Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GACTTCGGAGTCTTTTTCACCCATATGCCTTCCAAGATACAATTCTATGGCTTTCTTATATGCTTATGTTCATTTTTTTGATgtgagtcaaatatatcatctgaatatgtatgctttttaatctgtgtcgaaataacttataagtacaataaatagtgctaatgtattgaggtgtgatatct...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g74460.1
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g74460.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G179732_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 2
GACTTCGGAGTCTTTTTCACCCATATGCCTTCCAAGATACAATTCTATGGCTTTCTTATATGCTTATGTTCATTTTTTTGATgtgagtcaaatatat-catctgaata--tgtat-gctttttaatctgtgtcgaaataacttataagtacaataaatagtgctaatgtattgaggtgtgatatct
 ||||| |||||||||  |||||||||  | |||||||||||| ||||||| | |||  |||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||| ||| ||||||  ||||| | |||   ||   | ||   |  |  || |       | |  ||      |  |||  ||  | || |  
AACTTCAGAGTCTTTTGTACCCATATGTTTGCCAAGATACAATCCTATGGCCTACTTGCATGCTTATGTTCATTTTTTTGACgtgagtgaaatctatacatgtgaataactgtattggtttaccattcttatcagcacgagatacat---tgcttacaagaataggtacattaggggtttatgtt-

upper sequence: LOC_Os01g74460.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
lower sequence: Vv06s0004g02820.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 9
GACTTCGGAGTCTTTTTCACCCATATGCCTTCCAAGATACAATTCTATGGCTTTCTTATATGCTTATGTTCATTTTTTTGATgtgagtcaaatatatcatctgaatatgtatgctttttaatctgtgtcgaaataacttataagtacaataaatagtgctaatgtattgaggtgtgatatct
||| || || ||||| ||||| || ||||| |||||||| ||| | ||||| || |||||||||||||| |||| | |||||||||||   |||| ||      |  | | |   || | ||     |  ||        |   |  | |   |   | || || ||| ||   ||  |   
GACATCCGAATCTTTCTCACCAATTTGCCTGCCAAGATATAATCCCATGGCATTTTTATATGCTTATGTCCATTATCTTGATgtgagtgggatatgtctcaaagacttctttttcttctcatactcattcaatgcttaccttcttggattctgttcagttattgcatttagtcttgggactg
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29665848|gb|CB662123.1|CB662123
EST:     CAAGATACAATTCTATGGCTTTCTTATATGCTTATGTTCANNNNNNNGAT                         GAAAATACATACTTGACACTTCTTACTGCAAGATCAGACGCCTTTTATGAT
genomic: CAAGATACAATTCTATGGCTTTCTTATATGCTTATGTTCATTTTTTTGATgtgagtcaaa ... ttcatggcagGAAAATACATACTTGACACTTCTTACTGCAAGATCAGACGCCTTTTATGAT
EST: gi|88309451|gb|CI655819.1|CI655819
EST:     CAAGATACAATTCTATGGCTTTCTTATATGCTTATGTTCANNNNNNNGAT                         GAAAATACATACTTGACACTTCTTACTGCAAGATCAGACGCCTTTTATGAT
genomic: CAAGATACAATTCTATGGCTTTCTTATATGCTTATGTTCATTTTTTTGATgtgagtcaaa ... ttcatggcagGAAAATACATACTTGACACTTCTTACTGCAAGATCAGACGCCTTTTATGAT
EST: gi|88332495|gb|CI651655.1|CI651655
EST:     CAAGATACAATTCTATGGCTTTCTTATATGCTTATGTTCANNNNNNNGAT                         GAAAATACATACTTGACACTTCTTACTGCAAGATCAGACGCCTTTTATGAT
genomic: CAAGATACAATTCTATGGCTTTCTTATATGCTTATGTTCATTTTTTTGATgtgagtcaaa ... ttcatggcagGAAAATACATACTTGACACTTCTTACTGCAAGATCAGACGCCTTTTATGAT