Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATCTCAACATTTTAGTTGGAAAAGGTGGTCTGCATGGTAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAGgttcgtatgaactgtctcaaacaaaactttgccattactgcattgcccatagagtaactaaaggaaattctactttcatgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g07570.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g07570.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G124353_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 8
ATCTCAACATTTTAGTTGGAAAAGGTGGTCTGCATGGTAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAGgttcgta------tgaactgtctcaaacaaaactttgccattactgcattgcccatagagtaactaaaggaaattctactttcatgcag
|||||    |  |||||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| | | ||| |||||||||||| |      | || |     ||| ||||  ||    |||| ||||||| |  | |  ||||||   |||| ||  | |||     
ATCTCGGGGTACTAGTTGGAAAGGGCGGTCTGCATGGTAACGTCTTCAGAATAAAACCACCGATGTGCTTTTCGAAGGACGATGCAGgttcgaaaagttctcaagtccagaaaaaaaaaacttcaagttaccgcattgcgcgcaca--aactaacaaaaatgctgttatcacag--

upper sequence: LOC_Os03g07570.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA18G02440.1 (Glycine max), 5'ss of exon 10
ATCTCAACATTTTAGTTGGAAAAGGTGGTCTGCATGGTAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAGgttcgtatgaactgtctcaaacaaaactttgccattactgcattgcccatagagtaactaaaggaaattctactttcatgcag
| |||   ||| ||||||| ||||| || |||||||| ||||| || ||||| || ||||||||||| || || |  ||||||||||||   ||| ||   |      |      |   ||  ||    |||    | ||||    |                       
AGCTCGGTATTCTAGTTGGGAAAGGAGGGCTGCATGGAAATGTTTTTAGGATCAAGCCACCAATGTGTTTCACCAAAGATGATGCAGgt--atataaataattctgtcctggctctcttca--accaagttg----tggagt--tcag----------------------

upper sequence: LOC_Os03g07570.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA11G36000.3 (Glycine max), 5'ss of exon 8
ATCTCAACATTTTAGTTGGAAAAGGTGGTCTGCATGGTAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAGgttcgta--tgaactgtctcaaacaaaactttgccattactgcattgcccatagagta-actaaaggaaatt--ctactttcatgcag-----
| |||   ||| ||||||||||||| || |||||||| ||||| || ||||| || ||||||||||| || || |  ||||||||||||   ||  | || | | ||        ||||  |     ||    | ||| |   |    | |||   | |  ||   ||| ||  |     
AGCTCGGTATTCTAGTTGGAAAAGGAGGGCTGCATGGAAATGTTTTTAGGATCAAGCCACCAATGTGTTTCACCAAAGATGATGCAGgtatataaataaattctgtcctggctctctttaaccaagttgtggagtccagattctttgttgaagtccactgactggcttcctgatgtgcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88993911|gb|CI114201.1|CI114201
EST:     TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAG                         ATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
genomic: TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAGgttcgtatga ... tttcatgcagATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
EST: gi|27553979|gb|CA997879.1|CA997879
EST:     TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAG                         ATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
genomic: TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAGgttcgtatga ... tttcatgcagATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
EST: gi|89182072|gb|CI012006.1|CI012006
EST:     GGGATGATGCAG                         ATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
genomic: GGGATGATGCAGgttcgtatga ... tttcatgcagATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
EST: gi|86433407|gb|CI093750.1|CI093750
EST:     TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAG                         ATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
genomic: TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAGgttcgtatga ... tttcatgcagATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
EST: gi|86489526|gb|CI132159.1|CI132159
EST:     TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAG                         ATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
genomic: TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAGgttcgtatga ... tttcatgcagATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
EST: gi|88901607|gb|CI001715.1|CI001715
EST:     TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAG                         ATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
genomic: TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAGgttcgtatga ... tttcatgcagATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
EST: gi|116875647|gb|EC366155.1|EC366155
EST:     TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAG                         ATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
genomic: TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAGgttcgtatga ... tttcatgcagATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
EST: gi|29688224|gb|CB684499.1|CB684499
EST:     TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAG                         ATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGTTGC
genomic: TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAGgttcgtatga ... tttcatgcagATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
EST: gi|89187520|gb|CI114480.1|CI114480
EST:     TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAG                         ATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
genomic: TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAGgttcgtatga ... tttcatgcagATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
EST: gi|86485326|gb|CI127959.1|CI127959
EST:     AGGGATGATGCAG                         ATTACCTGGTGAATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
genomic: AGGGATGATGCAGgttcgtatga ... tttcatgcagATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
EST: gi|88834360|gb|CI077643.1|CI077643
EST:     TTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAG                         ATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
genomic: TTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAGgttcgtatga ... tttcatgcagATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
EST: gi|38473892|gb|CF958024.1|CF958024
EST:     TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAG                         ATTACCTGCTGGATGCCATGGACTATGCAATGT
genomic: TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAGgttcgtatga ... tttcatgcagATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGT
EST: gi|88907110|gb|CI089904.1|CI089904
EST:     TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAG                         ATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
genomic: TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAGgttcgtatga ... tttcatgcagATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
EST: gi|89176508|gb|CI111547.1|CI111547
EST:     TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAG                         ATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
genomic: TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAGgttcgtatga ... tttcatgcagATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
EST: gi|27578133|gb|CB000828.1|CB000828
EST:     TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAG                         ATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
genomic: TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAGgttcgtatga ... tttcatgcagATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
EST: gi|89163358|gb|CI100248.1|CI100248
EST:     TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAG                         ATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
genomic: TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAGgttcgtatga ... tttcatgcagATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
EST: gi|86260783|gb|CI000231.1|CI000231
EST:     CTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAG                         ATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
genomic: CTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAGgttcgtatga ... tttcatgcagATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
EST: gi|88993673|gb|CI112577.1|CI112577
EST:     TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAG                         ATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
genomic: TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAGgttcgtatga ... tttcatgcagATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
EST: gi|86519627|gb|CI159833.1|CI159833
EST:     TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAG                         ATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
genomic: TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAGgttcgtatga ... tttcatgcagATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
EST: gi|86491239|gb|CI133872.1|CI133872
EST:     TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAG                         ATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
genomic: TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAGgttcgtatga ... tttcatgcagATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
EST: gi|89162358|gb|CI104686.1|CI104686
EST:     TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAG                         ATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
genomic: TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAGgttcgtatga ... tttcatgcagATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
EST: gi|29636945|gb|CB641954.1|CB641954
EST:     TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAG                         ATTACTTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTTTGAGAGCTGC
genomic: TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAGgttcgtatga ... tttcatgcagATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
EST: gi|89187693|gb|CI115139.1|CI115139
EST:     TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAG                         ATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
genomic: TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAGgttcgtatga ... tttcatgcagATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
EST: gi|86840475|gb|CI333788.1|CI333788
EST:     TGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATCCAG                         ATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
genomic: TGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAGgttcgtatga ... tttcatgcagATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
EST: gi|86497504|gb|CI140137.1|CI140137
EST:     TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAG                         ATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
genomic: TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAGgttcgtatga ... tttcatgcagATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
EST: gi|88223750|gb|CI223599.1|CI223599
EST:     TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAG                         ATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
genomic: TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAGgttcgtatga ... tttcatgcagATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
EST: gi|87015740|gb|CI277698.1|CI277698
EST:     AATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACCAAGGGATGATGCAG                         ATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
genomic: AATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTAC-AAGGGATGATGCAGgttcgtatga ... tttcatgcagATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
EST: gi|88834152|gb|CI000516.1|CI000516
EST:     TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAG                         ATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
genomic: TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAGgttcgtatga ... tttcatgcagATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
EST: gi|89181642|gb|CI113148.1|CI113148
EST:     TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAACGTGCTTTACAAGGGATGATGCAG                         ATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
genomic: TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAGgttcgtatga ... tttcatgcagATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
EST: gi|14571325|gb|BI118693.1|BI118693
EST:     TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAR                         ATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC
genomic: TAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAGgttcgtatga ... tttcatgcagATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 74 (upstream exon), 75 (downstream exon)
Score: 143

ATCTCAACATTTTAGTTGGAAAAGGTGGTCTGCATGGTAATGTCTTCAGGATAAAACCACCAATGTGCTTTACAAGGGATGATGCAGgttcgtatga ... tttcatgcagATTACCTGGTGGATGCCATGGACTATGCAATGTCAGGGCTCTGAGAGCTGCACCCTGAATACCAAAGCCGTCTGCCATCCTCAACGCAAGAAGATTCATG




<











<


<