1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
GCTTTTTCTAAACTCAGCATGCTCGCGGAGCAAAGGGGCGATGCTTATGCAAATGCTGATGTGAGGGTTTCTCTTGAAGgtataacttcacaagtttttcgcaaatccgcgctttcccatttagagaatatgtgctaggttatgtgcgacacattacttttaagtaatgcttgataactccatttttccctgcatagaataacatatatgtttttggaacttgcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g51410.1 |
intron # | 8 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GCAAAGGGGCGATGCTTATGCAAATGCTGATGTGAGGGTTTCTCTTGAAG AGATTGCATCTAAACAGGGTCATGATGATGTATCGAAGCTAACACCAACTGEST: gi|29661028|gb|CB657303.1|CB657303
genomic: GCAAAGGGGCGATGCTTATGCAAATGCTGATGTGAGGGTTTCTCTTGAAGgtataacttc ... gaacttgcagAGATTGCATCTAAACAGGGTCATGATGATGTATCGAAGCTAACACCAACTG
EST: GCAAAGGGGCGATGCTTATGCAAATGCTGATGTGAGGGTTTCTCTTGAAG AGATTGCATCTAAACAGGGTCATGATGATGTATCGAAGCTAACACCAACTGEST: gi|13421097|gb|AU175176.1|AU175176
genomic: GCAAAGGGGCGATGCTTATGCAAATGCTGATGTGAGGGTTTCTCTTGAAGgtataacttc ... gaacttgcagAGATTGCATCTAAACAGGGTCATGATGATGTATCGAAGCTAACACCAACTG
EST: G-AAAGGGGCGATGCTTATGCAAATGCTGATGTGAGGGTTTCTCTTGAAG AGATTGCATCTAAACAGGGTCATGATGATGTATCGAAGCTAACACCAACTGEST: gi|88662165|gb|CI465740.1|CI465740
genomic: GCAAAGGGGCGATGCTTATGCAAATGCTGATGTGAGGGTTTCTCTTGAAGgtataacttc ... gaacttgcagAGATTGCATCTAAACAGGGTCATGATGATGTATCGAAGCTAACACCAACTG
EST: GCAAAGGGGCGATGCTTATGCAAATGCTGATNTGAGGGTTTTTCTTGAAG AGATTGCATCTAAACAGGGTCATGATGATGTATCGAAGCTAACACCAACTGEST: gi|29687751|gb|CB684026.1|CB684026
genomic: GCAAAGGGGCGATGCTTATGCAAATGCTGATGTGAGGGTTTCTCTTGAAGgtataacttc ... gaacttgcagAGATTGCATCTAAACAGGGTCATGATGATGTATCGAAGCTAACACCAACTG
EST: GCAAAGGGGCGATGCTTATGCAAATGCTGATGTGAGGGTTTCTCTTGAAG AGATTGCATCTAAACAGGGTCATGATGATGTATCGAAGCTAACACCAACTGEST: gi|38479517|gb|CF963624.1|CF963624
genomic: GCAAAGGGGCGATGCTTATGCAAATGCTGATGTGAGGGTTTCTCTTGAAGgtataacttc ... gaacttgcagAGATTGCATCTAAACAGGGTCATGATGATGTATCGAAGCTAACACCAACTG
EST: GCAAAGGGGCGATGCTTATGCAAATGCTGATGTGAGGGTTTCTCTTGAAG AGATTGCATCTAAACAGGGTCATGATGATGTATCGAAGCTAACACCAACTGEST: gi|29660345|gb|CB656620.1|CB656620
genomic: GCAAAGGGGCGATGCTTATGCAAATGCTGATGTGAGGGTTTCTCTTGAAGgtataacttc ... gaacttgcagAGATTGCATCTAAACAGGGTCATGATGATGTATCGAAGCTAACACCAACTG
EST: GCAAAGGGGCGATGCTTATGCAAATGCTGATGTGAGGGTTTCTCTTGAAG AGATTGCATCTAAACAGGGTCATGATGATGTATCGAAGCTAACACCAACTGEST: gi|88994897|gb|CI036478.1|CI036478
genomic: GCAAAGGGGCGATGCTTATGCAAATGCTGATGTGAGGGTTTCTCTTGAAGgtataacttc ... gaacttgcagAGATTGCATCTAAACAGGGTCATGATGATGTATCGAAGCTAACACCAACTG
EST: GGGGCGATGCTTATGCAAATGCTGATGTGAGGGTTTCTCTTGAAG AGATTGCATCTAAACAGGGTCATGATGATGTATCGAAGCTAACACCAACTGEST: gi|29687750|gb|CB684025.1|CB684025
genomic: GGGGCGATGCTTATGCAAATGCTGATGTGAGGGTTTCTCTTGAAGgtataacttc ... gaacttgcagAGATTGCATCTAAACAGGGTCATGATGATGTATCGAAGCTAACACCAACTG
EST: GCAAAGGGGCGATGCTTATGCAAATGCTGATGTGAGGGTTTCTCTTGAAG AGATTGCATCTAAACAGGGTCATGATGATGTAEST: gi|29660284|gb|CB656559.1|CB656559
genomic: GCAAAGGGGCGATGCTTATGCAAATGCTGATGTGAGGGTTTCTCTTGAAGgtataacttc ... gaacttgcagAGATTGCATCTAAACAGGGTCATGATGATGTA
EST: GCAAAGGGGCGATGCTTATGCAAATGCTGATGTGAGGGTTTCTCTTGAAG AGATTGCATCTAAACAGGGTCATGATGATGTATCGAAGCTAACACCAACTGEST: gi|87019864|gb|CI299262.1|CI299262
genomic: GCAAAGGGGCGATGCTTATGCAAATGCTGATGTGAGGGTTTCTCTTGAAGgtataacttc ... gaacttgcagAGATTGCATCTAAACAGGGTCATGATGATGTATCGAAGCTAACACCAACTG
EST: GCAAAGGGGCGATGCTTATGCAAATGCTGATGTGAGGGTTTCTCTTGAAG AGATTGCATCTAAACAGGGTCATGATGATGTATCGAAGCTAACACCAACTGEST: gi|38475540|gb|CF959673.1|CF959673
genomic: GCAAAGGGGCGATGCTTATGCAAATGCTGATGTGAGGGTTTCTCTTGAAGgtataacttc ... gaacttgcagAGATTGCATCTAAACAGGGTCATGATGATGTATCGAAGCTAACACCAACTG
EST: GCAAAGGGGCGATGCTTATGCAAATGCTGATGTGAGGGTTTCTCTTGAAG AGATTGCATCTAAACAGGGTCATGATGATGTATCGAAGCTAACACCAACTG
genomic: GCAAAGGGGCGATGCTTATGCAAATGCTGATGTGAGGGTTTCTCTTGAAGgtataacttc ... gaacttgcagAGATTGCATCTAAACAGGGTCATGATGATGTATCGAAGCTAACACCAACTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCTTTTTCTAAACTCAGCATGCTCGCGGAGCAAAGGGGCGATGCTTATGCAAATGCTGATGTGAGGGTTTCTCTTGAAGgtataacttcacaagtttttcgcaaatccgcgctttcccatttagagaatatgtgctaggttatgtgcgacacattacttttaagtaatgcttgataactccatttttccctgcatagaataacatatatgtttttggaacttgcag
- - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG