1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
GAGATGGGAACAAGTGGATCCCTTGATGGGCAACAAAGATTGGTTATAAAAGGAAGATTTGCTCCTAAAAACTTTGAAGCCATACTTAGGAGATATATCAgtaagtttccttaatgtcacatgaatcttgctcatactctttaaagttactgctgaactataaacaaacttgcagctgtgatatccagaattcattagct...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g21550.2 |
intron # | 8 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AGGAAGATTTGCTCCTAAAAACTTTGAAGCCATACTTAGGAGATATATCA ATGAGTATGTCATATGCAATGGGTGCAAGAGTCCTGATACCATCCTTTCTAEST: gi|9865576|gb|AU101326.1|AU101326
genomic: AGGAAGATTTGCTCCTAAAAACTTTGAAGCCATACTTAGGAGATATATCAgtaagtttcc ... ctcctttcagATGAGTATGTCATATGCAATGGGTGCAAGAGTCCTGATACCATCCTTTCTA
EST: AGGAAGATTTGCTCCTAAAAACTTTGAAGCCATACTTAGGAGATATATCA ATGAGTATGTCATATGCAATGGGTGCAAGAGTCCTGATACCATCCTTTCTAEST: gi|88205220|gb|CI205069.1|CI205069
genomic: AGGAAGATTTGCTCCTAAAAACTTTGAAGCCATACTTAGGAGATATATCAgtaagtttcc ... ctcctttcagATGAGTATGTCATATGCAATGGGTGCAAGAGTCCTGATACCATCCTTTCTA
EST: AGGAAGATTTGCTCCTAAAAACTTTGAAGCCATACTTAGGAGATATATCA ATGAGTATGTCATATGCAATGGGTGCAAGAGTCCTGATACCATCCTTTCTAEST: gi|88273096|gb|CI388552.1|CI388552
genomic: AGGAAGATTTGCTCCTAAAAACTTTGAAGCCATACTTAGGAGATATATCAgtaagtttcc ... ctcctttcagATGAGTATGTCATATGCAATGGGTGCAAGAGTCCTGATACCATCCTTTCTA
EST: AGGAAGATTTGCTCCTAAAAACTTTGAAGCCATACTTAGGAGATATATCA ATGAGTATGTCATATGCAATGGGTGCAAGAGTCCTGATACCATCCTTTCTAEST: gi|88490910|gb|CI428182.1|CI428182
genomic: AGGAAGATTTGCTCCTAAAAACTTTGAAGCCATACTTAGGAGATATATCAgtaagtttcc ... ctcctttcagATGAGTATGTCATATGCAATGGGTGCAAGAGTCCTGATACCATCCTTTCTA
EST: AGGAAGATTTGCTCCTAAAAACTTTGAAGCCATACTTAGGAGATATATCA ATGAGTATGTCATATGCAATGGGTGCAAGAGTCCTGATACCATCCTTTCTAEST: gi|88416253|gb|CI535929.1|CI535929
genomic: AGGAAGATTTGCTCCTAAAAACTTTGAAGCCATACTTAGGAGATATATCAgtaagtttcc ... ctcctttcagATGAGTATGTCATATGCAATGGGTGCAAGAGTCCTGATACCATCCTTTCTA
EST: AGGAAGATTTGCTCCTAAAAACTTTGAAGCCATACTTAGGAGATATATCA ATGAGTATGTCATATGCAATGGGTGCAAGAGTCCTGATACCATCCTTTCTAEST: gi|88219103|gb|CI220376.1|CI220376
genomic: AGGAAGATTTGCTCCTAAAAACTTTGAAGCCATACTTAGGAGATATATCAgtaagtttcc ... ctcctttcagATGAGTATGTCATATGCAATGGGTGCAAGAGTCCTGATACCATCCTTTCTA
EST: AGGAAGATTTGCTCCTAAAAACTTTGAAGCCATACTTAGGAGATATATCA ATGAGTATGTCATATGCAATGGGTGCAAGAGTCCTGATACCATCCTTTCTAEST: gi|88850056|gb|CI091351.1|CI091351
genomic: AGGAAGATTTGCTCCTAAAAACTTTGAAGCCATACTTAGGAGATATATCAgtaagtttcc ... ctcctttcagATGAGTATGTCATATGCAATGGGTGCAAGAGTCCTGATACCATCCTTTCTA
EST: AGGAAGATTTGCTCCTAAAAACTTTGAAGCCATACTTAGGAGATATATCA ATGAGTATGTCATATGCAATGGGTGCAAGAGTCCTGATACCATCCTTTCTAEST: gi|58588566|gb|CF986874.1|CF986874
genomic: AGGAAGATTTGCTCCTAAAAACTTTGAAGCCATACTTAGGAGATATATCAgtaagtttcc ... ctcctttcagATGAGTATGTCATATGCAATGGGTGCAAGAGTCCTGATACCATCCTTTCTA
EST: AGGAAGATTTGCTCCTAAAAACTTTGAAGCCATACTTAGGAGATATATCA ATGAGTATGTGGTATGCAATGGGTGCAAGAGTCCTGATACCATCCTTTCTAEST: gi|58597410|gb|CK007938.1|CK007938
genomic: AGGAAGATTTGCTCCTAAAAACTTTGAAGCCATACTTAGGAGATATATCAgtaagtttcc ... ctcctttcagATGAGTATGTCATATGCAATGGGTGCAAGAGTCCTGATACCATCCTTTCTA
EST: AGGAAGATTTGCTCCTAAAAACTTTGAAGCCATACTTAGGAGATATATCA ATGAGTATGTCATATGCAATGGGTGCAAGAGTCCTGATACCATCCTTTCTAEST: gi|88530135|gb|CI457475.1|CI457475
genomic: AGGAAGATTTGCTCCTAAAAACTTTGAAGCCATACTTAGGAGATATATCAgtaagtttcc ... ctcctttcagATGAGTATGTCATATGCAATGGGTGCAAGAGTCCTGATACCATCCTTTCTA
EST: AAGATTTGCTCCTAAAAACTTTGAAGCCATACTTAGGAGATATATCA ATGAGTATGTCATATGCAATGGGTGCAAGAGTCCTGATACCATCCTTTCTAEST: gi|89169705|gb|CI110064.1|CI110064
genomic: AAGATTTGCTCCTAAAAACTTTGAAGCCATACTTAGGAGATATATCAgtaagtttcc ... ctcctttcagATGAGTATGTCATATGCAATGGGTGCAAGAGTCCTGATACCATCCTTTCTA
EST: AGGAAGATTTGCTCCTAAAAACTTTGAAGCCATACTTAGGAGATATATCA ATGAGTATGTCATATGCAATGGGTGCAAGAGTCCTGATACCATCCTTTCTAEST: gi|86415107|gb|CI069510.1|CI069510
genomic: AGGAAGATTTGCTCCTAAAAACTTTGAAGCCATACTTAGGAGATATATCAgtaagtttcc ... ctcctttcagATGAGTATGTCATATGCAATGGGTGCAAGAGTCCTGATACCATCCTTTCTA
EST: AGGAAGATTTGCTCCTAAAAACTTTGAAGCCATACTTAGGAGATATATCA ATGAGTATGTCATATGCAATGGGTGCAAGAGTCCTGATACCATCCTTTCTAEST: gi|88263631|gb|CI367405.1|CI367405
genomic: AGGAAGATTTGCTCCTAAAAACTTTGAAGCCATACTTAGGAGATATATCAgtaagtttcc ... ctcctttcagATGAGTATGTCATATGCAATGGGTGCAAGAGTCCTGATACCATCCTTTCTA
EST: AGGAAGATTTGCTCCTAAAAACTTTGAAGCCATACTTAGGAGATATATCA ATGAGTATGTCATATGCAATGGGTGCAAGAGTCCTTATACCATCCTTTCTAEST: gi|88273785|gb|CI394191.1|CI394191
genomic: AGGAAGATTTGCTCCTAAAAACTTTGAAGCCATACTTAGGAGATATATCAgtaagtttcc ... ctcctttcagATGAGTATGTCATATGCAATGGGTGCAAGAGTCCTGATACCATCCTTTCTA
EST: AGGAAGATTTGCTCCTAAAAACTTTGAAGCCATACTTAGGAGATAGATCA ATGAGTATGTCATATGCAATGGGTGCAAGAGTCCTGAGACCATCCTTTCTAEST: gi|86839841|gb|CI343749.1|CI343749
genomic: AGGAAGATTTGCTCCTAAAAACTTTGAAGCCATACTTAGGAGATATATCAgtaagtttcc ... ctcctttcagATGAGTATGTCATATGCAATGGGTGCAAGAGTCCTGATACCATCCTTTCTA
EST: AGGAAGATTTGCTCCTAAAAACTTTGAAGCCATACTTAGGAGATATATCA ATGAGTATGTCATATGCAATGGGTGCAAGAGTCCTGATACCATCCTTTCTAEST: gi|89174934|gb|CI111132.1|CI111132
genomic: AGGAAGATTTGCTCCTAAAAACTTTGAAGCCATACTTAGGAGATATATCAgtaagtttcc ... ctcctttcagATGAGTATGTCATATGCAATGGGTGCAAGAGTCCTGATACCATCCTTTCTA
EST: AGGAAGATTTGCTCCTAAAAACTTTGAAGCCATACTTAGGAGATATATCA ATGAGTATGTCATATGCAATGGGTGCAAGAGTCCTGATACCATCCTTTCTAEST: gi|88452062|gb|CI552770.1|CI552770
genomic: AGGAAGATTTGCTCCTAAAAACTTTGAAGCCATACTTAGGAGATATATCAgtaagtttcc ... ctcctttcagATGAGTATGTCATATGCAATGGGTGCAAGAGTCCTGATACCATCCTTTCTA
EST: AGGAAGATTTGGTCCTAAAAACTTTGAAGCCATACTTAGGAGATATATCA ATGAGTATGTCATATGCAATGGGTGCAAGAGTCCTNATACCATCCTTTCTA
genomic: AGGAAGATTTGCTCCTAAAAACTTTGAAGCCATACTTAGGAGATATATCAgtaagtttcc ... ctcctttcagATGAGTATGTCATATGCAATGGGTGCAAGAGTCCTGATACCATCCTTTCTA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GAGATGGGAACAAGTGGATCCCTTGATGGGCAACAAAGATTGGTTATAAAAGGAAGATTTGCTCCTAAAAACTTTGAAGCCATACTTAGGAGATATATCAgtaagtttccttaatgtcacatgaatcttgctcatactctttaaagttactgctgaactataaacaaacttgcagctgtgatatccagaattcattagct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaacaaa