Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGTGCGCATGTTTGTTGCTGATGGTGGTGAATTGCTCATGGCTCAGAGCTACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatcttcactctaatatttgtcaagttcagctttgtggcttgcccatactttgttcgtagtcttgaccgaggttgctgtcatcttcatgctgtt...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g55540.2
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g55540.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G094712_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 6
AGTGCGCATGTTTGTTGCTGATGGTGGTGAATTGCTCATGGCTCAGAGCTACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatcttcactctaatatttgtcaagttcagctttg-tggcttgcccat--actttgttcgtagtcttgaccgaggttgctgtcatcttcatgctgtt
|||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||||  |  ||||  | ||||  |  | |     |   ||  |  ||||| | |   |   | |  ||| | |  || ||| |  ||| 
AGTGCGTATGTTTGTTGCTGATGGTGGTGAACTTCTCATGGCTCAGAGCTACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTTGGCGCTTTGAGCATTgtaagataccttcactcttgttcttgttgatttcacttccgatcatcaggaaatcaaggttgttggcatcttcctctggtgtt-cagatatattccta-tgt-

upper sequence: LOC_Os01g55540.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA04G08560.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
AGTGCGCATGTTTGTTGCTGATGGTGGTGAATTGCTCATGGCTCAGAGCTACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatcttcactc-taatatttgtcaagttcagctttgtggct-tgcccatactttgttcgtagtcttgaccgaggttgctgtcatcttcatgctgtt
 || ||  |||||||||||||||| |||||||||||  |||| || ||||| || |||||  ||||  | ||||| || ||||| || || |||||||| ||||||  | || |  | | | ||      | |  || ||| |  |  |||| |||  |   ||||   | ||      ||  |  | |   | ||  | ||
TGTTCGTTTGTTTGTTGCTGATGGGGGTGAATTGCTGGTGGCACAAAGCTATGCAAAGAATCTGGGTCTTTATGGGGAACGTGTTGGCGCCTTAAGCATTgtaagaacttttaaagcattaaatggagagaatgaagttttttatcagtgccaataagtgaatcgtg--catgttttttgtcccattgaatcttattatttt

upper sequence: LOC_Os01g55540.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
lower sequence: Vv04s0008g03770.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
AGTGCGCATGTTTGTTGCTGATGGTGGTGAATTGCTCATGGCTCAGAGCTACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatct-----tcactctaa----tatttgtcaagttcagctttgtggcttgcccatactttgttcgtagtcttgaccgaggttgctgtcatcttcatgctgtt
 || ||||||||||||||||||||||||||||  ||    |||||||| || || |||||||||||  | || || || ||||| |||||  | ||||| |||||| | ||       ||| | |    | |||   || ||  ||| | |   ||  | |    |||||  |  || | |  |  |   |  | || | ||       
TGTTCGCATGTTTGTTGCTGATGGTGGTGAATGCCTTGCTGCTCAGAGTTATGCCAAGAACATGGGGCTCTACGGGGAACGTGTTGGTGCACTGAGCATTgtaagagacctaagaccaactttgaagtttttttactaaattgtgctctttaaattttcaaag--ttgtttttgttccttattgccgaatccat-atttgcac------

upper sequence: LOC_Os01g55540.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
lower sequence: PP1S132_95V6.2 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 9
AGTGCGCATGTTTGTTGCTGATGGTGGTGAATTGCTCATGGCTCAGAGCTACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatcttcactctaatatttgtcaagttcagctttgtggcttgcccatactttgttcg---tagtcttgaccgaggttgctgtcatcttcatgctgtt---
 || ||| | ||||| ||||||||||| ||||   |  | || || || || ||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||| |||||| | ||||| |  ||||  |   ||   | |   ||||| | | |  | ||| ||       |   |    | | ||  | |   |   |||  |    ||     |   
TGTTCGCTTATTTGTAGCTGATGGTGGGGAATGTTTTGTTGCACAAAGTTATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTCgtaagtt--cttcgttgagat---tatgtggttcatcatcgccggttgaccgactcacgccaggatcaatgtttgctggaatc-ttgttctggatatatatctata

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58607107|gb|CK035140.1|CK035140
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|58669926|gb|CK058612.1|CK058612
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|10931117|gb|AU161391.1|AU161391
EST:     AGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGAAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: AGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|29639572|gb|CB644581.1|CB644581
EST:     CGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: CGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|86505956|gb|CI148589.1|CI148589
EST:     GCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: GCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|33797134|gb|CF324432.1|CF324432
EST:     AGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: AGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|116874986|gb|EC365494.1|EC365494
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTCTGTGGAAGTGCTAATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|218498466|gb|FG951779.1|FG951779
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|218496561|gb|FG955449.1|FG955449
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|3760299|gb|C97555.1|C97555
EST:     TCGGTGCTTTAAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGNTTGAAAGTCAACTTAAGCT
genomic: TCGGTGCTTT-AAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCT
EST: gi|428293|gb|D24441.1|D24441
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|58596195|gb|CK006723.1|CK006723
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|86479024|gb|CI121657.1|CI121657
EST:     TGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCGACTTAAGCTT
genomic: TGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|8527496|gb|AU092311.1|AU092311
EST:     TCGGTGCTTTAAGCATA                         NTTTGTGGAAGTGCTGATGTANCTGTCAGGGTTGAAAGTC-ACTTAAGCTT
genomic: TCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|218496988|gb|FG950831.1|FG950831
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|218485004|gb|FG945494.1|FG945494
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|218495829|gb|FG948903.1|FG948903
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|218491933|gb|FG950038.1|FG950038
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|396941430|gb|HO188639.1|HO188639
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|218483046|gb|FG954663.1|FG954663
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|33796812|gb|CF324273.1|CF324273
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|58612361|gb|CK040073.1|CK040073
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGAGGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|29660056|gb|CB656331.1|CB656331
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|218487158|gb|FG950553.1|FG950553
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|29658838|gb|CB655113.1|CB655113
EST:     AAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTGGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTG
genomic: AAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|58664098|gb|CK052784.1|CK052784
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|14571421|gb|BI118789.1|BI118789
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|2443117|gb|C74888.1|C74888
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGTGCGCATGTTTGTTGCTGATGGTGGTGAATTGCTCATGGCTCAGAGCTACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatcttcactctaatatttgtcaagttcagctttgtggcttgcccatactttgttcgtagtcttgaccgaggttgctgtcatcttcatgctgtt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA