Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGTTGTGCAGAGATTAGATCTTATGAAATCAAAAGCATCTGTCCTCAGTTCGgttggttacctatgtacttctgtgcttatatgcttccttttttagatattgctcttttttaagtttactaacctatttatggacag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g18010.3
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os04g18010.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G455115_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 9
AGTTGTGCAGAGATTAGATCTTATGAAATCAAAAGCATCTGTCCTCAGTTCGgttggttacctatgtactt-ctgtgcttatatgcttccttttt------tagatattgctct----tttttaagtttactaacctatttatggacag
|| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||| |||| || || ||| |   ||||      ||  |   |  ||    |||||| || ||   ||||  ||    | ||
AGCTGTGCAAAGATTAGATCTTATGAAATCCAAAGCATCTGTTCTTAGTTCGgttggttatctatgcacttgctgttctcatgtgcctttgttttgtcccttaactgaagggctgatgtttttatgtctatgtacctgcttgct-atag