Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTATGGATTGACAGAGACTTGTGCTGGAGCAGCCTTTTCTGAATGGGATGACACAAGTGTGGGCCGTGTTGGTCCACCCCTTCCTTGTTGCTATGTCAAGgtctgtgccttactagggagagtcagcttatctgatttatttgcttatacttactagggacagtcaacttatctgatgtatatgcatataattaacagat...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os05g25310.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os05g25310.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM5G840955_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
CTATGGATTGACAGAGACTTGTGCTGGAGCAGCCTTTTCTGAATGGGATGACACAAGTGTGGGCCGTGTTGGTCCACCCCTTCCTTGTTGCTATGTCAAGgtctgtgccttactagggagagtcagcttatctgatttatttgcttatacttactagggacagtcaacttatctgatgtat-atgcatataattaacagat---
|||||||||||| || ||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||  | || |    ||    | ||    ||| | ||  |  |||  |   |    ||     |  || |     || |  | |  | | ||  ||    
CTATGGATTGACTGAAACTTGTGCTGGAGCAGCTTTCACTGAATGGGATGATACAAGTGTGGGTCGTGTTGGTCCACCACTTCCTTGTTGCTATGTGAAGgtttgtgt-tcacgaatttgat---gtttgctggatctgttaacaaatatatttgatattcatgtggcagatgtagcagatgaaacctgcattaaaaggaatga

upper sequence: LOC_Os05g25310.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G079236_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 9
CTATGGATTGACAGAGACTTGTGCTGGAGCAGCCTTTTCTGAATGGGATGACACAAGTGTGGGCCGTGTTGGTCCACCCCTTCCTTGTTGCTATGTCAAGgtctgtgcctta---ctagggagagtcagcttatctgatttatttgctt-atacttactagggacagtcaacttatctgatgtatatgcatataattaacagat
|||||| ||||| || || |||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||| |   |    |   |   |   | |    | |   || |  || ||| | |   || | |   | |  ||   |  |  ||   || ||  |||||  
CTATGGTTTGACTGAAACCTGTGCTGGAGCAGCTTTCACTGAATGGGATGACACAAGTGTGGGTCGTGTTGGTCCACCACTTCCTTGCTGCTATGTGAAGgtttgttctacaaatttgatgtttgctggatccgttaacaaatgtagttgatattcatatggcagatgtagcagataatacctgcat---taaaaagaacagg-

upper sequence: LOC_Os05g25310.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA20G07280.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
CTATGGATTGACAGAGACTTGTGCTGGAGCAGCCTTTTCTGAATGGGATGACACAAGTGTGGGCCGTGTTGGTCCACCCCTTCCTTGTTGCTATGTCAAGgtctgt-----gccttactagg-gagagtcagcttatctgatttatttgcttatacttact-agggacagtcaacttatctgatgtatatgcatataattaacagat
 ||||| ||||| || || | |||||| || ||||| || || |||||||||   |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||  | ||||| |||     | |  | ||   || |  |||   |  |||  |     |   |||||| | |  || | |  | | |  |   |||   |    ||||||      
ATATGGCTTGACTGAAACATTTGCTGGGGCTGCCTTCTCAGAGTGGGATGACTACAGTGTGGGACGTGTTGGTCCACCTCTTCCTTGTTGCTACATTAAGgtatgtcatatgtcccattaaccgaaaaacagtgcag-tgagcttccaaccactacttattcatagatattgcattgaattatggtaatggtcattaatta------

upper sequence: LOC_Os05g25310.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA13G11700.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
CTATGGATTGACAGAGACTTGTGCTGGAGCAGCCTTTTCTGAATGGGATGACACAAGTGTGGGCCGTGTTGGTCCACCCCTTCCTTGTTGCTATGTCAAGgtctg-----tgccttactagggagagtca-gcttatctgatttatttgcttatacttactagggacagtcaacttatctgatgtatatgcatat-aattaacagat
 ||||| ||||| || || | |||||| || ||||| || || |||||||||   |||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |  | ||||| ||     |  |  |  |   | |   |   | |  |||  |     |   |||||| |        |    ||   | |||   |||   || ||||       
ATATGGCTTGACTGAAACATTTGCTGGGGCTGCCTTCTCGGAGTGGGATGACTACAGTGTGGGACGTGTTGGTCCACCTCTTCCTTGTTGCCACATTAAGgtatgccatatatcccatcaaccaaaacaacagtgaagtgaacttccaaccactacttattcatagatattgctttgaattatggtaatggccattaatt-------