1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
GTACTCGGGAACAAATATCAAAGCAAGCTGCTAGAAGTAATTGATGCTAGgtaagtaatgttcaatgtactcttgttgggacactctttttgtttgttcttcattttctttaatgttccttccattttaataaattaatcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g04020.1 |
intron # | 8 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GTACGCGGGAACAAATATCAAAGCAAGCTGCTAGAAGTAATTGATGCTAG TGAATTGCCGGAATTCCTTGGTGGCGCTTGTACCTGTCCTGAATATGGAGGEST: gi|29625318|gb|CB630329.1|CB630329
genomic: GTACTCGGGAACAAATATCAAAGCAAGCTGCTAGAAGTAATTGATGCTAGgtaagtaatg ... aattaatcagTGAATTGCCGGAATTCCTTGGTGGCGCTTGTACCTGTCCTGAATATGGAGG
EST: GTACTCGGGAACAAATATCAAAGCAAGCTGCTAGAAGTAATTGATGCTAG TGAATTGCCGGAATTCCTTGGTGGCGCTTGTACCTGTCCTGAATATGGAGGEST: gi|29625357|gb|CB630368.1|CB630368
genomic: GTACTCGGGAACAAATATCAAAGCAAGCTGCTAGAAGTAATTGATGCTAGgtaagtaatg ... aattaatcagTGAATTGCCGGAATTCCTTGGTGGCGCTTGTACCTGTCCTGAATATGGAGG
EST: GTACTCGGGAACAAATATCAAAGCAAGCTGCTAGAAGTAATTGATGCTAG TGAATTGCCGGAATTCCTTGGTGGCGCTTGTACCTGTCCTGAATATGGAGGEST: gi|58663368|gb|CK052054.1|CK052054
genomic: GTACTCGGGAACAAATATCAAAGCAAGCTGCTAGAAGTAATTGATGCTAGgtaagtaatg ... aattaatcagTGAATTGCCGGAATTCCTTGGTGGCGCTTGTACCTGTCCTGAATATGGAGG
EST: TGCTAGAAGTAATTGATGCTAG TGAATTGCCGGAATTCCTTGGTGGCGCTTGTACCTGTCCTGAATATGGAGGEST: gi|58659119|gb|CK047799.1|CK047799
genomic: TGCTAGAAGTAATTGATGCTAGgtaagtaatg ... aattaatcagTGAATTGCCGGAATTCCTTGGTGGCGCTTGTACCTGTCCTGAATATGGAGG
EST: GTACTCGGGAACAAATATCAAAGCAAGCTGCTAGAAGTAATTGATGCTAG TGAATTGCCGGAATTCCTTGGTGGCGCTTGTACCTGTCCTGAATATGGAGGEST: gi|29640359|gb|CB645368.1|CB645368
genomic: GTACTCGGGAACAAATATCAAAGCAAGCTGCTAGAAGTAATTGATGCTAGgtaagtaatg ... aattaatcagTGAATTGCCGGAATTCCTTGGTGGCGCTTGTACCTGTCCTGAATATGGAGG
EST: GTACTCGGGAACAAATATCAAAGCAAGCTGCTAGAAGTAATTGATGCTAG TGAATTGCCGGAATTCCTTGGTGGCGCTTGTACCTGTCCTGAATATGGAGGEST: gi|2310407|gb|C26562.1|C26562
genomic: GTACTCGGGAACAAATATCAAAGCAAGCTGCTAGAAGTAATTGATGCTAGgtaagtaatg ... aattaatcagTGAATTGCCGGAATTCCTTGGTGGCGCTTGTACCTGTCCTGAATATGGAGG
EST: TACTCGGGGACAAATATCAAAGCAAGCTGCTAGGAGTAATTTGNTGCTAG TGAATTGCCGGA-TTCCTTEST: gi|58677461|gb|CK066148.1|CK066148
genomic: TACTCGGGAACAAATATCAAAGCAAGCTGCTAGAAGTAATT-GATGCTAGgtaagtaatg ... aattaatcagTGAATTGCCGGAATTCCTT
EST: GTACTCGGGAACAAATATCAAAGCAAGCTGCTAGAAGTAATTGATGCTAG TGAATTGCCGGAATTCCTTGGTGGCGCTTGTACCTGTCCTGAATATGGAGGEST: gi|88586158|gb|CI703844.1|CI703844
genomic: GTACTCGGGAACAAATATCAAAGCAAGCTGCTAGAAGTAATTGATGCTAGgtaagtaatg ... aattaatcagTGAATTGCCGGAATTCCTTGGTGGCGCTTGTACCTGTCCTGAATATGGAGG
EST: GTACTCGGGAACAAATATCAAAGCAAGCTGCTAGAAGTAATTGATGCTAG TGAATTGCCGGAATTCCTTGGTGGCGCTTGTACCTGTCCTGAATATGGAGG
genomic: GTACTCGGGAACAAATATCAAAGCAAGCTGCTAGAAGTAATTGATGCTAGgtaagtaatg ... aattaatcagTGAATTGCCGGAATTCCTTGGTGGCGCTTGTACCTGTCCTGAATATGGAGG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTACTCGGGAACAAATATCAAAGCAAGCTGCTAGAAGTAATTGATGCTAGgtaagtaatgttcaatgtactcttgttgggacactctttttgtttgttcttcattttctttaatgttccttccattttaataaattaatcag
- - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT