Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCTCATTTGGAACCGTGCACCGTGCGGATTGGAATGGCTCGgtatgtctctttttattacaagcacattttacagtgtgcttatgtgttacaagttactacttgaatagtgaccggtctaacatgtactgcatacaactac...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g32610.2
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g32610.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G059671_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 6
GCTCATTTGGAACCGTGCACCGTGCGGATTGGAATGGCTCGgtatgtctctttttatt----acaagcacattttacagtgtgcttatgtgttacaagttactacttgaatagtgaccggtctaacatgtactgcatacaactac-
| || ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |  | | | |    |||||||  ||||    ||   || || ||||   | || |   |  ||  |     | |  | |   ||   ||   | ||  
GTTCTTTTGGTACTGTGCACCGTGCGGATTGGAATGGTTCGgtatgttttctgtcacttagcacaagcatgtttt---ttgcagtt-tgggttaatggatattctctatatc-tctgtagacacataaacacaatatttcattatg
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33675051|gb|CF303290.1|CF303290
EST:     GCGGATTGGAATGGCTCG                         GATGTTGCTGTAAAGATTTTGATGGAGCAAGACTTCCACCCAGAGCGTCTC
genomic: GCGGATTGGAATGGCTCGgtatgtctct ... catgtctcagGATGTTGCTGTAAAGATTTTGATGGAGCAAGACTTCCACCCAGAGCGTCTC
EST: gi|29665412|gb|CB661687.1|CB661687
EST:     GCTCATTTGGAACCGTGCACCGTGCGGATTGGAATGGCTCG                         GATGTTGCTGTAAAGATTTTGATGGAGCAAGACTTCCACCCAGAGCGTCTC
genomic: GCTCATTTGGAACCGTGCACCGTGCGGATTGGAATGGCTCGgtatgtctct ... catgtctcagGATGTTGCTGTAAAGATTTTGATGGAGCAAGACTTCCACCCAGAGCGTCTC
EST: gi|29664339|gb|CB660614.1|CB660614
EST:     GCTCATTTGGAACCGTGCACCGTGCGGATTGGAATGGCTCG                         GATGTTGCTGTAAAGATTTTGATGGAGCAAGACTTCCACCCAGAGCGTCTC
genomic: GCTCATTTGGAACCGTGCACCGTGCGGATTGGAATGGCTCGgtatgtctct ... catgtctcagGATGTTGCTGTAAAGATTTTGATGGAGCAAGACTTCCACCCAGAGCGTCTC