Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTGGATTAATTGAGATGCTTGAAGCCCGTCGAGGTAGCCAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGAgtatgtgctttcattcccatcatcagtaggtttttatttatttagattttagacaacatgcatggcatatgttaacaccaactagaccatccatttcata...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g08005.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os06g07905.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G000393_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 7
CTGGATTAATTGAGATGCTTGAAGCCCGTCGAGGTAGCCAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGAgtatgtgctttcattcccatcatcagtaggttttta-tttatttagattttagacaacatgcatggcat-atgttaacaccaactagaccatccatttcata----
|||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    ||  ||||||||||||||||||| |  ||  | | |||  ||| |||| | |||||| | |   ||    || || |||  || |    | ||| ||  |    ||| |  |||||    
CTGGGTTAATTGAGATGCTCGAAGGCCGTCGAGGTAGCCAAGGATTGTACATGGGTTGTATGAAATCAGGGATGGTCATAAGTGAAGAgtatgtgctctt-tttacttaatcgttagcttttcaatttattgatagccta----acgtgtatgcaattaaaccagcactaaggattggatc-acatcataactg
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88262435|gb|CI366209.1|CI366209
EST:     GAGGTGTTGTAAGTGAAGA                         GGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: GAGGTGTTGTAAGTGAAGAgtatgtgctt ... tcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|27577598|gb|CB000293.1|CB000293
EST:     CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGA                         GGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGAgtatgtgctt ... tcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|86435305|gb|CI106538.1|CI106538
EST:     CAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGA                         GGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: CAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGAgtatgtgctt ... tcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|88995023|gb|CI036598.1|CI036598
EST:     GGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGA                         GGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: GGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGAgtatgtgctt ... tcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|88834412|gb|CI077695.1|CI077695
EST:     CTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGA                         GGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: CTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGAgtatgtgctt ... tcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|89184707|gb|CI007132.1|CI007132
EST:     GACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGA                         GGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: GACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGAgtatgtgctt ... tcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|89181971|gb|CI113477.1|CI113477
EST:     CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGA                         GGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGAgtatgtgctt ... tcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|86251665|gb|CI016954.1|CI016954
EST:     CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGA                         GGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGAgtatgtgctt ... tcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|29687001|gb|CB683276.1|CB683276
EST:     CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGA                         GGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGAgtatgtgctt ... tcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|88690259|gb|CI734338.1|CI734338
EST:     TTGTAAGTGAAGA                         GGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: TTGTAAGTGAAGAgtatgtgctt ... tcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|88218395|gb|CI218244.1|CI218244
EST:     CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGA                         GGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGAgtatgtgctt ... tcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|86525598|gb|CI165804.1|CI165804
EST:     TTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGA                         GGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: TTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGAgtatgtgctt ... tcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|88974780|gb|CI023076.1|CI023076
EST:     CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGA                         GGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGAgtatgtgctt ... tcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|218479405|gb|FG961659.1|FG961659
EST:     CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGA                         GGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGAgtatgtgctt ... tcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|300215905|gb|HO088531.1|HO088531
EST:     CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGA                         GGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGAgtatgtgctt ... tcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|58688376|gb|CK077063.1|CK077063
EST:     AATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGA                         GGGTC-ACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: AATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGAgtatgtgctt ... tcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|218501509|gb|FG952275.1|FG952275
EST:     CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGA                         GGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGAgtatgtgctt ... tcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|88829021|gb|CI073891.1|CI073891
EST:     CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAGGA                         GGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGAgtatgtgctt ... tcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|86525653|gb|CI165859.1|CI165859
EST:     TGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGA                         GGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: TGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGAgtatgtgctt ... tcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
EST: gi|88830007|gb|CI074679.1|CI074679
EST:     CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGA                         GGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGAgtatgtgctt ... tcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 74 (upstream exon), 51 (downstream exon)
Score: 76

CTGGATTAATTGAGATGCTTGAAGCCCGTCGAGGTAGCCAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGAgtatgtgctt ... tcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTGGATTAATTGAGATGCTTGAAGCCCGTCGAGGTAGCCAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGAgtatgtgctttcattcccatcatcagtaggtttttatttatttagattttagacaacatgcatggcatatgttaacaccaactagaccatccatttcata

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA