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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattatatgttggtgtaacttttatacttgttaaaataatgcattgccctaacagctatttacttgtttctgctcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g15360.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os06g15360.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G035417_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 8
GGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattatatgttggtgtaacttttatacttgttaaaataatgcattgccctaacagctatttacttgtttctgctcag
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GGTGTTCCAAGTGGTGGGTCCAACCCAGGTGTTGTTCCAGGTGCAG------GATCTGGTGCTCTTGATGCCTTGCGACAGCTTCCACAGgtagtaattgagcagcttcttacatacaaataagtaatgagcttgtaatttactaactgttatttatcctcttcag-----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88847927|gb|CI006113.1|CI006113
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|29643187|gb|CB648194.1|CB648194
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|29657665|gb|CB653940.1|CB653940
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|29669285|gb|CB665560.1|CB665560
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|29655833|gb|CB652108.1|CB652108
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|29643233|gb|CB648240.1|CB648240
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|300215820|gb|HO088446.1|HO088446
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTG-CATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|33654536|gb|CF277150.1|CF277150
EST:     TGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: TGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTT-CCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|29662304|gb|CB658579.1|CB658579
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|29660321|gb|CB656596.1|CB656596
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|87015278|gb|CI275468.1|CI275468
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|86494540|gb|CI137173.1|CI137173
EST:     GCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCNTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|29673855|gb|CB670130.1|CB670130
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|29670072|gb|CB666347.1|CB666347
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|88830186|gb|CI076442.1|CI076442
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|29630613|gb|CB635622.1|CB635622
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|2431315|gb|C73735.1|C73735
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|300215841|gb|HO088467.1|HO088467
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTG-CATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|14980837|gb|BI305515.1|BI305515
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|23514955|gb|BU673867.1|BU673867
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|8859709|gb|AU097027.1|AU097027
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|218488797|gb|FG951622.1|FG951622
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|29631165|gb|CB636174.1|CB636174
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|87036144|gb|CI189591.1|CI189591
EST:     GTGCCGGTGCCAGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|32947880|gb|BP184452.1|BP184452
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|8527786|gb|AU092601.1|AU092601
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG