Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATCCTTGTCGCCCAGGAGTGAAGAGTGCTGTACAATTATGCACCAATGCTGGTGTAAAGgtacatcttactcatatctttttatgttagtcttattttcccgctgggaaactttttgtcctatacatctgaagtgatagaaactggcaatgtatatgca...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os08g40530.2
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29636898|gb|CB641907.1|CB641907
EST:     GCCCAGGAGTGAAGAGTGCTGTACAATTATGCACCAATGCTGGTGTAAAG                         GTGCGCATGGTCACTGGAGATAACATTGAAACAGCTAAAGCCATAGCTTTG
genomic: GCCCAGGAGTGAAGAGTGCTGTACAATTATGCACCAATGCTGGTGTAAAGgtacatctta ... gtacatgtagGTGCGCATGGTCACTGGAGATAACATTGAAACAGCTAAAGCCATAGCTTTG
EST: gi|88591696|gb|CI709748.1|CI709748
EST:     GCCCAGGAGTGAAGAGTGCTGTACAATTATGCACCAATGCTGGTGTAAAG                         GTGCGCATGGTCACTGGAGATAACATTGAAACAGCTAAAGCCATAGCTTTG
genomic: GCCCAGGAGTGAAGAGTGCTGTACAATTATGCACCAATGCTGGTGTAAAGgtacatctta ... gtacatgtagGTGCGCATGGTCACTGGAGATAACATTGAAACAGCTAAAGCCATAGCTTTG
EST: gi|88371699|gb|CI680802.1|CI680802
EST:     GCCCAGGAGTGAAGAGTGCTGTACAATTATGCACCAATGCTGGTGTAACG                         GTGCGCATGGTCACTGGAGATAACCTTGAAACAGCTAAAGCCATAGCTTTG
genomic: GCCCAGGAGTGAAGAGTGCTGTACAATTATGCACCAATGCTGGTGTAAAGgtacatctta ... gtacatgtagGTGCGCATGGTCACTGGAGATAACATTGAAACAGCTAAAGCCATAGCTTTG
EST: gi|88412431|gb|CI688779.1|CI688779
EST:     GCCCAGGAGTGAAGAGTGCTGTACAATTATGCACCAATGCTGGTGTAAAG                         GTGCGCATGGTCACTGGAGATAACATTGAAACAGCTAAAGCCATAGCTTTG
genomic: GCCCAGGAGTGAAGAGTGCTGTACAATTATGCACCAATGCTGGTGTAAAGgtacatctta ... gtacatgtagGTGCGCATGGTCACTGGAGATAACATTGAAACAGCTAAAGCCATAGCTTTG
EST: gi|33678328|gb|CF306567.1|CF306567
EST:     GCCCAGGAGTGAAGAGTGCTGTACAATTATGCACCAATGCTGGTGTAAAG                         GTGCGCATGGTCACTGGAGATAACATTGAAACAGCTAAAGCCATAGCTTTG
genomic: GCCCAGGAGTGAAGAGTGCTGTACAATTATGCACCAATGCTGGTGTAAAGgtacatctta ... gtacatgtagGTGCGCATGGTCACTGGAGATAACATTGAAACAGCTAAAGCCATAGCTTTG
EST: gi|33678453|gb|CF306692.1|CF306692
EST:     GCCCAGGAGTGAAGAGTGCTGTACAATTATGCACCAATGCTGGTGTAAAG                         GTGCGCATGGTCACTGGAGATAACATTGAAACAGCTAAAGCCATAGCTTTG
genomic: GCCCAGGAGTGAAGAGTGCTGTACAATTATGCACCAATGCTGGTGTAAAGgtacatctta ... gtacatgtagGTGCGCATGGTCACTGGAGATAACATTGAAACAGCTAAAGCCATAGCTTTG
EST: gi|29681421|gb|CB677696.1|CB677696
EST:     GCCCAGGAGTGAAGAGTGCTGTACAATTATGCACCAATGCTGGTGTAAAG                         GTGCGCATGGTCACTGGAGATAACATTGAAACAGCTAAAGCCATAGCTTTG
