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 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACGGACCCGCGCGTGGCGAAGACCGTGGTGGGAGATGCCCCCGAACAGATCGCATTGGCGCTCTCGACGCCGGATGCTATGTGGGTCTCTTGGGTCACCGgtaattgcccccttttctccatcgctgcaatgtttcttcgcggtgcctgtgacctagagtgttgttgtcacggcgctaattggtcacgtcgtgttttgatggtgacgctgtag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S101_103V6.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18366608|gb|BJ198687.1|BJ198687
EST:     CGCATTGGCGCTCTCGACGCCGGATGCTATGTGGGTCTCTTGGGTCACCG                         GCGATGCTCAGATTGGCTCGCAAGTGACCCCGCTTGACCCCTCGACTGTCG
genomic: CGCATTGGCGCTCTCGACGCCGGATGCTATGTGGGTCTCTTGGGTCACCGgtaattgccc ... gacgctgtagGCGATGCTCAGATTGGCTCGCAAGTGACCCCGCTTGACCCCTCGACTGTCG
EST: gi|18350104|gb|BJ182155.1|BJ182155
EST:     CGCATTGGCGCTCTCGACGCCGGATGCTATGTGGGTCTCTTGGGTCACCG                         GCGATGCTCAGATTGGCTCGCAAGTGACCCCGCTTGACCCCTCGACTGTCG
genomic: CGCATTGGCGCTCTCGACGCCGGATGCTATGTGGGTCTCTTGGGTCACCGgtaattgccc ... gacgctgtagGCGATGCTCAGATTGGCTCGCAAGTGACCCCGCTTGACCCCTCGACTGTCG
EST: gi|18354553|gb|BJ186610.1|BJ186610
EST:     CGCATTGGCGCTCTCGACGCCGGATGCTATGTGGGTCTCTTGGGTCACCG                         GCGATGCTCAGATTGGCTCGCAAGTGACCCCGCTTGACCCCTCGACTGTCG
genomic: CGCATTGGCGCTCTCGACGCCGGATGCTATGTGGGTCTCTTGGGTCACCGgtaattgccc ... gacgctgtagGCGATGCTCAGATTGGCTCGCAAGTGACCCCGCTTGACCCCTCGACTGTCG
EST: gi|18328917|gb|BJ160923.1|BJ160923
EST:     CGCATTGGCGCTCTCGACGCCGGATGCTATGTGGGTCTCTTGGGTCACCG                         GCGATGCTCAGATTGGCTCGCAAGTGACCCCGCTTGACCCCTCGACTGTCG
genomic: CGCATTGGCGCTCTCGACGCCGGATGCTATGTGGGTCTCTTGGGTCACCGgtaattgccc ... gacgctgtagGCGATGCTCAGATTGGCTCGCAAGTGACCCCGCTTGACCCCTCGACTGTCG
EST: gi|67718139|gb|BJ968398.1|BJ968398
EST:     CGCATTGGCGCTCTCGACGCCGGATGCTATGTGGGTCTCTTGGNTCACCG                         GCNATGCTCAGATTGGCTCGCAAGTGACCCCGCTTGACCCCTCGACTGTCN
genomic: CGCATTGGCGCTCTCGACGCCGGATGCTATGTGGGTCTCTTGGGTCACCGgtaattgccc ... gacgctgtagGCGATGCTCAGATTGGCTCGCAAGTGACCCCGCTTGACCCCTCGACTGTCG
EST: gi|100403621|gb|BY955018.1|BY955018
EST:     CGCATTGGCGCTCTCGACGCCGGATGCTATGTGGGTCTCTTGGGTCACCG                         GCGATGCTCAGATTGGCTCGCAAGTGACCCCGCTTGACCCCTCGACTGTCG
genomic: CGCATTGGCGCTCTCGACGCCGGATGCTATGTGGGTCTCTTGGGTCACCGgtaattgccc ... gacgctgtagGCGATGCTCAGATTGGCTCGCAAGTGACCCCGCTTGACCCCTCGACTGTCG
EST: gi|100424397|gb|BY958464.1|BY958464
EST:     CGCATTGGCGCTCTCGACGCCGGATGCTATGTGGGTCTCTTGGGTCACCG                         GCGATGCTCAGATTGGCTCGCAAGTGACCCCGCTTGACCCCTCGACTGTCG
genomic: CGCATTGGCGCTCTCGACGCCGGATGCTATGTGGGTCTCTTGGGTCACCGgtaattgccc ... gacgctgtagGCGATGCTCAGATTGGCTCGCAAGTGACCCCGCTTGACCCCTCGACTGTCG
EST: gi|100387294|gb|BY970438.1|BY970438
EST:     CGCATTGGCGCTCTCGACGCCGGATGCTATGTGGGTCTCTTGGGTCACCG                         GCGATGCTCAGATTGGCTCGCAAGTGACCCCGCTTGACCCCTCGACTGTCG
genomic: CGCATTGGCGCTCTCGACGCCGGATGCTATGTGGGTCTCTTGGGTCACCGgtaattgccc ... gacgctgtagGCGATGCTCAGATTGGCTCGCAAGTGACCCCGCTTGACCCCTCGACTGTCG
EST: gi|18342594|gb|BJ174629.1|BJ174629
EST:     CGCATTGGCGCTCTCGACGCCGGATGCTATGTGGGTCTCTTGGGTCACCG                         GCGATGCTCAGATTGGCTCGCAAGTGACCCCGCTTGACCCCTCGACTGTCG
genomic: CGCATTGGCGCTCTCGACGCCGGATGCTATGTGGGTCTCTTGGGTCACCGgtaattgccc ... gacgctgtagGCGATGCTCAGATTGGCTCGCAAGTGACCCCGCTTGACCCCTCGACTGTCG
EST: gi|100358921|gb|BY946755.1|BY946755
EST:     CGCATTGGCGCTCTCGACGCCGGATGCTATGTGGGTCTCTTGGGTCACCG                         GCGATGCTCAGATTGGCTCGCAAGTGACCCCGCTTGACCCCTCGACTGTCG
genomic: CGCATTGGCGCTCTCGACGCCGGATGCTATGTGGGTCTCTTGGGTCACCGgtaattgccc ... gacgctgtagGCGATGCTCAGATTGGCTCGCAAGTGACCCCGCTTGACCCCTCGACTGTCG
EST: gi|208348351|gb|DC905551.1|DC905551
EST:     CGCATTGGCGCTCTCGACGCCGGATGCTATGTGGGTCTCTTGGGTCACCG                         GCGATGCTCAAATTGGNTCGCAAGTGACCCCGCTTGACCCCTCGACTGTCG
genomic: CGCATTGGCGCTCTCGACGCCGGATGCTATGTGGGTCTCTTGGGTCACCGgtaattgccc ... gacgctgtagGCGATGCTCAGATTGGCTCGCAAGTGACCCCGCTTGACCCCTCGACTGTCG
EST: gi|100404807|gb|BY991293.1|BY991293
EST:     CGCATTGGCGCTCTCGACGCCGGATGCTATGTGGGTCTCTTGGGTCACCG                         GCGATGCTCAGATTGGCTCGCAAGTGACCCCGCTTGACCCCTCGACTGTCG
genomic: CGCATTGGCGCTCTCGACGCCGGATGCTATGTGGGTCTCTTGGGTCACCGgtaattgccc ... gacgctgtagGCGATGCTCAGATTGGCTCGCAAGTGACCCCGCTTGACCCCTCGACTGTCG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 33 (upstream exon), 34 (downstream exon)
Score: 6

ACGGACCCGCGCGTGGCGAAGACCGTGGTGGGAGATGCCCCCGAACAGATCGCATTGGCGCTCTCGACGCCGGATGCTATGTGGGTCTCTTGGGTCACCGgtaattgccc ... gacgctgtagGCGATGCTCAGATTGGCTCGCAAGTGACCCCGCTTGACCCCTCGACTGTCGGCAGCACGGTGCGCTACGGTCTTGCACCCGGCGTTTACACGTTTGAATC




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