Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGGCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATGgtaagtgtgtagaatttctttggagtctttgaaagaatttagcttgctgaaacaggagagaaatactaagttgagccttgtcttgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os10g39220.1
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os10g39220.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G174286_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 10
GTTGGCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATGgtaagtgtgtagaatttctttggagtctttgaaagaatttagcttgctgaaacaggagagaaatactaagttgagccttgtcttgcag------------
||||| ||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    |  | |||||||||| |  |    |  | |||      |  ||      |||  |  | | ||  ||     | |                
GTTGGGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcacttgcattttctttggattggtcatcattacttactccattccaaattataagacgttttgacttttgcagatacataagttttgttaaaccc

upper sequence: LOC_Os10g39220.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G003076_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 9
GTTGGCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATGgtaagtgtgtagaatttctttggagtctttgaaagaatt--tagcttgctgaaacagg------agagaaat--actaagttgagccttgtcttgcag
||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    |  |||||||||||| |  |  | || |||   || |         |||      | || |||  ||||| ||      | | ||||||
GTTGGCTATGTGACTACCATCTGTTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATGgtaagcaattgcaatttctttggactggtctatagtattaccagttcatgttggtaggtgtgtcaaaggaatccactaacttagcatgtatattgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|89176193|gb|CI043214.1|CI043214
EST:     GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATG                         ATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATGgtaagtgtgt ... tgtcttgcagATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|89174101|gb|CI041994.1|CI041994
EST:     GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATG                         ATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATGgtaagtgtgt ... tgtcttgcagATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|218492361|gb|FG955401.1|FG955401
EST:     GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATG                         ATGTGTCTCAACGCATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATGgtaagtgtgt ... tgtcttgcagATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|89182934|gb|CI045692.1|CI045692
EST:     GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATG                         ATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATGgtaagtgtgt ... tgtcttgcagATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|218502314|gb|FG958985.1|FG958985
EST:     GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATG                         ATGTGTCTCAACGCATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATGgtaagtgtgt ... tgtcttgcagATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|5002917|gb|AU068026.1|AU068026
EST:     GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATG                         ATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATGgtaagtgtgt ... tgtcttgcagATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|87035694|gb|CI190316.1|CI190316
EST:     GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATG                         ATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATGgtaagtgtgt ... tgtcttgcagATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|3768123|gb|AU032150.1|AU032150
EST:     CTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCCAGATGTGTCATG                         ATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: CTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGAT-CAGATGTGTCATGgtaagtgtgt ... tgtcttgcagATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|87035709|gb|CI190331.1|CI190331
EST:     GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATG                         ATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATGgtaagtgtgt ... tgtcttgcagATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|29664023|gb|CB660298.1|CB660298
EST:     GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATG                         ATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATGgtaagtgtgt ... tgtcttgcagATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|86256146|gb|CI007862.1|CI007862
EST:     GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATG                         ATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATGgtaagtgtgt ... tgtcttgcagATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|88534189|gb|CI462888.1|CI462888
EST:     CTTGATCAGATGTGTCATG                         ATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTGTGAACCAT
genomic: CTTGATCAGATGTGTCATGgtaagtgtgt ... tgtcttgcagATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|9865751|gb|AU101501.1|AU101501
EST:     CTGCTTTACTTGTTTCTTGATCCAGATGTGTCCATG                         ATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCA
genomic: CTGCTTTACTTGTTTCTTGAT-CAGATGTGT-CATGgtaagtgtgt ... tgtcttgcagATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCA
EST: gi|11118168|gb|AU163356.1|AU163356
EST:     GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATG                         ATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATGgtaagtgtgt ... tgtcttgcagATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|109711727|gb|CI028897.1|CI028897
EST:     GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATG                         ATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATGgtaagtgtgt ... tgtcttgcagATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|89173292|gb|CI041185.1|CI041185
EST:     GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATG                         ATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATGgtaagtgtgt ... tgtcttgcagATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|87032470|gb|CI266110.1|CI266110
EST:     GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATG                         ATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATGgtaagtgtgt ... tgtcttgcagATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|29663945|gb|CB660220.1|CB660220
EST:     GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATG                         ATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATGgtaagtgtgt ... tgtcttgcagATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|89182624|gb|CI113993.1|CI113993
EST:     GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATG                         ATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATGgtaagtgtgt ... tgtcttgcagATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|87028641|gb|CI266040.1|CI266040
EST:     GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATG                         ATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATGgtaagtgtgt ... tgtcttgcagATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|11173257|gb|AU164690.1|AU164690
EST:     GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATG                         ATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATGgtaagtgtgt ... tgtcttgcagATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|87035720|gb|CI190342.1|CI190342
EST:     GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATG                         ATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATGgtaagtgtgt ... tgtcttgcagATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|87031400|gb|CI261774.1|CI261774
EST:     GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATG                         ATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATGgtaagtgtgt ... tgtcttgcagATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|86501176|gb|CI143809.1|CI143809
EST:     GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATG                         ATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATGgtaagtgtgt ... tgtcttgcagATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|44666590|gb|CR280024.1|CR280024
EST:     GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATG                         ATGTGTCTCAACGCATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATGgtaagtgtgt ... tgtcttgcagATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|88963823|gb|CI031156.1|CI031156
EST:     GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATG                         ATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATGgtaagtgtgt ... tgtcttgcagATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|88834061|gb|CI077542.1|CI077542
EST:     GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATG                         ATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATGgtaagtgtgt ... tgtcttgcagATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|87035684|gb|CI190306.1|CI190306
EST:     GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATG                         ATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATGgtaagtgtgt ... tgtcttgcagATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|29663981|gb|CB660256.1|CB660256
EST:     GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATG                         ATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATGgtaagtgtgt ... tgtcttgcagATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|86854988|gb|CI263055.1|CI263055
EST:     GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATG                         ATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATGgtaagtgtgt ... tgtcttgcagATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|88215826|gb|CI215675.1|CI215675
EST:     GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATG                         ATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATGgtaagtgtgt ... tgtcttgcagATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|86258656|gb|CI065009.1|CI065009
EST:     GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATG                         ATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATGgtaagtgtgt ... tgtcttgcagATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|218490976|gb|FG962564.1|FG962564
EST:     GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTTTTGATCAGATGTGTCATG                         AAGTGTCTCAACGCATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATGgtaagtgtgt ... tgtcttgcagATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|88203392|gb|CI203241.1|CI203241
EST:     GCTACGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATG                         ATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATGgtaagtgtgt ... tgtcttgcagATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|29659575|gb|CB655850.1|CB655850
EST:     GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATG                         ATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATGgtaagtgtgt ... tgtcttgcagATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 57 (upstream exon), 72 (downstream exon)
Score: 40

GTTGGCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATGgtaagtgtgt ... tgtcttgcagATGTGTCTCAACACATTTGATAAAGCAGCTGACCTTGATGTTCTGAACCATCCGATTCTGAATTTCTTTTATTACTTG




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTGGCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATGgtaagtgtgtagaatttctttggagtctttgaaagaatttagcttgctgaaacaggagagaaatactaagttgagccttgtcttgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGATG