Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGGTTAGAGGTGGAAGGCGAATCTCGGTATCCATTTATGATTTGGTTGCTGGTGATGTTGTGCCACTTAAAATTGGTGACCAGgtgcatagtctatcgagcttgtcatttgaaccatttgtttgccaatataaattgtggataattataatttgtttgccag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g51610.3
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os04g51610.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G140328_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 9
GTGGTTAGAGGTGGAAGGCGAATCTCGGTATCCATTTATGATTTGGTTGCTGGTGATGTTGTGCCACTTAAAATTGGTGACCAGgtgcata-gtctatcgagcttg----tcattt--gaaccatttgtttgccaatataaattgtggataattataatttgtttgccag
|| ||||||||||||||||||||| | ||||| || ||||||||||||| ||| |||||||| || || |||||||||||||||||  | | | | |  |||| ||    ||||||  ||  ||| ||| | |   || |   |  |||||       ||| ||||||||
GTTGTTAGAGGTGGAAGGCGAATCACAGTATCAATATATGATTTGGTTGTTGGAGATGTTGTCCCTCTCAAAATTGGTGACCAGgtagagaaggccactgagcatgagcctcatttctgagtcatgtgtctacttctaaattctaaggataccctatttttttttgccag

upper sequence: LOC_Os04g51610.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G391042_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 9
GTGGTTAGAGGTGGAAGGCGAATCTCGGTATCCATTTATGATTTGGTTGCTGGTGATGTTGTGCCACTTAAAATTGGTGACCAGgtgcatagt-ctatcgagcttg----tca---tttgaaccatttgtttgccaatataaattgtggataa-ttataatttgtttgccag
|| |||||||| |||||||||||| ||||||| || |||||||||||||  ||||||||||| || || |||||||||||||||||  | |   | || |||| ||    |||   || ||  ||| ||| |      |     | ||||||  ||||||||| ||||||||
GTTGTTAGAGGCGGAAGGCGAATCACGGTATCAATATATGATTTGGTTGTCGGTGATGTTGTCCCTCTCAAAATTGGTGACCAGgtagagaaagccattgagcatgagcctcaattttcgattcatgtgtctattttcaattcctatggataccttataatttctttgccag