Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAAACAATCAGAACTGAATTCAAAGATTGCACTGTTATTACTGTTGCGCACCGTATACCAACAGTTATGGACTGCACTATGGTCCTTGCAATGAGCGATGgtacgtttttcttattgcctacttattagaaatatattttatccgcttataatcactgtctaatggatcagcagttcagcactgcttattctggactata...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os11g05700.1
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os11g05700.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G111903_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 12
AAAACAATCAGAACTGAATTCAAAGATTGCACTGTTATTACTGTTGCGCACCGTATACCAACAGTTATGGACTGCACTATGGTCCTTGCAATGAGCGATGgtacgtttttcttattgcctacttattagaaat-atattttatccgcttataatcactgtctaatggatcagcagttcagcactgcttattctggactata---
|| || ||||| || || || | |||||||||||| || ||||| || ||||||||||| || ||||||||||||  |||||| ||||||||||| || |||| ||||| ||| |||   ||||  ||||  | | | |||||    ||        || |   | |  |   | |  |    ||   |  |   ||| ||   
AAGACGATCAGGACAGAGTTTAGAGATTGCACTGTCATCACTGTCGCACACCGTATACCCACCGTTATGGACTGCGATATGGTACTTGCAATGAGTGACGgtatgtttt-cttcttga--acttgctagatgttagagtttatgtatttgggtgttttgcccctttggcctata-tgtacttgtgggaaaccctaactctaaca

upper sequence: LOC_Os11g05700.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
lower sequence: AC234203.1_FGT004 (Zea mays), 5'ss of exon 10
AAAACAATCAGAACTGAATTCAAAGATTGCACTGTTATTACTGTTGCGCACCGTATACCAACAGTTATGGACTGCACTATGGTCCTTGCAATGAGCGATGgtacgtttttcttattgcctacttattagaaat-atattttatccgcttataat------cactgtctaatggatcagcagttcagcactgcttattctggactata---------------------
||||||||||| || || |||| ||| |||||||| || ||||| || ||||||||||| || || |||||||||| |||||| |||||| ||||||| |||| |||||  |  |   ||   ||| | |||| | | |  | |   ||| | |      | |||||| |  |||    ||  |     |||  | ||    |||                       
AAAACAATCAGGACAGAGTTCAGAGACTGCACTGTCATCACTGTCGCTCACCGTATACCCACTGTCATGGACTGCAGTATGGTACTTGCACTGAGCGACGgtatgttttcttcttgaacttgctataataaatcagaatcgaactaattagactgtgaaactctgtctga-agatagcaagcgcttacatgcgaagtccatgctaatgggttctcaaccaaattccag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29613678|gb|CB618691.1|CB618691
EST:     CCGTATACCAACAGTTATGGACTGTACTATGGTCCTTGCAATGAGCGATG                         GGAAAATGGTGGAGTATGACAAACCTATGAAGCTCATGGAAACTGAAGGAT
genomic: CCGTATACCAACAGTTATGGACTGCACTATGGTCCTTGCAATGAGCGATGgtacgttttt ... tcacttccagGGAAAATGGTGGAGTATGACAAACCTATGAAGCTCATGGAAACTGAAGGAT
EST: gi|29613679|gb|CB618692.1|CB618692
EST:     CCGTATACCAACAGTTATGGACTGTACTATGGTCCTTGCAATGAGCGATG                         GGAAAATGGTGGAGTATGACAAACCTATGAAGCTCATGGAAACTGAAGGAT
genomic: CCGTATACCAACAGTTATGGACTGCACTATGGTCCTTGCAATGAGCGATGgtacgttttt ... tcacttccagGGAAAATGGTGGAGTATGACAAACCTATGAAGCTCATGGAAACTGAAGGAT
EST: gi|29687974|gb|CB684249.1|CB684249
EST:     CCGTATACCAACAGTTATGGACTGCACTATGGTCCTTGCAATGAGCGATG                         GGAAAATGGTGGAGTATGACAAACCTATGAAGCTCATGGAAACTGAAGGAT
genomic: CCGTATACCAACAGTTATGGACTGCACTATGGTCCTTGCAATGAGCGATGgtacgttttt ... tcacttccagGGAAAATGGTGGAGTATGACAAACCTATGAAGCTCATGGAAACTGAAGGAT
EST: gi|86496773|gb|CI139406.1|CI139406
EST:     CCGTATACCAACAGTTATGGACTGCACTATGGTCCTTGCAATGAGCGATG                         GGAAAATGGTGGAGTATGACAAACCTATGAAGCTCATGGAAACTGAAGGAT
genomic: CCGTATACCAACAGTTATGGACTGCACTATGGTCCTTGCAATGAGCGATGgtacgttttt ... tcacttccagGGAAAATGGTGGAGTATGACAAACCTATGAAGCTCATGGAAACTGAAGGAT
EST: gi|27577866|gb|CB000561.1|CB000561
EST:     CAACAGTTATGGACTGCACTATGGTCCTTGCAATGAGCGATG                         GGAAAATGGTGGAGTATGACAAACCTATGAAGCTCATGGAAACTGAAGGAT
genomic: CAACAGTTATGGACTGCACTATGGTCCTTGCAATGAGCGATGgtacgttttt ... tcacttccagGGAAAATGGTGGAGTATGACAAACCTATGAAGCTCATGGAAACTGAAGGAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 50 (upstream exon), 72 (downstream exon)
Score: 19

AAAACAATCAGAACTGAATTCAAAGATTGCACTGTTATTACTGTTGCGCACCGTATACCAACAGTTATGGACTGCACTATGGTCCTTGCAATGAGCGATGgtacgttttt ... tcacttccagGGAAAATGGTGGAGTATGACAAACCTATGAAGCTCATGGAAACTGAAGGATCTCTCTTCCGAGATCTTGTCAAGGAGTACTGGTCATACGCATCGAATGG




<











<


<