1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
CTGTGCTGGTACGGGTGGTTCTATGCTTATCATTGGCTCTGCAGCAGGTGTGGCTTTCATGGGAATGGAAAAGGTGGATTTCTTTTGGTATTTCCGCAAGgtaaattgaacttttactctaataataagtggagctgtggaacaacttacacaatacagaatcgtatgttacagaacaagaaacttattcggtgtggttg...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os09g02214.1 |
intron # | 9 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTTCATGGGAATGGAAAAGGTGGATTTCTTTTGGTATTTCCGCAAG GTGAGTGGTTTTGCCCTTGCAGGTTATGCAGCTGGTATCATCACTTATCTAEST: gi|86477900|gb|CI120533.1|CI120533
genomic: TTTCATGGGAATGGAAAAGGTGGATTTCTTTTGGTATTTCCGCAAGgtaaattgaa ... ggttttgcagGTGAGTGGTTTTGCCCTTGCAGGTTATGCAGCTGGTATCATCACTTATCTA
EST: TGGCTTTCATGGGAATGGAAAAGGTGGATTTCTTTTGGTATTTCCGCAAG GTGAGTGGTTTTGCCCTTGCAGGTTATGCAGCTGGTATCATCACTTATCTAEST: gi|16578636|gb|BI812731.1|BI812731
genomic: TGGCTTTCATGGGAATGGAAAAGGTGGATTTCTTTTGGTATTTCCGCAAGgtaaattgaa ... ggttttgcagGTGAGTGGTTTTGCCCTTGCAGGTTATGCAGCTGGTATCATCACTTATCTA
EST: T-GCTTTCATGGGAATGGAAAAGGTGGATTTCTTTTGGTATTTCCGC-AG GTGAGTGGTTTTGCCCTTGCAGGTTATGCAGCTGGTATCATCACTTATCTAEST: gi|88844788|gb|CI021363.1|CI021363
genomic: TGGCTTTCATGGGAATGGAAAAGGTGGATTTCTTTTGGTATTTCCGCAAGgtaaattgaa ... ggttttgcagGTGAGTGGTTTTGCCCTTGCAGGTTATGCAGCTGGTATCATCACTTATCTA
EST: TGGCTTTCATGGGAATGGAAAAGGTGGATTTCTTTTGGTATTTCCGCAAG GTGAGTGGTTTTGCCCTTGCAGGTTATGCAGCTGGTATCATCACTTATCTAEST: gi|86524663|gb|CI164869.1|CI164869
genomic: TGGCTTTCATGGGAATGGAAAAGGTGGATTTCTTTTGGTATTTCCGCAAGgtaaattgaa ... ggttttgcagGTGAGTGGTTTTGCCCTTGCAGGTTATGCAGCTGGTATCATCACTTATCTA
EST: ATTTCCGCAAG GTGAGTGGTTTTGCCCTTGCAGGTTATGCAGCTGGTATTATCACTTATCTAEST: gi|86413982|gb|CI068189.1|CI068189
genomic: ATTTCCGCAAGgtaaattgaa ... ggttttgcagGTGAGTGGTTTTGCCCTTGCAGGTTATGCAGCTGGTATCATCACTTATCTA
EST: TTTCATGGGAATGGAAAAGGTGGATTTCTTTTGGTATTTCCGCAAG GTGAGTGGTTTTGCCCTTGCAGGTTATGCAGCTGGTATCATCACTGATCTAEST: gi|88972218|gb|CI018665.1|CI018665
genomic: TTTCATGGGAATGGAAAAGGTGGATTTCTTTTGGTATTTCCGCAAGgtaaattgaa ... ggttttgcagGTGAGTGGTTTTGCCCTTGCAGGTTATGCAGCTGGTATCATCACTTATCTA
EST: TGGCTTTCATGGGAATGGAAAAGGTGGATTTCTTTTGGTATTTCCGCAAG GTGAGTGGTTTTGCCCTTGCAGGTTATGCAGCTGGTATCATCACTTATCTA
genomic: TGGCTTTCATGGGAATGGAAAAGGTGGATTTCTTTTGGTATTTCCGCAAGgtaaattgaa ... ggttttgcagGTGAGTGGTTTTGCCCTTGCAGGTTATGCAGCTGGTATCATCACTTATCTA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CTGTGCTGGTACGGGTGGTTCTATGCTTATCATTGGCTCTGCAGCAGGTGTGGCTTTCATGGGAATGGAAAAGGTGGATTTCTTTTGGTATTTCCGCAAGgtaaattgaacttttactctaataataagtggagctgtggaacaacttacacaatacagaatcgtatgttacagaacaagaaacttattcggtgtggttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA