1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
CTTCTATTTCCAACAGGAGATGCTGCACGCCCATTCTCTATGCTTGGGCTTGGTGACATTGTGATACCTGgttagtaatgaaatctttagaatgtttagtgctattttttttctggtctatgatttctgattggataccgatgactgatgaatgccatatgagagtgaca...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g02530.1 |
intron # | 9 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGCTGCACGCCCATTCTCTATGCTTGGGCTTGGTGACATTGTGATACCTG GTATATTTGTTGCGCTAGCACTGCGGTTTGATGTCTCAAGAGGAATTAAGAEST: gi|58684751|gb|CK073438.1|CK073438
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genomic: TGCTGCACGCCCATTCTCTATGCTTGGGCTTGGTGACATTGTGATACCTGgttagtaatg ... ttgtttccagGTATATTTGTTGCGCTAGCACTGCGGTTTGATGTCTCAAGAGGAATTAAGA
EST: ACATTGTGATACCTG GTATATTTGTTGCGCTAGCNCTGCGGTTTGATGTCTCANGNGGANTTTAAGEST: gi|3764135|gb|AU030635.1|AU030635
genomic: ACATTGTGATACCTGgttagtaatg ... ttgtttccagGTATATTTGTTGCGCTAGCACTGCGGTTTGATGTCTCAAGAGGA-ATTAAG
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genomic: TGCTGCACGCCCATTCTCTATGCTTGGGCTTGGTGACATTGTGATACCTGgttagtaatg ... ttgtttccagGTATATTTGTTGCGCTAGCACTGCGGTTTGATGTCTCAAGAGGAATTAAGA
EST: TGCTGCACGCCCATTCTCTATGCTTGGGCTTGGTGACATTGTGATACCTG GTATATTTGTTGCGCTAGCACTGCGGTTTGATGTCTCAAGAGGAATTAAGAEST: gi|29660567|gb|CB656842.1|CB656842
genomic: TGCTGCACGCCCATTCTCTATGCTTGGGCTTGGTGACATTGTGATACCTGgttagtaatg ... ttgtttccagGTATATTTGTTGCGCTAGCACTGCGGTTTGATGTCTCAAGAGGAATTAAGA
EST: TGCTGCACGCCCATTCTCTATGCTTGGGCTTGGTGACATTGTGATACCTG GTATATTTGTTGCGCTAGCACTGCGGTTTGATGTCTCAAGAGGAATTAAGA
genomic: TGCTGCACGCCCATTCTCTATGCTTGGGCTTGGTGACATTGTGATACCTGgttagtaatg ... ttgtttccagGTATATTTGTTGCGCTAGCACTGCGGTTTGATGTCTCAAGAGGAATTAAGA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CTTCTATTTCCAACAGGAGATGCTGCACGCCCATTCTCTATGCTTGGGCTTGGTGACATTGTGATACCTGgttagtaatgaaatctttagaatgtttagtgctattttttttctggtctatgatttctgattggataccgatgactgatgaatgccatatgagagtgaca
- - - - - - - - - - TGCTGC