1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' |
CAGGAGTTGCTCTAGCTGGCCTACTTGGAGCTGTGAGAGCACAAGGTCGACCCCTCTCTGATTTTACTAAGCAGAAGATAGTTGTGGTGGGAGCTGGAAGgtatatgatatgtttgatatgcttgcatttttctatcagtttatttcatacaaggtatttcttgtcaaaagtctgtttcctccgttctaattcctctttagaatccag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os10g35960.1 |
intron # | 9 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GGGAGCTGGAAG TGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAACAGGCGATGCTAAGGATGCCEST: gi|58673493|gb|CK062179.1|CK062179
genomic: GGGAGCTGGAAGgtatatgata ... tagaatccagTGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAACAGGCGATGCTAAGGATGCC
EST: CCCCTCTCTGATTTTACTAAGCAGAAGATAGTTGTGGTGGGAGCTGGAAG TGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAACAGGCGATGCTAAGGATGCCEST: gi|58665242|gb|CK053928.1|CK053928
genomic: CCCCTCTCTGATTTTACTAAGCAGAAGATAGTTGTGGTGGGAGCTGGAAGgtatatgata ... tagaatccagTGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAACAGGCGATGCTAAGGATGCC
EST: CCCCTCTCTGATTTTACTAAGCAGAAGATAGTTGTGGTGGGAGCTGGAAG TGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAACAGGCGATGCTAAGGATGCCEST: gi|58601869|gb|CK012397.1|CK012397
genomic: CCCCTCTCTGATTTTACTAAGCAGAAGATAGTTGTGGTGGGAGCTGGAAGgtatatgata ... tagaatccagTGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAACAGGCGATGCTAAGGATGCC
EST: GCCCTCTCTGATTTTACTAAGCAGAAGATAGTTGTGGTGGGAGCTGGAAG TGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAACAGGCGATGCTAAGGATGCCEST: gi|58659006|gb|CK047686.1|CK047686
genomic: CCCCTCTCTGATTTTACTAAGCAGAAGATAGTTGTGGTGGGAGCTGGAAGgtatatgata ... tagaatccagTGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAACAGGCGATGCTAAGGATGCC
EST: CCCCTCTCTGATTTTACTAAGCAGAAGATAGTTGTGGTGGGAGCTGGAAG TGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAACAGGCGATGCTAAGGATGCCEST: gi|29624067|gb|CB629078.1|CB629078
genomic: CCCCTCTCTGATTTTACTAAGCAGAAGATAGTTGTGGTGGGAGCTGGAAGgtatatgata ... tagaatccagTGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAACAGGCGATGCTAAGGATGCC
EST: CCCCTCTCTGATTTTACTAAGCAGAAGATAGTTGTGGTGGGAGCTGGAAG TGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAACAGGCGATGCEST: gi|29662805|gb|CB659080.1|CB659080
genomic: CCCCTCTCTGATTTTACTAAGCAGAAGATAGTTGTGGTGGGAGCTGGAAGgtatatgata ... tagaatccagTGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAACAGGCGATGC
EST: CCCCTCTCTGATTTTACTAAGCAGAAGATAGTTGTGGTGGGAGCTGGAAG TGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAACAGGCGATGCTAAGGATGCCEST: gi|29687359|gb|CB683634.1|CB683634
genomic: CCCCTCTCTGATTTTACTAAGCAGAAGATAGTTGTGGTGGGAGCTGGAAGgtatatgata ... tagaatccagTGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAACAGGCGATGCTAAGGATGCC
EST: CCCCTCTCTGATTTTACTAAGCAGAAGATAGTTGTGGTGGGAGCTGGAAG TGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAACAGGCGATGCTEST: gi|29624065|gb|CB629076.1|CB629076
genomic: CCCCTCTCTGATTTTACTAAGCAGAAGATAGTTGTGGTGGGAGCTGGAAGgtatatgata ... tagaatccagTGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAACAGGCGATGCT
EST: CCCCTCTCTGATTTTACTAAGCAGAAGATAGTTGTGGTGGGAGCTGGAAG TGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAAEST: gi|29678813|gb|CB675088.1|CB675088
genomic: CCCCTCTCTGATTTTACTAAGCAGAAGATAGTTGTGGTGGGAGCTGGAAGgtatatgata ... tagaatccagTGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAA
EST: CCCCTCTCTGATTTTACTAAGCAGAAGATAGTTGTGGTGGGAGCTGGAAG TGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAACAGGCGATGCTAAGGATGCC
genomic: CCCCTCTCTGATTTTACTAAGCAGAAGATAGTTGTGGTGGGAGCTGGAAGgtatatgata ... tagaatccagTGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAACAGGCGATGCTAAGGATGCC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CAGGAGTTGCTCTAGCTGGCCTACTTGGAGCTGTGAGAGCACAAGGTCGACCCCTCTCTGATTTTACTAAGCAGAAGATAGTTGTGGTGGGAGCTGGAAGgtatatgatatgtttgatatgcttgcatttttctatcagtttatttcatacaaggtatttcttgtcaaaagtctgtttcctccgttctaattcctctttagaatccag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG