Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTTTTATTCATTGTTATGTTTTCATTTTAGGGACACGGTTTTAGGAAAGATCTCGCTTCTATGTTGGCCAATTTAAAACCTCAATTTCTTAAGTTTCCAGgtttgccaactttacatcatatattttttttctgaagttaggtatatcaatattatcatatagttttgataatatgtatcaaacttag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os07g48750.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os07g48750.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G097277_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 6
CTTTTATTCATTGTTATGTTTTCATTTTAGGGACACGGTTTTAGGAAAGATCTCGCTTCTATGTTGGCCAATTTAAAACCTCAATTTCTTAAGTTTCCAGgtttgcca-actttacatcatatattttttttctgaagttaggtatatcaatattatcatatagttttgataatatgtatcaaacttag-----------------
                              || || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |  | ||||| ||||| ||||||||||||||  || | || |       ||  |  | |||| ||| | ||   | || | | | || || ||   ||  ||||| | | | |  |                 
------------------------------GGGCATGGTTTTCGGAAAGATCTTGCTTCTATGTTGGCCAATCTCGAGCCTCAGTTTCTCAAGTTTCCAGgtttatcatatttgattattcttacatcatatctggagtcaagt---taaacactgt-atcta-ttgcaatggtatgtgtaagattctgtacctaccatgttttag