Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATTTCTTCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTGgtgagttaaatgtagtgtttgtttaggatggaaagaagatttgtctccttttccacgcgtgctttccgaactactaaatggtatgattttataaaatttc...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g40030.1
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g40030.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G020976_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 9
GATTTCTTCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTGgtgagttaaatgtagtgtttgtttaggatggaaagaagatttgtctccttttccacgcgtgctttccgaactactaaatggtatgattttataaaatttc
|||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||| || ||||   |||  |  ||  ||| |  |  |   |  ||||| || | | |||   ||   | | ||   || || |  |   ||             
GATTTCTTCACCGTTGGAATTGGTTGGGTGCTATTTGGTGGTCTTCCTTTTGATCTTgtaagtttt-tgtccttgtttcttatg-cgccatttatctttgtatcatctccca---gtaaatactgag--accaagttttcgtatgcag---------

upper sequence: LOC_Os02g40030.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G133226_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 9
GATTTCTTCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTGgtgagttaaatgtagtgtttgtttaggatggaaagaagatttgtctccttttccacgcgtgctttccgaactactaaatggtatgattttataaaatttc
|||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||| || ||||    ||  ||||| |     |||  |   |  ||||| |  | | |||   |||  | | ||||  | |||  || |   | |  |       
GATTTCTTCACCGTTGGAATTGGTTGGGTGCTATTTGGTGGACTTCCTTTTGATCTTgtaagttttgggtcttgtttct-----atgccacttatctttgtataatctccca---gtgaatactgaac--ccaaa--gttttcgtgtgcag------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29670135|gb|CB666410.1|CB666410
EST:     TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTG                         CTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
genomic: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTGgtgagttaaa ... cttatggcagCTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
EST: gi|86903038|gb|CI324508.1|CI324508
EST:     TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTG                         CTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
genomic: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTGgtgagttaaa ... cttatggcagCTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
EST: gi|38479464|gb|CF963579.1|CF963579
EST:     TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTG                         CTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
genomic: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTGgtgagttaaa ... cttatggcagCTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
EST: gi|29671157|gb|CB667432.1|CB667432
EST:     TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTG                         CTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
genomic: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTGgtgagttaaa ... cttatggcagCTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
EST: gi|58590510|gb|CF988818.1|CF988818
EST:     TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTG                         CTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
genomic: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTGgtgagttaaa ... cttatggcagCTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
EST: gi|25806370|gb|CA762331.1|CA762331
EST:     TTACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTG                         CTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
genomic: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTGgtgagttaaa ... cttatggcagCTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
EST: gi|88217572|gb|CI217421.1|CI217421
EST:     TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTG                         CTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
genomic: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTGgtgagttaaa ... cttatggcagCTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
EST: gi|58683170|gb|CK071857.1|CK071857
EST:     TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTG                         CTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
genomic: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTGgtgagttaaa ... cttatggcagCTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
EST: gi|88223457|gb|CI223306.1|CI223306
EST:     TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTG                         CTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
genomic: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTGgtgagttaaa ... cttatggcagCTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
EST: gi|29670136|gb|CB666411.1|CB666411
EST:     TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTG                         CTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
genomic: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTGgtgagttaaa ... cttatggcagCTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
EST: gi|88431822|gb|CI557479.1|CI557479
EST:     TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTG                         CTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
genomic: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTGgtgagttaaa ... cttatggcagCTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
EST: gi|88217560|gb|CI217409.1|CI217409
EST:     TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTG                         CTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
genomic: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTGgtgagttaaa ... cttatggcagCTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
EST: gi|29672495|gb|CB668770.1|CB668770
EST:     TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTG                         CTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
genomic: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTGgtgagttaaa ... cttatggcagCTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
EST: gi|2310116|gb|C26271.1|C26271
EST:     TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTG                         CTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATNCC
genomic: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTGgtgagttaaa ... cttatggcagCTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
EST: gi|58606587|gb|CK034620.1|CK034620
EST:     CGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTG                         CTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
genomic: CGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTGgtgagttaaa ... cttatggcagCTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
EST: gi|86895856|gb|CI316062.1|CI316062
EST:     TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTG                         CTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
genomic: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTGgtgagttaaa ... cttatggcagCTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
EST: gi|86853090|gb|CI324792.1|CI324792
EST:     TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTG                         CTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
genomic: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTGgtgagttaaa ... cttatggcagCTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
EST: gi|86426437|gb|CI071534.1|CI071534
EST:     TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTG                         CTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
genomic: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTGgtgagttaaa ... cttatggcagCTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
EST: gi|86903039|gb|CI324509.1|CI324509
EST:     TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTG                         CTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
genomic: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTGgtgagttaaa ... cttatggcagCTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 57 (upstream exon), 41 (downstream exon)
Score: 17

GATTTCTTCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTGgtgagttaaa ... cttatggcagCTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCCTACTGCAAGATCAAAGGGAAGTAGATACGGATGTCCAGTGGGGGTCTGA




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GATTTCTTCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTGgtgagttaaatgtagtgtttgtttaggatggaaagaagatttgtctccttttccacgcgtgctttccgaactactaaatggtatgattttataaaatttc

- - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG