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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTGCTGCCTCCAAATCAGCAGAAGTATGCGAACATAATCATGCTTAGATCCTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTGgtatgttcattctttttttttcctgttggttaccagtcgttgacaaattgaatagcggcataacatctgttcttaag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g01100.1
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g01100.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G105192_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 8
TTGCTGCCTCCAAATCAGCAGAAGTATGCGAACATAATCATGCTTAGATCCTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTGgtatgttcat-----tctttttttttcctgttggttaccagtcgttgacaaattgaatagcggcataacatctgttcttaag--------------------
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TTGCTTCCACCAAATCAACAGAAGTACTCAAACATAGTCATGCTTAGATCAGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTGgtaagttcatgagcgtatttggtacactaataaggtgtttggt-ttgagaaataagttagtc-cattatcttctcactcacttttttgtttggttttgtaga

upper sequence: LOC_Os02g01100.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G134888_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 9
TTGCTGCCTCCAAATCAGCAGAAGTATGCGAACATAATCATGCTTAGATCCTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTGgtatgttcattctttttttttcctgttggttaccagtcgt--tgacaaattgaatagcggcataacatctgttcttaag
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CTGCTGCCACCAAACCAACAAAAGTATTCTACAATAATCATGCTTAGATCATCTCTGGTGATATCAACCCTCCTGATTGCTCTATCTGTGCCTTTCTTTGgtaagtgcatagtatttaatcctcaaagatctccaaccggcataccatactaatcatttgcatcttaacttttgatag-
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86498766|gb|CI141399.1|CI141399
EST:     CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGT-CCC--C-TT-                         CTTT----GGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTG
genomic: CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTGgtatgttcat ... tgttcttaagCTTTGACAGGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTG
EST: gi|27548100|gb|CA766182.2|CA766182
EST:     CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGT-CCC--C-TT-                         CTTT----GGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTG
genomic: CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTGgtatgttcat ... tgttcttaagCTTTGACAGGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTG
EST: gi|29659581|gb|CB655856.1|CB655856
EST:     CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGT-CCC--C-TT-                         CTTT----GGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTG
genomic: CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTGgtatgttcat ... tgttcttaagCTTTGACAGGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTG
EST: gi|89167449|gb|CI038956.1|CI038956
EST:     CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGT-CCC--C-TT-                         CTTT----GGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTG
genomic: CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTGgtatgttcat ... tgttcttaagCTTTGACAGGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTG
EST: gi|29678444|gb|CB674719.1|CB674719
EST:     CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTG                         ----G---G--CTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTG
genomic: CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTGgtatgttcat ... tgttcttaagCTTTGACAGGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTG
EST: gi|87006659|gb|CI295042.1|CI295042
EST:     CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTG                         CTTTGACAGGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTT
genomic: CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTGgtatgttcat ... tgttcttaagCTTTGACAGGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTT
EST: gi|29663318|gb|CB659593.1|CB659593
EST:     CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGT-CCC--C-TT-                         CTTT----GGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTG
genomic: CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTGgtatgttcat ... tgttcttaagCTTTGACAGGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTG
EST: gi|88980182|gb|CI026471.1|CI026471
EST:     CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTG                         CTTTGACAGGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTG
genomic: CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTGgtatgttcat ... tgttcttaagCTTTGACAGGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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TTGCTGCCTCCAAATCAGCAGAAGTATGCGAACATAATCATGCTTAGATCCTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTGgtatgttcattctttttttttcctgttggttaccagtcgttgacaaattgaatagcggcataacatctgttcttaag

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