1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
GTTGGATATGTGACAACCATATGCTTTTCTGGCTTCTTGATCAGATGCGTAATGgtacgtcctatgtcaatattatgttagggaggtcttcagactttaattactccacttaattagagcatcttacag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g02850.2 |
intron # | 9 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GATATGTGACAACCATATGCTTTTCTGGCTTCTTGATCAGATGCGTAATGAGCATCTTACAGEST: gi|86413919|gb|CI068126.1|CI068126
genomic: GATATGTGACAACCATATGCTTTTCTGGCTTCTTGATCAGATGCG---T-A--A---T---Ggtacgtccta ...
EST: GATATGTGACAACAATATGCTTTTCTGGCTTCTGGATCAGATGCGTAATG ATGTGCTTAAATGCGTTTGATAAATAAGCCGATCTTGATGTTCTGAACCATEST: gi|29664030|gb|CB660305.1|CB660305
genomic: GATATGTGACAACCATATGCTTTTCTGGCTTCTTGATCAGATGCGTAATGgtacgtccta ... catcttacagATGTGCTTAAATGCGTTTGATAAAGAAGCCGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: GATATGTGACAACCATATGCTTTTCTGGCTTCTTGATCAGATGCGTAATG ATGTGCTTAAATGCGTTTGATAAAGAAGCCGATCTTGATGTTCTGAACCATEST: gi|41881458|gb|BX927423.1|BX927423
genomic: GATATGTGACAACCATATGCTTTTCTGGCTTCTTGATCAGATGCGTAATGgtacgtccta ... catcttacagATGTGCTTAAATGCGTTTGATAAAGAAGCCGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: GATATGTGACAACCATATGCTTTTCTGGCTTCTTGATCAGATGCGTAATG ATGTGCTTAAATGCGTTTGATAAAGAAGCCGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GATATGTGACAACCATATGCTTTTCTGGCTTCTTGATCAGATGCGTAATGgtacgtccta ... catcttacagATGTGCTTAAATGCGTTTGATAAAGAAGCCGATCTTGATGTTCTGAACCAT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTTGGATATGTGACAACCATATGCTTTTCTGGCTTCTTGATCAGATGCGTAATGgtacgtcctatgtcaatattatgttagggaggtcttcagactttaattactccacttaattagagcatcttacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG