Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGATTTGCCAAGGATCTGATCAACATACTAGAAGAAGCTGGACAAAAGGTCAGCCCTGAATTAGCTAATATGGGTCGTGGTGCACCACCCCCTTCTTCAGgcaagctctctgtttatctaactattttcaaattattgtagaagcaagtttacagattctgatttctgcctactttcttttcacctatagtgctgcctaagaatttgaaaattctgaatgtgactgactattgtcacatctttgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g10050.1
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g10050.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G143246_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 9
AGATTTGCCAAGGATCTGATCAACATACTAGAAGAAGCTGGACAAAAGGTCAGCCCTGAATTAGCTAATATGGGTCGTGGTGCACCACCCCCTTCTTCAGgcaagctctctgtttatctaactattttcaaattattgtagaagcaagtttacagattctgatttctgcctactttcttt-tcacctatagtgctgcctaagaatttgaaaattctgaatgtgactgactattgtcacatctttgcag
|||||||||||||| || || || || || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||| || || |||||||| ||| |  || ||    || || ||||  | || |   | | | |||| |   | | ||||  |     |  |||||   | |  |  | |  | || ||   |||| |                                      
AGATTTGCCAAGGAACTTATTAATATTCTGGAAGAAGCTGGACAAAAGGTCAGCTCTGAATTAGCTGCTATGGGTCGTGGTGCACCTCCTCCATCTTCAGgtaagtttgctatt-ggatatctgttttttagtt-tcccaaatgaaagtctt--gttcctgaagtgccattgatttctgaatgaattggattttttcccaattttttgcag-------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|3763233|gb|AU029985.1|AU029985
EST:     CAGCCCTGAATTAGCTAATATGGGTCGTGGTGCACCACCCCCTTCTTCAG                         GCCACCGTGATAGATATAGAGGGTATGGAGTTGGCCGGTCATGGAGCTGAT
genomic: CAGCCCTGAATTAGCTAATATGGGTCGTGGTGCACCACCCCCTTCTTCAGgcaagctctc ... atctttgcagGCCACCGTGATAGATATAGAGGGTATGGAGGTGGCCGGTCATGGAGCTGAT
EST: gi|88446056|gb|CI552562.1|CI552562
EST:     CAGCCCTGAATTAGCTAATATGGGTCGTGGTGCACCACCCCCTTCTTCAG                         GCCACCGTGATAGATATAGAGGGTATGGAGGTGGCCGGTCATGGAGCTGAT
genomic: CAGCCCTGAATTAGCTAATATGGGTCGTGGTGCACCACCCCCTTCTTCAGgcaagctctc ... atctttgcagGCCACCGTGATAGATATAGAGGGTATGGAGGTGGCCGGTCATGGAGCTGAT
EST: gi|66914774|gb|CX101622.1|CX101622
EST:     CAGCCCTGAATTAGCTAATATGGGTCGTGGTGCACCACCCCCTTCTTCAG                         GCCACCGTGATAGATATAGAGGGTATGGAGGTGGCCGGTCATGGAGCTGAT
genomic: CAGCCCTGAATTAGCTAATATGGGTCGTGGTGCACCACCCCCTTCTTCAGgcaagctctc ... atctttgcagGCCACCGTGATAGATATAGAGGGTATGGAGGTGGCCGGTCATGGAGCTGAT
EST: gi|325493727|gb|JG458251.1|JG458251
EST:     CAGCCCTGAATTAGCTAATATGGGTCGTGGTGCACCACCCCCCTCTTCAG                         GCCACCGTGATAGATATAGAGGGTATGGAGGTGGCCGGTCATGGAGCTGAT
genomic: CAGCCCTGAATTAGCTAATATGGGTCGTGGTGCACCACCCCCTTCTTCAGgcaagctctc ... atctttgcagGCCACCGTGATAGATATAGAGGGTATGGAGGTGGCCGGTCATGGAGCTGAT
EST: gi|88290026|gb|CI547663.1|CI547663
EST:     CAGCCCTGAATTAGCTAATATGGGTCGTGGTGCACCACCCCCTTCTTCAG                         GCCACCGTGATAGATATAGAGGGTATGGAGGTGGCCGGTCATGGAGCTGAT
genomic: CAGCCCTGAATTAGCTAATATGGGTCGTGGTGCACCACCCCCTTCTTCAGgcaagctctc ... atctttgcagGCCACCGTGATAGATATAGAGGGTATGGAGGTGGCCGGTCATGGAGCTGAT
EST: gi|88504584|gb|CI432090.1|CI432090
EST:     CAGCCCTGAATTAGCTAATATGGGTCGTGGTGCACCACCCCCTTCTTCAG                         GCCACCGTGATAGATATAGAGGGTATGGAGGTGGCCGGTCATGGAGCTGAT
genomic: CAGCCCTGAATTAGCTAATATGGGTCGTGGTGCACCACCCCCTTCTTCAGgcaagctctc ... atctttgcagGCCACCGTGATAGATATAGAGGGTATGGAGGTGGCCGGTCATGGAGCTGAT
EST: gi|88484026|gb|CI421297.1|CI421297
EST:     CAGCCCTGAATTAGCTAATATGGGTCGTGGTGCACCACCCCCTTCTTCAG                         GCCACCGTGATAGATATAGAGGGTATGGAGGTGGCCGGTCATGGAGCTGAT
genomic: CAGCCCTGAATTAGCTAATATGGGTCGTGGTGCACCACCCCCTTCTTCAGgcaagctctc ... atctttgcagGCCACCGTGATAGATATAGAGGGTATGGAGGTGGCCGGTCATGGAGCTGAT
EST: gi|86259893|gb|CI065766.1|CI065766
EST:     CAGCCCTGAATTAGCTAATATGGGTCGTGGTGCACCACCCCCTTCTTCAG                         GCCACCGTGATAGATATAGAGGGTATGGAGGTGGCCGGTCATGGAGCTGAT
genomic: CAGCCCTGAATTAGCTAATATGGGTCGTGGTGCACCACCCCCTTCTTCAGgcaagctctc ... atctttgcagGCCACCGTGATAGATATAGAGGGTATGGAGGTGGCCGGTCATGGAGCTGAT