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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattatatgttggtgtaacttttatacttgttaaaataatgcattgccctaacagctatttacttgtttctgctcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g15360.2
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os06g15360.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G035417_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 8
GGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattatatgttggtgtaacttttatacttgttaaaataatgcattgccctaacagctatttacttgtttctgctcag
||  ||||||||| |||||| || || |||| || | | ||||| |      |  ||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||| || |  |      | | || |  | |   || |  |   || | |   ||||| | ||||||     ||| |     
GGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGTGTTGTTCCAGGTGCAG------GATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAGgtagtaattgagcagcttcttacatacaaataagtaatgagcttgtaatttactaactgttatttatcctcttcag-----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88847927|gb|CI006113.1|CI006113
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|29643187|gb|CB648194.1|CB648194
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|29657665|gb|CB653940.1|CB653940
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|29669285|gb|CB665560.1|CB665560
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|29643233|gb|CB648240.1|CB648240
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|300215820|gb|HO088446.1|HO088446
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTG-CATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|33654536|gb|CF277150.1|CF277150
EST:     TGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: TGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTT-CCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|29662304|gb|CB658579.1|CB658579
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|29660321|gb|CB656596.1|CB656596
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|87015278|gb|CI275468.1|CI275468
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|86494540|gb|CI137173.1|CI137173
EST:     GCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCNTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|29673855|gb|CB670130.1|CB670130
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|29670072|gb|CB666347.1|CB666347
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|88830186|gb|CI076442.1|CI076442
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|29630613|gb|CB635622.1|CB635622
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|2431315|gb|C73735.1|C73735
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|300215841|gb|HO088467.1|HO088467
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTG-CATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|14980837|gb|BI305515.1|BI305515
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|23514955|gb|BU673867.1|BU673867
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|29655833|gb|CB652108.1|CB652108
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|8859709|gb|AU097027.1|AU097027
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|218488797|gb|FG951622.1|FG951622
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|29631165|gb|CB636174.1|CB636174
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|87036144|gb|CI189591.1|CI189591
EST:     GTGCCGGTGCCAGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|32947880|gb|BP184452.1|BP184452
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|8527786|gb|AU092601.1|AU092601
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 73 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 109

GGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG




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