Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATATATATGAATGGGCTCATTCTGTCGAAACAATGATTATGAGAGTTTGCTTATTCTTCCCCATGCCCACATGGTCTCGTGTTTATgtaagccgcttcatgatgtgtacctagctcttctatcttactcgctttacctttatgtgaatatatcttgtacttatacatttcttgattttag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g72350.1
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g72350.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G310069_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 8
--------------------------------------------------------------------------------------ATATATATGAATGGGCTCATTCTGTCGAAACAATGATTATGAGAGTTTGCTTATTCTTCCCCATGCCCACATGGTCTCGTGTTTATgtaagcc-gcttcatgatgtgtacctagctcttctatcttactcgctttacctttatgtgaatatatcttgtacttatacatttcttgattttag
                                                                                      | || ||| |||||||||| ||| | |||| ||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||   |||||  || ||||  ||| ||||||| | ||| | | || |  |||||||   || || |  | ||| ||                
AATTAGAAGGATTCACTTGTCTTGTTTTTATCTATGACCTTATTTGTACTCCTGGCATACTGACACAAgtattgataccactacagaaatctataaatgggctcactctatggaaa-aatgattttgagagtatgcttattcttcccaatgcccacatggtctcgtgtttccgtaagtttgcttctggaagtgtgactacctcttctgtgttatttgtttaa--tttatgt---tacatttgttgcttttag---------------