1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
ATGATGCTATTGAGGTTGCTCATGCGGCAGCTAACAGATGGACAGgtatcggtggtcttgctagtcacattccctatatatttatatgtctgcagcttgtttatcatcagaacaggctaacggaattctgaatgtaactacag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os09g10850.1 |
intron # | 8 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AATGAATGATGCTATTGAGGTTGCTCATGCGGCAGCTAACAGATGGACAG ACAATATCTTCACTCTGCAACAGTGGTGTTCGACCACTTTCCCACAAGCCAEST: gi|87028915|gb|CI351218.1|CI351218
genomic: AATGAATGATGCTATTGAGGTTGCTCATGCGGCAGCTAACAGATGGACAGgtatcggtgg ... gtaactacagACAATATCTTCACTCTGCAACAGTGGTGTTCGACCACTTTCCCACAAGCAA
EST: ATGATGCTATTGAGGTTGCTCATGCGGCAGCTAACAGATGGACAG ACAATATCTTCACTCTGCAACAGTGGTGTTCGACCACTTTCCCACAAGCAA
genomic: ATGATGCTATTGAGGTTGCTCATGCGGCAGCTAACAGATGGACAGgtatcggtgg ... gtaactacagACAATATCTTCACTCTGCAACAGTGGTGTTCGACCACTTTCCCACAAGCAA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ATGATGCTATTGAGGTTGCTCATGCGGCAGCTAACAGATGGACAGgtatcggtggtcttgctagtcacattccctatatatttatatgtctgcagcttgtttatcatcagaacaggctaacggaattctgaatgtaactacag
- - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA