1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
TGATATCGCGGCTTTCTATGAGAGTTACTACACTAACAAAGGAGTTAAGATCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGATgtatgtacatcttccaaatccaaaatagctctgtagctctcagtgtgaatgcaaatgactgtctgctttccatcggttccctatttactag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os09g39380.1 |
intron # | 8 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGAT GTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTTEST: gi|2310895|gb|C27050.1|C27050
genomic: TCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGATgtatgtacat ... tatttactagGTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTT
EST: ACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGAT GTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTTEST: gi|88407635|gb|CI607769.1|CI607769
genomic: ACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGATgtatgtacat ... tatttactagGTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTT
EST: TCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGAT GTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTTEST: gi|58686362|gb|CK075049.1|CK075049
genomic: TCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGATgtatgtacat ... tatttactagGTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTT
EST: TCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGAT GTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTTEST: gi|58596860|gb|CK007388.1|CK007388
genomic: TCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGATgtatgtacat ... tatttactagGTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTT
EST: TCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGAT GTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTTEST: gi|38477357|gb|CF961490.1|CF961490
genomic: TCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGATgtatgtacat ... tatttactagGTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTT
EST: TCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGAT GTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTTEST: gi|33802788|gb|CF327265.1|CF327265
genomic: TCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGATgtatgtacat ... tatttactagGTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTT
EST: TCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGAT GTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTTEST: gi|428157|gb|D24305.1|D24305
genomic: TCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGATgtatgtacat ... tatttactagGTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTT
EST: TCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGAT GTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTNTGCTTNAAGCTGATATTGTTEST: gi|58685635|gb|CK074322.1|CK074322
genomic: TCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGATgtatgtacat ... tatttactagGTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTT
EST: TCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGAT GTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTTEST: gi|24208310|gb|AU225337.1|AU225337
genomic: TCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGATgtatgtacat ... tatttactagGTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTT
EST: TCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGAT GTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTTEST: gi|33796378|gb|CF324056.1|CF324056
genomic: TCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGATgtatgtacat ... tatttactagGTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTT
EST: TCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGAT GTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTT
genomic: TCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGATgtatgtacat ... tatttactagGTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGATATCGCGGCTTTCTATGAGAGTTACTACACTAACAAAGGAGTTAAGATCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGATgtatgtacatcttccaaatccaaaatagctctgtagctctcagtgtgaatgcaaatgactgtctgctttccatcggttccctatttactag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT