1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
GTGTCAAACCTATGAAGGTGGCATTGCTGGGGAACCGTATGCTGAAGCTCATGGTGGgtatgtttcaacggaggatctctgtttttttttatttttcctgtatgtatctatttggatcttttaagtaatagttgctttggtttgacaag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g53600.1 |
intron # | 9 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ACCTATGAAGGTGGCATTGCTGGGGAACCGTATGCTGAAGCTCATGGTGG GTACACTTTTTGTGGGCTGGCTACGATGATCCTGCTTAACGAAGTGGACAAEST: gi|29674619|gb|CB670894.1|CB670894
genomic: ACCTATGAAGGTGGCATTGCTGGGGAACCGTATGCTGAAGCTCATGGTGGgtatgtttca ... gtttgacaagGTACACTTTTTGTGGGCTGGCTACGATGATCCTGCTTAACGAAGTGGACAA
EST: ACCTATGAAGGTGGCATTGCTGGGGAACCGTATGCTGAAGCTCATGGTGG GTACACTTTTTGTGGGCTGGCTACGATGATCCTGCTTAACGAAGTGGACAAEST: gi|29674661|gb|CB670936.1|CB670936
genomic: ACCTATGAAGGTGGCATTGCTGGGGAACCGTATGCTGAAGCTCATGGTGGgtatgtttca ... gtttgacaagGTACACTTTTTGTGGGCTGGCTACGATGATCCTGCTTAACGAAGTGGACAA
EST: GTATGCTGAAGCTCATGGTGG GTACACTTTTTGTGGGCTGGCTACGATGATCCTGCTTAACGAAGTGGACAAEST: gi|29674660|gb|CB670935.1|CB670935
genomic: GTATGCTGAAGCTCATGGTGGgtatgtttca ... gtttgacaagGTACACTTTTTGTGGGCTGGCTACGATGATCCTGCTTAACGAAGTGGACAA
EST: ACCTATGAAGGTGGCATTGCTGGGGAACCGTATGCTGAAGCTCATGGTGG GTACACTTTTTGTGGGCTGGCTACGATGATCCTGCTTAACGAAGTGGACAAEST: gi|29674620|gb|CB670895.1|CB670895
genomic: ACCTATGAAGGTGGCATTGCTGGGGAACCGTATGCTGAAGCTCATGGTGGgtatgtttca ... gtttgacaagGTACACTTTTTGTGGGCTGGCTACGATGATCCTGCTTAACGAAGTGGACAA
EST: AGCTCATGGTGG GTACACTTTTTGTGGGCTGGCTACGATGATCCTGCTTAACGAAGTGGACAAEST: gi|29645420|gb|CB650427.1|CB650427
genomic: AGCTCATGGTGGgtatgtttca ... gtttgacaagGTACACTTTTTGTGGGCTGGCTACGATGATCCTGCTTAACGAAGTGGACAA
EST: AGCTCATGGTGG GTACACTTTTTGTGGGCTGGCTACGATGATCCTGCTTAACGAAGTGGACAAEST: gi|29661886|gb|CB658161.1|CB658161
genomic: AGCTCATGGTGGgtatgtttca ... gtttgacaagGTACACTTTTTGTGGGCTGGCTACGATGATCCTGCTTAACGAAGTGGACAA
EST: GGGGAACCGTATGCTGAAGCTCATGGTGG GTACACTTTTTGTGGGCTGGCTACGATGATCCTGCTTAACGAAGTGGACAA
genomic: GGGGAACCGTATGCTGAAGCTCATGGTGGgtatgtttca ... gtttgacaagGTACACTTTTTGTGGGCTGGCTACGATGATCCTGCTTAACGAAGTGGACAA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTGTCAAACCTATGAAGGTGGCATTGCTGGGGAACCGTATGCTGAAGCTCATGGTGGgtatgtttcaacggaggatctctgtttttttttatttttcctgtatgtatctatttggatcttttaagtaatagttgctttggtttgacaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG