCTTCGTCGTATCAAGGATAATTGTCAGATTCTTCACGAATTTAAGgtaattggcg ... atgtccttagGTGCTTGATCAGACATGAGAATGATCGAGCTATGAAGCAACGAGAGTCTCG
EST: gi|208358977|gb|DC939233.1|DC939233
EST:     AGGTTCTTCGTCGTATCAAGGATAATTGTCAGATTCTTCACGAATTTAAG                         GTGCTTGATCAGACATGANAATGATCGAGCTATGAAGCAACGAGAGTCTCG
genomic: AGGTTCTTCGTCGTATCAAGGATAATTGTCAGATTCTTCACGAATTTAAGgtaattggcg ... atgtccttagGTGCTTGATCAGACATGAGAATGATCGAGCTATGAAGCAACGAGAGTCTCG
EST: gi|100442345|gb|BY981369.1|BY981369
EST:     AGGTTCTTCGTCGTATCAAGGATAATTGTCAGATTCTTCACGAATTTAAG                         GTGCTTGATCAGACATGAGAATGATCGAGCTATGAAGCAACGAGAGTCTCG
genomic: AGGTTCTTCGTCGTATCAAGGATAATTGTCAGATTCTTCACGAATTTAAGgtaattggcg ... atgtccttagGTGCTTGATCAGACATGAGAATGATCGAGCTATGAAGCAACGAGAGTCTCG