Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTCTGGAGCTGTTCTGGCAAGGTCATCTCAGCCATTGGTAGGATTGATGATGAATTTTCGGAAgtgagaccatatccatcttaatttatttgatgcatgcactgacttctgaatgccgttggtctaaacatatgtcattctttgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os08g44260.1
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os08g44260.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G449163_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 1
-GGTCTGGAGCTGTTCTGGCAAGGTCATCTCAGCCATTGGTAGGATTGATGATGAATTTTCGGAAgtgagaccatatccatcttaatttatttga-tgcatgcactgacttct-gaatgccgttggtctaaacatatgtcattctttgcag
 ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| || ||||||||||| ||| | |||||||    |||| |||| ||||   | ||   | |||  |  ||||| ||||   ||||||||||   || | |||| | || ||
GGGTCTGGAGCTGTTCTGGCAAGGTCATCTCAGCCGATGGTGGGGTTGATGATGAACTTTAGAAAgtgagtttgtatctatctaaattgcctggaacacttgctgtctcttcttgaatttggttggtctaatgttaggacattgtctgtag