1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
TTGATCCTGTCACGAGTAAAGGTTCATTTAAGTGCACTGAAGAAATATACATATGGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTGgtaagcttttgtggacatcttcactgaaaaattattgaaataattttgtcttgaaaccttggtatttttagcctccctgtgttgtctggttatatttatcctttttaacacagttttcttttttcaaaatttaaatgcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g62650.2 |
intron # | 8 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ATATGGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTG AGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATGEST: gi|86853697|gb|CI330548.1|CI330548
genomic: ATATGGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTGgtaagctttt ... ttaaatgcagAGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATG
EST: ATATGGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTG AGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATGEST: gi|58031203|gb|CX728746.1|CX728746
genomic: ATATGGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTGgtaagctttt ... ttaaatgcagAGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATG
EST: GAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTG AGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATGEST: gi|8334688|gb|BE039672.1|BE039672
genomic: GAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTGgtaagctttt ... ttaaatgcagAGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATG
EST: CCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTG AGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATGEST: gi|87040335|gb|CI194957.1|CI194957
genomic: CCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTGgtaagctttt ... ttaaatgcagAGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATG
EST: ATATGGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTG AGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATGEST: gi|88517647|gb|CI445301.1|CI445301
genomic: ATATGGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTGgtaagctttt ... ttaaatgcagAGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATG
EST: ATATGGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTG AGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATGEST: gi|86883135|gb|CI314315.1|CI314315
genomic: ATATGGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTGgtaagctttt ... ttaaatgcagAGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATG
EST: ATAT-GGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTCCTGCCGGTG AGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATGEST: gi|86429989|gb|CI082412.1|CI082412
genomic: ATATGGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTGgtaagctttt ... ttaaatgcagAGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATG
EST: ATATGGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTG AGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATGEST: gi|88384277|gb|CI551203.1|CI551203
genomic: ATATGGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTGgtaagctttt ... ttaaatgcagAGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATG
EST: TTGTTGCTGCCGGTG AGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATGEST: gi|86862926|gb|CI331740.1|CI331740
genomic: TTGTTGCTGCCGGTGgtaagctttt ... ttaaatgcagAGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATG
EST: GGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTATAAAAACTTGTTGCTGCCGGTG AGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATGEST: gi|87016456|gb|CI273666.1|CI273666
genomic: GGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTGgtaagctttt ... ttaaatgcagAGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATG
EST: ATATGGGAAGCACATAGTTGCCCGGTTAGAAAAACTTGTTGCAGCCGGTG AGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATGEST: gi|88845928|gb|CI084658.1|CI084658
genomic: ATATGGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTGgtaagctttt ... ttaaatgcagAGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATG
EST: ATATGGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTG AGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATGEST: gi|88842611|gb|CI081867.1|CI081867
genomic: ATATGGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTGgtaagctttt ... ttaaatgcagAGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATG
EST: ATATGGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTG AGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATGEST: gi|88488346|gb|CI425617.1|CI425617
genomic: ATATGGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTGgtaagctttt ... ttaaatgcagAGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATG
EST: CCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTG AGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATGEST: gi|29633937|gb|CB638946.1|CB638946
genomic: CCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTGgtaagctttt ... ttaaatgcagAGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATG
EST: ATATGGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTG AGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATGEST: gi|88261580|gb|CI365156.1|CI365156
genomic: ATATGGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTGgtaagctttt ... ttaaatgcagAGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATG
EST: CATAGTTCCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTG AGAGGA-GATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATGEST: gi|86835909|gb|CI346095.1|CI346095
genomic: CATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTGgtaagctttt ... ttaaatgcagAGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATG
EST: ATATGGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTG AGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATGEST: gi|86834837|gb|CI345921.1|CI345921
genomic: ATATGGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTGgtaagctttt ... ttaaatgcagAGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATG
EST: TGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTG AGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATGEST: gi|88845462|gb|CI084387.1|CI084387
genomic: TGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTGgtaagctttt ... ttaaatgcagAGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATG
EST: ATATGGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTG AGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATGEST: gi|86867502|gb|CI337903.1|CI337903
genomic: ATATGGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTGgtaagctttt ... ttaaatgcagAGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATG
EST: CGGGTAGGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTG AGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATGEST: gi|86853520|gb|CI327998.1|CI327998
genomic: CGGGTA-GAAAAACTTGTTGCTGCCGGTGgtaagctttt ... ttaaatgcagAGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATG
EST: ATATGGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTG AGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATGEST: gi|87016447|gb|CI273657.1|CI273657
genomic: ATATGGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTGgtaagctttt ... ttaaatgcagAGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATG
EST: ATATGGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCAGCCGGTG AGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATGEST: gi|29633935|gb|CB638944.1|CB638944
genomic: ATATGGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTGgtaagctttt ... ttaaatgcagAGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATG
EST: ATATGGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTG AGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCTTTCATAATGGCATGAAAATGEST: gi|29687003|gb|CB683278.1|CB683278
genomic: ATATGGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTGgtaagctttt ... ttaaatgcagAGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATG
EST: GGAAGCACATAGTCCCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTG AGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATGEST: gi|88507122|gb|CI434628.1|CI434628
genomic: GGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTGgtaagctttt ... ttaaatgcagAGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATG
EST: GGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTG AGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATGEST: gi|86837382|gb|CI347817.1|CI347817
genomic: GGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTGgtaagctttt ... ttaaatgcagAGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATG
EST: ATATGGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTG AGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATGEST: gi|86861018|gb|CI326558.1|CI326558
genomic: ATATGGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTGgtaagctttt ... ttaaatgcagAGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATG
EST: ATATGGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTTCTCCCGGTG AGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATGEST: gi|58661453|gb|CK050133.1|CK050133
genomic: ATATGGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTGgtaagctttt ... ttaaatgcagAGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATG
EST: ATATGGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTG AGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATGEST: gi|88483442|gb|CI420713.1|CI420713
genomic: ATATGGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTGgtaagctttt ... ttaaatgcagAGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATG
EST: ATATGGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCC-GTG AGGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATEST: gi|88268848|gb|CI377752.1|CI377752
genomic: ATATGGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTGgtaagctttt ... ttaaatgcagA-GAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAAT
EST: TGTTGCTGCCGGTT AGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCAT-AAAATGEST: gi|89190571|gb|CI392424.1|CI392424
genomic: TGTTGCTGCCGGTGgtaagctttt ... ttaaatgcagAGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATG
EST: TGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTG AGAGGAGGATTGGGGTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCAT-AAAATGEST: gi|86437276|gb|CI118998.1|CI118998
genomic: TGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTGgtaagctttt ... ttaaatgcagAGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATG
EST: ATATGGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTG AGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATGEST: gi|88841952|gb|CI081208.1|CI081208
genomic: ATATGGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTGgtaagctttt ... ttaaatgcagAGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATG
EST: ATATGGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTG AGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATGEST: gi|88462961|gb|CI522072.1|CI522072
genomic: ATATGGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTGgtaagctttt ... ttaaatgcagAGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATG
EST: GTTGCTGCCGGTG AGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATGEST: gi|88842835|gb|CI371735.1|CI371735
genomic: GTTGCTGCCGGTGgtaagctttt ... ttaaatgcagAGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATG
EST: AAACTTGTTGCTGCCGGTG AGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATGEST: gi|88838009|gb|CI371587.1|CI371587
genomic: AAACTTGTTGCTGCCGGTGgtaagctttt ... ttaaatgcagAGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATG
EST: TTGCTTCCGGTG AGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATG
genomic: TTGCTGCCGGTGgtaagctttt ... ttaaatgcagAGAGGAGGATTGGGCTTCAGGCACAATATCCTTCATAATGGCATGAAAATG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TTGATCCTGTCACGAGTAAAGGTTCATTTAAGTGCACTGAAGAAATATACATATGGGAAGCACATAGTTGCCCGGGTAGAAAAACTTGTTGCTGCCGGTGgtaagcttttgtggacatcttcactgaaaaattattgaaataattttgtcttgaaaccttggtatttttagcctccctgtgttgtctggttatatttatcctttttaacacagttttcttttttcaaaatttaaatgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC