Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGTTCATGATCCTTCCTACTGGGGCCGCTTCATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattctttcatcttcattttaaaccttttccccatcttacgtcattgaaaattaattaattttatctgtacag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os10g08550.3
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os10g08550.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G048371_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 8
GAGTTCATGATCCTTCCTACTGGGGCCGCTTCATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattctttcatct-tcattttaaaccttttccccatcttacgtca-----ttgaaaattaattaattttat----ctgtacag
||||| ||||||||||||||||| || || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||| ||||||||| | ||   || | | || | ||   |||||||    | |   ||||     |   || || ||   |||| |    |  |||||
GAGTTTATGATCCTTCCTACTGGAGCTGCCTCATTTAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTTTATCACCACCTGAAGgcatttgcctcgtatatcttgtttgtccttttctttttgtagtgtcaaagtatcataatttgatatcttttgttgttccttacag

upper sequence: LOC_Os10g08550.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
lower sequence: PP1S1_527V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 8
GAGTTCATGATCCTTCCTACTGGGGCCGCTTCATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaatt--ctttcatcttcattttaaaccttttccccatcttacgtcattgaaaattaattaattttatctgtacag-------------------------------------------------------
|||||||||||||| || ||||| ||  | || |||| ||| ||||||||||| ||   |||||| ||||||||| ||||||||||   ||   ||||||||| |   | |        ||||   | |   | |    ||  | | ||  ||| | |                                                       
GAGTTCATGATCCTGCCAACTGGCGCGTCGTCCTTCACGGAAGCCATGAAGATTGGCTCTGAAGTTTACCACAACTTGAAGgtaatgggctgctatcttcattctttccatgagttttctcttggattaac-agatgggatgtactataaatgtgcggtttgcattcgctttggaaagactgcccgaccaatcgaatgtttcgttctctgtag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58597616|gb|CK008144.1|CK008144
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|58689303|gb|CK077990.1|CK077990
EST:     GTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: GTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|58675782|gb|CK064469.1|CK064469
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|117224917|gb|CT845976.1|CT845976
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|29688336|gb|CB684611.1|CB684611
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|58687518|gb|CK076205.1|CK076205
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGA
EST: gi|319908690|gb|HS977818.1|HS977818
EST:     GTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: GTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|33676058|gb|CF304297.1|CF304297
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|33675547|gb|CF303786.1|CF303786
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATG
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATG
EST: gi|29656140|gb|CB652415.1|CB652415
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCACGATGCCCACCAATGTTGGTGATGA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCC-ACCAATGTTGGTGATGA
EST: gi|29678862|gb|CB675137.1|CB675137
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|58597291|gb|CK007819.1|CK007819
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|319908492|gb|HS977620.1|HS977620
EST:     GTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: GTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|33674962|gb|CF303201.1|CF303201
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|427989|gb|D24135.1|D24135
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|29644081|gb|CB649088.1|CB649088
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|29665470|gb|CB661745.1|CB661745
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|29679887|gb|CB676162.1|CB676162
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|396941266|gb|HO188475.1|HO188475
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|428358|gb|D24506.1|D24506
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|23513780|gb|BU673306.1|BU673306
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAAACTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|29619828|gb|CB624840.1|CB624840
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|29657924|gb|CB654199.1|CB654199
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|29668022|gb|CB664297.1|CB664297
EST:     ATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATG
genomic: ATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACC-TGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATG
EST: gi|58588647|gb|CF986955.1|CF986955
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|58606067|gb|CK034100.1|CK034100
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|58662698|gb|CK051384.1|CK051384
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|33676198|gb|CF304437.1|CF304437
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|30228895|gb|CB966786.1|CB966786
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|29668592|gb|CB664867.1|CB664867
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|29626887|gb|CB631898.1|CB631898
EST:     AAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: AAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|29681677|gb|CB677952.1|CB677952
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|319908681|gb|HS977809.1|HS977809
EST:     CCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|30229421|gb|CB967312.1|CB967312
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|2312016|gb|C28171.1|C28171
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|58673278|gb|CK061964.1|CK061964
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|58683046|gb|CK071733.1|CK071733
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|33676308|gb|CF304547.1|CF304547
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|58681144|gb|CK069831.1|CK069831
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGAT
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGAT
EST: gi|29659230|gb|CB655505.1|CB655505
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|14192326|gb|AU184537.1|AU184537
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|29682743|gb|CB679018.1|CB679018
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|29677116|gb|CB673391.1|CB673391
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGAT
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGAT
EST: gi|29679137|gb|CB675412.1|CB675412
EST:     CATTCAAAGAGGCCATGAACATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|27554031|gb|CA997931.1|CA997931
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|29668244|gb|CB664519.1|CB664519
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|58603616|gb|CK014144.1|CK014144
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAAACTGAAG                         TCTGTTATCCAGAAGAAG
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAG
EST: gi|29678678|gb|CB674953.1|CB674953
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|29623734|gb|CB628745.1|CB628745
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|218504551|gb|FG952364.1|FG952364
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTAGAAGTGTACCACACCCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|33676730|gb|CF304969.1|CF304969
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|29639493|gb|CB644502.1|CB644502
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|88401721|gb|CI591048.1|CI591048
EST:     AGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: AGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|218483031|gb|FG953128.1|FG953128
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|29629934|gb|CB634943.1|CB634943
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|29667979|gb|CB664254.1|CB664254
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|58666297|gb|CK054983.1|CK054983
EST:     ATTCAACGGAGG-CATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: ATTCAA-GGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|29656696|gb|CB652971.1|CB652971
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|58662604|gb|CK051290.1|CK051290
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|29664966|gb|CB661241.1|CB661241
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|58673211|gb|CK061897.1|CK061897
EST:     CATTCAACGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCCAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGAT
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGAT
EST: gi|29659075|gb|CB655350.1|CB655350
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|58663601|gb|CK052287.1|CK052287
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|29684326|gb|CB680601.1|CB680601
EST:     CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
EST: gi|319908667|gb|HS977795.1|HS977795
EST:     CCACAACCTGAAG                         TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA
genomic: CCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 63 (upstream exon), 75 (downstream exon)
Score: 509

GAGTTCATGATCCTTCCTACTGGGGCCGCTTCATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattcttt ... atctgtacagTCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAGTTCATGATCCTTCCTACTGGGGCCGCTTCATTCAAGGAGGCCATGAAGATGGGTGTTGAAGTGTACCACAACCTGAAGgtaattctttcatcttcattttaaaccttttccccatcttacgtcattgaaaattaattaattttatctgtacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGAAG