1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
CGGTTCATTAGAAACTTAAGAAAATGTATCTGTATTTACCATTTTGTAGAATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacctgtttgccttctttatttatttattactatatattgctctgcattgctaacttatcttatgcttggcggttcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os05g43480.1 |
intron # | 8 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTG GTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTTEST: gi|88516287|gb|CI443941.1|CI443941
genomic: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
EST: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTG GTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTTEST: gi|88491761|gb|CI429033.1|CI429033
genomic: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
EST: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATNTTTGCTCTG GTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTTEST: gi|87016218|gb|CI271629.1|CI271629
genomic: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
EST: TGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCCATGTGGTATATGTTTGCTCTG GTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTTEST: gi|88476590|gb|CI413861.1|CI413861
genomic: TGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTT-CCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
EST: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTG GTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTTEST: gi|88248006|gb|CI247855.1|CI247855
genomic: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
EST: ATGGCAAATTGATGGTGGAAGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTG GTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTTEST: gi|86871409|gb|CI329806.1|CI329806
genomic: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
EST: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTG GTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTTEST: gi|86858242|gb|CI271127.1|CI271127
genomic: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
EST: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTG GTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTTEST: gi|86482455|gb|CI125088.1|CI125088
genomic: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
EST: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTG GTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTTEST: gi|88488779|gb|CI426050.1|CI426050
genomic: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
EST: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTG GTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTTEST: gi|88472513|gb|CI409784.1|CI409784
genomic: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
EST: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTG GTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTTEST: gi|86493022|gb|CI135655.1|CI135655
genomic: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
EST: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTG GTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTTEST: gi|66924296|gb|CX111144.1|CX111144
genomic: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
EST: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTG GTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTTEST: gi|88276656|gb|CI397458.1|CI397458
genomic: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
EST: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTG GTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTTEST: gi|87014047|gb|CI273237.1|CI273237
genomic: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
EST: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTG GTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTTEST: gi|88510376|gb|CI437882.1|CI437882
genomic: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
EST: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTG -TTCANACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTEST: gi|16754303|gb|BM038682.1|BM038682
genomic: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCA-ACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTT
EST: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTG GTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTTEST: gi|109713069|gb|CI105677.1|CI105677
genomic: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
EST: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTG GTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTTEST: gi|88511261|gb|CI438767.1|CI438767
genomic: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
EST: ATGGCAAATTGATGGTGGATNTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTG GTTCAACGGAATCCTNTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTTEST: gi|88270288|gb|CI385546.1|CI385546
genomic: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
EST: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATCTTTGCTCTG GTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTTEST: gi|86537765|gb|CI177971.1|CI177971
genomic: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
EST: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTG GTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTTEST: gi|88512340|gb|CI439846.1|CI439846
genomic: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
EST: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTG GTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
genomic: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CGGTTCATTAGAAACTTAAGAAAATGTATCTGTATTTACCATTTTGTAGAATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacctgtttgccttctttatttatttattactatatattgctctgcattgctaacttatcttatgcttggcggttcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA