Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTACTAAGCTTTATAACTCAAATGCCGTGTGTTCGCCTTATAGTGgtaagttcaaaccatttatagttagtatattcaatgaacggccatgattgtttaagattctctctttttctttttttttaaaaaaaacttgtttaatatag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os12g04990.2
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58694148|gb|CK082835.1|CK082835
EST:     TTCGCCTTATAGTG                         GTAA-TGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACAGCTACTGGA
genomic: TTCGCCTTATAGTGgtaagttcaa ... tttaatatagGTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACAGCTACTGGA
EST: gi|29630786|gb|CB635795.1|CB635795
EST:     CTACTAAGCTTTATAACTCAAATGCCGTGTGTTCGCCTTATAGTG                         GTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACAGCTACTGGA
genomic: CTACTAAGCTTTATAACTCAAATGCCGTGTGTTCGCCTTATAGTGgtaagttcaa ... tttaatatagGTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACAGCTACTGGA
EST: gi|58689916|gb|CK078603.1|CK078603
EST:     CTACTAAGCTTTATAACTCAAATGCCGTGTGTTCGCCTTATAGTG                         GTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACAGCTACTGGA
genomic: CTACTAAGCTTTATAACTCAAATGCCGTGTGTTCGCCTTATAGTGgtaagttcaa ... tttaatatagGTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACAGCTACTGGA
EST: gi|58666789|gb|CK055475.1|CK055475
EST:     CTACTAAGCTTTATAACTCAAATGCCGTGTGTTCGCCTTATAGTG                         GTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACAGCTACTGGA
genomic: CTACTAAGCTTTATAACTCAAATGCCGTGTGTTCGCCTTATAGTGgtaagttcaa ... tttaatatagGTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACAGCTACTGGA
EST: gi|117224882|gb|CT845959.1|CT845959
EST:     CTACTAAGCTTTATAACTCAAATGCCGTGTGTTCGCCTTATAGTG                         GTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACAGCTACTGGA
genomic: CTACTAAGCTTTATAACTCAAATGCCGTGTGTTCGCCTTATAGTGgtaagttcaa ... tttaatatagGTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACAGCTACTGGA