Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGGTTCTGCTGCTGCTGACATGTCCCACGTTGCCCTAGGCATTACAGAAGCCTACTGGGAATACCGACTTAAGCCTTGGGATATGGCTGCTGGTGTTCTGgtaatctttttttaccctatcagaacccgcagttcatgattggaattaaactttgataaaagaaaagatatccaagttcagtaaaaacaaggatttgatt...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g07350.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g07350.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G051276_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 8
AGGTTCTGCTGCTGCTGACATGTCCCACGTTGCCCTAGGCATTACAGAAGCCTACTGGGAATACCGACTTAAGCCTTGGGATATGGCTGCTGGTGTTCTGgtaatctttttttaccctatcagaacccgcagttcatgattggaattaaactttgataaaagaaaagatatccaagttcagtaaaaaca--aggatttgatt
||| |||||||||||||||||||||||| |||  || || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||| | | |  ||||  ||||       | | |       |  ||| |    ||    |||  |  | |    ||   |  | |  |||  || | |  || 
AGGGTCTGCTGCTGCTGACATGTCCCACATTGGACTTGGTATTACAGAAGCTTACTGGGAATACCGACTTAAGCCATGGGATATGGCTGCTGGCGTCCTGgtagt-tatagttactttatctcccatgggaatattaacatttaataagtacttctccaaatcagtgttgataaataaccatgagtacatcagaactaaat-

upper sequence: LOC_Os02g07350.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA06G25880.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
AGGTTCTGCTGCTGCTGACATGTCCCACGTTGCCCTAGGCATTACAGAAGCCTACTGGGAATACCGACTTAAGCCTTGGGATATGGCTGCTGGTGTTCTGgtaatctttttttaccctatcagaacccgcagttcatgattggaattaaactttgataaaagaaaagatatccaagttcagtaaaaacaaggatttgatt----
 ||  | ||||| |  |||||||  || |||||  | || |||  |||||| || |||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||| |||||  ||||   |    |||||          ||| ||| | |   ||| | ||||       | |   |   || ||      ||   |  |||||  |    
TGGCGCAGCTGCCGTGGACATGTGTCATGTTGCATTGGGAATTGTAGAAGCTTATTGGGAATATCGTCTAAAGCCATGGGATATGGCTGCTGGTGTTTTGgtatgctttgagttttatatcattgataatgattc-tgactag---taagccttgaatctttgagactaaagtaatttttcctgaagagattatttgtctaatg

upper sequence: LOC_Os02g07350.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
lower sequence: Vv01s0011g01800.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 9
AGGTTCTGCTGCTGCTGACATGTCCCACGTTGCCCTAGGCATTACAGAAGCCTACTGGGAATACCGACTTAAGCCTTGGGATATGGCTGCTGGTGTTCTGgtaatctttttttaccctatcagaacccgcagttcatgattggaattaaactttgataaaagaaaagatatccaagttcagtaaaaacaaggatttgatt
 ||| ||||||| |  ||||||| ||| ||||| || || |||  |||||| || ||||||||||| || || || ||||||||||||||||| ||| ||||| | |||||||    |   |  |||   | |      ||  | ||||   | |  || |   | | ||     ||    | |  |    |      | 
TGGTGCTGCTGCAGTGGACATGTGCCATGTTGCTCTTGGGATTGTAGAAGCGTATTGGGAATACCGTCTAAAACCATGGGATATGGCTGCTGGCGTTTTGgtacttttttttttttttccaaagacctctattctgattttatacttaacaatggtcaataaggatggtaagagggtaggttcaggatggagtgacccta

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86497781|gb|CI140414.1|CI140414
EST:     CCTACTGGGAATACCGACTTAAGCCTTGGGATATGGCTGCTGGTGTTCTG                         ATAGTTGAAGAAGCTGGTGGGATGGTGTCACGCATGGATGGTGGGGAGTTT
genomic: CCTACTGGGAATACCGACTTAAGCCTTGGGATATGGCTGCTGGTGTTCTGgtaatctttt ... tttactacagATAGTTGAAGAAGCTGGTGGGATGGTGTCACGCATGGATGGTGGGGAGTTT
EST: gi|29661947|gb|CB658222.1|CB658222
EST:     CCTACTGGGAATACCGACTTAAGCCTTGGGATATGGCTGCTGGTGTTCTG                         ATAGTTGAAGAAGCTGGTGGGATGGTGTCACGCATGGATGGTGGGGAGTTT
genomic: CCTACTGGGAATACCGACTTAAGCCTTGGGATATGGCTGCTGGTGTTCTGgtaatctttt ... tttactacagATAGTTGAAGAAGCTGGTGGGATGGTGTCACGCATGGATGGTGGGGAGTTT
EST: gi|14192112|gb|AU184323.1|AU184323
EST:     CCTACTGGGAATACCGACTTAAGCCTTGGGATATGGCTGCTGGTGTTCTG                         ATAGTTGAAGAAGCTGGTGGGATGGTGTCACGCATGGATGGTGGGGAGTTT
genomic: CCTACTGGGAATACCGACTTAAGCCTTGGGATATGGCTGCTGGTGTTCTGgtaatctttt ... tttactacagATAGTTGAAGAAGCTGGTGGGATGGTGTCACGCATGGATGGTGGGGAGTTT
EST: gi|66924326|gb|CX111174.1|CX111174
EST:     CCTATTGGGAATACCGACTTAAGCCTTGGGATATGGCTGCTGGTGTTCTG                         ATAGTTGAAGAAGCTGGTGGGATGGTGTCACGCATGGATGGTGGGGAGTTT
genomic: CCTACTGGGAATACCGACTTAAGCCTTGGGATATGGCTGCTGGTGTTCTGgtaatctttt ... tttactacagATAGTTGAAGAAGCTGGTGGGATGGTGTCACGCATGGATGGTGGGGAGTTT
EST: gi|86837390|gb|CI347823.1|CI347823
EST:     CCTACTGGGAATACCGACTTAAGCCTTGGGATATGGCTGCTGGTGTTCTG                         ATAGTTGAAGAAGCTGGTGGGATGGTGTCACGCATGGATGGTGGGGAGTTT
genomic: CCTACTGGGAATACCGACTTAAGCCTTGGGATATGGCTGCTGGTGTTCTGgtaatctttt ... tttactacagATAGTTGAAGAAGCTGGTGGGATGGTGTCACGCATGGATGGTGGGGAGTTT
EST: gi|94362390|gb|CI052303.1|CI052303
EST:     CCTACTGGGAATACCGACTTAAGCCTTGGGATATGGCTGCTGGTGTTCTG                         ATAGTTGAAGAAGCTGGTGGGATGGTGTCACGCATGGATGGTGGGGAGTTT
genomic: CCTACTGGGAATACCGACTTAAGCCTTGGGATATGGCTGCTGGTGTTCTGgtaatctttt ... tttactacagATAGTTGAAGAAGCTGGTGGGATGGTGTCACGCATGGATGGTGGGGAGTTT
EST: gi|88980653|gb|CI022366.1|CI022366
EST:     CCTACTGGGAATACCGACTTAAGCCTTGGGATATGGCTGCTGGTGTTCTG                         ATAGTTGAAGAAGCTGGTGGGATGGTGTCACGCATGGATGGTGGGGAGTTT
genomic: CCTACTGGGAATACCGACTTAAGCCTTGGGATATGGCTGCTGGTGTTCTGgtaatctttt ... tttactacagATAGTTGAAGAAGCTGGTGGGATGGTGTCACGCATGGATGGTGGGGAGTTT
EST: gi|12623076|gb|AU173289.1|AU173289
EST:     CCTACTGGGAATACCGACTTAAGCCTTGGGATATGGCTGCTGGTGTTCTG                         ATAGTTGAAGAAGCTGGTGGGATGGTGTCACGCATGGATGGTGGGGAGTTT
genomic: CCTACTGGGAATACCGACTTAAGCCTTGGGATATGGCTGCTGGTGTTCTGgtaatctttt ... tttactacagATAGTTGAAGAAGCTGGTGGGATGGTGTCACGCATGGATGGTGGGGAGTTT
EST: gi|88226163|gb|CI226079.1|CI226079
EST:     CCTACTGGGAATACCGACTTAAGCCTTGGGATATGGCTGCTGGTGTTCTG                         ATAGTTGAAGAAGCTGGTGGGATGGTGTCACGCATGGATGGTGGGGAGTTT
genomic: CCTACTGGGAATACCGACTTAAGCCTTGGGATATGGCTGCTGGTGTTCTGgtaatctttt ... tttactacagATAGTTGAAGAAGCTGGTGGGATGGTGTCACGCATGGATGGTGGGGAGTTT
EST: gi|88836626|gb|CI010882.1|CI010882
EST:     CCTACTGGGAATACCGACTTAAGCCTTGGGATATGGCTGCTGGTGTTCTG                         ATAGTTGAAGAAGCTGGTGGGATGGTGTCACGCATGGATGGTGGGGAGTTT
genomic: CCTACTGGGAATACCGACTTAAGCCTTGGGATATGGCTGCTGGTGTTCTGgtaatctttt ... tttactacagATAGTTGAAGAAGCTGGTGGGATGGTGTCACGCATGGATGGTGGGGAGTTT
EST: gi|22306217|gb|BQ907439.1|BQ907439
EST:     CCTATTGGGAATACCGACTTAAGCCTTGGGATATGGCTGCTGGTGTTCTG                         ATAGTTGAAGAAGCTGGTGGGATGGTGTCACGCATGGATGGTGGGGAGTTT
genomic: CCTACTGGGAATACCGACTTAAGCCTTGGGATATGGCTGCTGGTGTTCTGgtaatctttt ... tttactacagATAGTTGAAGAAGCTGGTGGGATGGTGTCACGCATGGATGGTGGGGAGTTT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 60 (upstream exon), 68 (downstream exon)
Score: 12

AGGTTCTGCTGCTGCTGACATGTCCCACGTTGCCCTAGGCATTACAGAAGCCTACTGGGAATACCGACTTAAGCCTTGGGATATGGCTGCTGGTGTTCTGgtaatctttt ... tttactacagATAGTTGAAGAAGCTGGTGGGATGGTGTCACGCATGGATGGTGGGGAGTTTACCGTCTTTGATCGTTCTGTCCTTGTTTCCAATGGTGTTGTACATGATC




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGGTTCTGCTGCTGCTGACATGTCCCACGTTGCCCTAGGCATTACAGAAGCCTACTGGGAATACCGACTTAAGCCTTGGGATATGGCTGCTGGTGTTCTGgtaatctttttttaccctatcagaacccgcagttcatgattggaattaaactttgataaaagaaaagatatccaagttcagtaaaaacaaggatttgatt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aagaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaacaa