Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTCATTTGGCTGTATAGTCGCTGAACTATATATAGGATTGCCTTTATTTCCTGGAGCGTCAGAATACGATGTCCTATGCCGTATGATTGAGATTCTCGGgttagtacatctgattgaacttttccctcccttttcttcattacaaccaacaatttacagtgaaaataacttatattcaattactttgtaactgtctgagttctttcacttctgttcttaacttttcagaaatgttacaacattgcttttatggaaattcaaaagtgtttttaaacatgtttgcctttttcttatacag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g47410.2
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58607868|gb|CK035901.1|CK035901
EST:     CCTGGAGCGTCAGAATACGATGTCCTATGCCGTATGATTGAGATTCTCGG                         TGGACAACCACCAGATGATCTGCTACGGGAGGCTAAAAATACTGGGAGATT
genomic: CCTGGAGCGTCAGAATACGATGTCCTATGCCGTATGATTGAGATTCTCGGgttagtacat ... tcttatacagTGGACAACCACCAGATGATCTGCTACGGGAGGCTAAAAATACTGGGAGATT
EST: gi|29638402|gb|CB643411.1|CB643411
EST:     CCTGGAGCGTCAGAATACGATGTCCTATGCCGTATGATTGAGATTCTCGG                         TGGACAACCACCAGATGATCTGCTACGGGAGGCTAAAAATACTGGGAGATT
genomic: CCTGGAGCGTCAGAATACGATGTCCTATGCCGTATGATTGAGATTCTCGGgttagtacat ... tcttatacagTGGACAACCACCAGATGATCTGCTACGGGAGGCTAAAAATACTGGGAGATT
EST: gi|58673354|gb|CK062040.1|CK062040
EST:     CCTGGAGCGTCAGAATACGATGTACTATGCCGTATGATTGAGATTCTCGG                         TGGACAACCACCAGATGATCTGCTACGGGAGGCTAAAAATACTGGGAGATT
genomic: CCTGGAGCGTCAGAATACGATGTCCTATGCCGTATGATTGAGATTCTCGGgttagtacat ... tcttatacagTGGACAACCACCAGATGATCTGCTACGGGAGGCTAAAAATACTGGGAGATT
EST: gi|58610888|gb|CK038600.1|CK038600
EST:     CCTGGAGCGTCAGAATACGATGTCCTATGCCGTATGATTGAGATTCTCGG                         TGGACAACCACCAGATGATCTGCTACGGGAGGCT
genomic: CCTGGAGCGTCAGAATACGATGTCCTATGCCGTATGATTGAGATTCTCGGgttagtacat ... tcttatacagTGGACAACCACCAGATGATCTGCTACGGGAGGCT