genomic: GCCCAGGAGTGAAGAGTGCTGTACAATTATGCACCAATGCTGGTGTAAAGgtacatctta ... gtacatgtagGTGCGCATGGTCACTGGAGATAACATTGAAACAGCTAAAGCCATAGCTTTG
EST: gi|29636809|gb|CB641818.1|CB641818
EST:     GCCCAGGAGTGAAGAGTGCTGTACAATTATGCACCAATGCTGGTGTAAAG                         GTGCGCATGGTCACTGGAGATAACATTGAAACAGCTAAAGCCAT
genomic: GCCCAGGAGTGAAGAGTGCTGTACAATTATGCACCAATGCTGGTGTAAAGgtacatctta ... gtacatgtagGTGCGCATGGTCACTGGAGATAACATTGAAACAGCTAAAGCCAT
EST: gi|88328484|gb|CI676694.1|CI676694
EST:     GCCCAGGAGTGAAGAGTGCTGTACAATTATGCACCAATGCTGGTGTAAAG                         GTGCGCATGGTCACTGGAGATAACATTGAAACAGCTAAAGCCATAGCTTTG
genomic: GCCCAGGAGTGAAGAGTGCTGTACAATTATGCACCAATGCTGGTGTAAAGgtacatctta ... gtacatgtagGTGCGCATGGTCACTGGAGATAACATTGAAACAGCTAAAGCCATAGCTTTG
EST: gi|88589477|gb|CI707360.1|CI707360
EST:     GCCCAGGAGTGAAGAGTGCTGTACAATTATGCACCAATGCTGGTGTAAAG                         GTGCGCATGGTCACTGGAGATAACATTGAAACAGCTAAAGCCATAGCTTTG
genomic: GCCCAGGAGTGAAGAGTGCTGTACAATTATGCACCAATGCTGGTGTAAAGgtacatctta ... gtacatgtagGTGCGCATGGTCACTGGAGATAACATTGAAACAGCTAAAGCCATAGCTTTG
EST: gi|88589322|gb|CI707190.1|CI707190
EST:     GCCCAGGAGTGAAGAGTGCTGTACAATTATGCACCAATGCTGGTGTAAAG                         GTGCGCATGGTCACTGGAGATAACATTGAAACAGCTAAAGCCATAGCTTTG
genomic: GCCCAGGAGTGAAGAGTGCTGTACAATTATGCACCAATGCTGGTGTAAAGgtacatctta ... gtacatgtagGTGCGCATGGTCACTGGAGATAACATTGAAACAGCTAAAGCCATAGCTTTG
EST: gi|88388660|gb|CI683447.1|CI683447
EST:     GCCCAGGAGTGAAGAGTGCTGTACAATTATGCACCAATGCTGGTGTAAAG                         GTGCGCATGGTCACTGGAGATAACATTGAAACAGCTAAAGCCATAGCTTTG
genomic: GCCCAGGAGTGAAGAGTGCTGTACAATTATGCACCAATGCTGGTGTAAAGgtacatctta ... gtacatgtagGTGCGCATGGTCACTGGAGATAACATTGAAACAGCTAAAGCCATAGCTTTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 46 (upstream exon), 57 (downstream exon)
Score: 28

GATCCTTGTCGCCCAGGAGTGAAGAGTGCTGTACAATTATGCACCAATGCTGGTGTAAAGgtacatctta ... gtacatgtagGTGCGCATGGTCACTGGAGATAACATTGAAACAGCTAAAGCCATAGCTTTGGAGTGTGGAATATTAGATGCAAATGGAGCTTTTGTGGAGCCATTTGTAA




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GATCCTTGTCGCCCAGGAGTGAAGAGTGCTGTACAATTATGCACCAATGCTGGTGTAAAGgtacatcttactcatatctttttatgttagtcttattttcccgctgggaaactttttgtcctatacatctgaagtgatagaaactggcaatgtatatgca

- - - - - - - - -  TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG