Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGGATGTTTAAGCTTAGCGAATGGGCTCATTTTTCCTCGTATGATGTTGGTTTGCACTCGGGCTCTACTGCTTCTCATATCTTGgtatgtttcagctaatccattagttagattaactgccattctctatttatgtgggcttattaacagagcttgttctggtccttttgggtctgctttaaggttttttctccttaaagttgcatattttaattgctctcctttctttcatttactcaatacatggattag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g72940.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g72940.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G133885_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 11
GTGGATGTTTAAGCTTAGCGAATGGGCTCATTTTTCCTCGTATGATGTTGGTTTGCACTCGGGCTCTACTGCTTCTCATATCTTGgtatgtttcagctaatccattagttagattaactgccattctctatttatgtgggct-tattaacagagcttgttctggtccttttgggtctgctttaaggttttttctccttaaagttgcatattttaattgctctcctttctttcatttactcaatacatggattag
||||||||| ||||| || |||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||  |||| |||| ||| || |||||  | || |||||||   |   | |   | ||     | |   |   |  || ||||   || ||       |||| | | ||                                                                   
GTGGATGTTCAAGCTCAGTGAATGGGCACATTTCTCCACGTATGATGTTGGTTTGCACTCTGGCTCTACAGCTTCACATATTCTGgtgtgtt-cagttactccatatggtacattaacttaaaaattttgagtgtgcaaaatatggcagttgtact-gttcccttcattaaaacaatgctgtgatgtaag----------------------------------------------------------------

upper sequence: LOC_Os01g72940.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G001814_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
GTGGATGTTTAAGCTTAGCGAATGGGCTCATTTTTCCTCGTATGATGTTGGTTTGCACTCGGGCTCTACTGCTTCTCATATCTTGgtatgtttcagctaatccattagttagattaact-gccattctctatttatgtgggcttattaacagagcttgttctggtccttttgggtctgctttaaggttttttctccttaaagttgcatattttaattgctctcctttctttcatttactcaatacatggattag
||||||||| ||||| || |||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||  |||| |||| ||| || |||||  | || |||||||    | | |  | | ||    | |     |  |   |||| ||| ||| ||          ||||    |  | |  |  |||                                                    
GTGGATGTTCAAGCTCAGTGAATGGGCACATTTCTCCACGTATGATGTTGGTTTGCACTCTGGCTCTACAGCTTCACATATTCTGgtgtgtt-cagttactccatatggtacattaacttaaaaattttgagtgatacaagat-----atggcagttgtactgttcccttaa--------ttaaacaatgctgtgatgtaag----------------------------------------------------

upper sequence: LOC_Os01g72940.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G146996_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
GTGGATGTTTAAGCTTAGCGAATGGGCTCATTTTTCCTCGTATGATGTTGGTTTGCACTCGGGCTCTACTGCTTCTCATATCTTGgtatgtttcagctaatccattagttagattaactgccattctctatttatgtgggcttattaacagagcttgttctggtccttttgggtctgctttaaggttttttctccttaaagttgcatattttaattgctctcctttctttcatttactcaatacatggattag
||||||||| ||||| || |||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||  |||| |||| ||| || |||||  | || |||||||   |   |    ||  |||     ||  |  |   |||| ||| ||| ||          ||||    |  | |  |  |||                                                    
GTGGATGTTCAAGCTCAGTGAATGGGCACATTTATCCACGTATGATGTTGGTTTGCACTCTGGCTCTACAGCTTCACATATTCTGgtgtgtt-cagttactccatatggtacattaacttaaaaatt----ttgagtgatacaatatatggcagttgtactgttcccttca--------ttaaacaatgctgtgatgtaag----------------------------------------------------