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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTATGGGCGAGTAATGCCATTCTTAGAGCTTTTTGCTCGCATTGATGCTGTTGACCGTGATACAGTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAGgtaaaactcggcatcttcctagtaataatctggagtgcatctttgctattgctgtctcaacaagctatacggaagattcatgcactcacatgacttgtttgacaatcttcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g51390.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g51390.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM5G827505_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 8
GTATGGGCGAGTAATGCCATTCTTAGAGCTTTTTGCTCGCATTGATGCTGTTGACCGTGATACAGTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAGgtaaaactcggcatcttcctagtaataatctggagtgcatctttgctattgctgtctcaacaagctatacggaagattcatgcactcacatgacttgtttgacaatcttcag
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TTATGGGCGAGTCATGCCGTTCCTAGAGCTTTTTGCACGCATTGATGCTGTTGACTGTGCTACAGTAATGGAAACTGCCAAGGAGTACATAATTGATAAGgtaaatctccaagagtggtgactattctactaacgcagagtaatacagtatctttggtgaacaggtctgcagtata-----gtggtcacaggagccgcatcttaa-------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88518407|gb|CI446061.1|CI446061
EST:     TTGACCGTGATACAGTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAG                         GATATCGCCCTAGCTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
genomic: TTGACCGTGATACAGTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAGgtaaaactcg ... caatcttcagGATATCGCCCTAGCTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
EST: gi|88490564|gb|CI427836.1|CI427836
EST:     TTGACCGTGATACAGTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAG                         GATATCGCCCTAGCTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
genomic: TTGACCGTGATACAGTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAGgtaaaactcg ... caatcttcagGATATCGCCCTAGCTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
EST: gi|86598949|gb|CI355566.1|CI355566
EST:     TTGACCGTGATACAGTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAG                         GATATCGCCCTAGCTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
genomic: TTGACCGTGATACAGTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAGgtaaaactcg ... caatcttcagGATATCGCCCTAGCTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
EST: gi|88446582|gb|CI536613.1|CI536613
EST:     TTGACCGTGATACAGTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAG                         GATATCGCCCTAGCTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
genomic: TTGACCGTGATACAGTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAGgtaaaactcg ... caatcttcagGATATCGCCCTAGCTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
EST: gi|88543651|gb|CI473677.1|CI473677
EST:     TTGACCGTGATACAGTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAG                         GATATCGCCCTAGCTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
genomic: TTGACCGTGATACAGTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAGgtaaaactcg ... caatcttcagGATATCGCCCTAGCTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
EST: gi|33812280|gb|CF332030.1|CF332030
EST:     TTGACCGTGATACAGTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAG                         GATATCGCCCTAGCTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
genomic: TTGACCGTGATACAGTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAGgtaaaactcg ... caatcttcagGATATCGCCCTAGCTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
EST: gi|86863825|gb|CI332840.1|CI332840
EST:     TT-ACCGTGATACAGTAATGGAAACAGCCAAGGATTTCATAATTGACAAG                         GATATCGCCCTAGCTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
genomic: TTGACCGTGATACAGTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAGgtaaaactcg ... caatcttcagGATATCGCCCTAGCTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
EST: gi|88971157|gb|CI387150.1|CI387150
EST:     TTGACCGTGATACAGTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAG                         GATATCCCCCTAGCTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
genomic: TTGACCGTGATACAGTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAGgtaaaactcg ... caatcttcagGATATCGCCCTAGCTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
EST: gi|163926372|gb|EG711872.1|EG711872
EST:     TTGACCGTGATACAGTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAG                         GATATCGCCCTAGCTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
genomic: TTGACCGTGATACAGTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAGgtaaaactcg ... caatcttcagGATATCGCCCTAGCTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
EST: gi|88455497|gb|CI521717.1|CI521717
EST:     TTGACCGTGATACAGTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAG                         GATATCGCCCTAGCTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
genomic: TTGACCGTGATACAGTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAGgtaaaactcg ... caatcttcagGATATCGCCCTAGCTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
EST: gi|86851454|gb|CI314052.1|CI314052
EST:     AGCTAAGGATTTCATAATTGACAAG                         GATATCGCCCTAGCTGCAGT-GGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
genomic: AGCTAAGGATTTCATAATTGACAAGgtaaaactcg ... caatcttcagGATATCGCCCTAGCTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
EST: gi|88258418|gb|CI361004.1|CI361004
EST:     TTGACCGTGATACACTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAG                         GATATCGCCCTAACTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
genomic: TTGACCGTGATACAGTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAGgtaaaactcg ... caatcttcagGATATCGCCCTAGCTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
EST: gi|86893110|gb|CI333407.1|CI333407
EST:     TTGACCGTGATACAGTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAG                         GATATCGCCCTAGCTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
genomic: TTGACCGTGATACAGTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAGgtaaaactcg ... caatcttcagGATATCGCCCTAGCTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
EST: gi|86899803|gb|CI327590.1|CI327590
EST:     TTGACCGTGATACAGTAATGGAAACAGCTAA-GATTTCATAATTGAC-AG                         GATATCGCCCTAGCTGCAGT-GGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
genomic: TTGACCGTGATACAGTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAGgtaaaactcg ... caatcttcagGATATCGCCCTAGCTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
EST: gi|88978110|gb|CI384592.1|CI384592
EST:     TTGACCGTGATACACTAGTGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAG                         GATATCGCCCTAGCTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
genomic: TTGACCGTGATACAGTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAGgtaaaactcg ... caatcttcagGATATCGCCCTAGCTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
EST: gi|8527222|gb|AU092037.1|AU092037
EST:     TTGACCGTGATACAGTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAG                         GATATCGCCCTAGCTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
genomic: TTGACCGTGATACAGTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAGgtaaaactcg ... caatcttcagGATATCGCCCTAGCTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
EST: gi|88413123|gb|CI523684.1|CI523684
EST:     TTGACCGTGATACAGTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAG                         GATATCGCCCTAGCTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
genomic: TTGACCGTGATACAGTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAGgtaaaactcg ... caatcttcagGATATCGCCCTAGCTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
EST: gi|86603125|gb|CI357489.1|CI357489
EST:     TTGACCGTGATACAGTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAG                         GATATCGCCCTAGCTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
genomic: TTGACCGTGATACAGTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAGgtaaaactcg ... caatcttcagGATATCGCCCTAGCTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
EST: gi|33687242|gb|CF315481.1|CF315481
EST:     TTGACCGTGATACAGTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAG                         GATATCGCCCTAGCTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
genomic: TTGACCGTGATACAGTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAGgtaaaactcg ... caatcttcagGATATCGCCCTAGCTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
EST: gi|86865382|gb|CI330888.1|CI330888
EST:     TTGACCCTGATACAGTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAG                         GATATCGCCCTAGCTCCACTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
genomic: TTGACCGTGATACAGTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAGgtaaaactcg ... caatcttcagGATATCGCCCTAGCTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
EST: gi|117220685|gb|CT852401.1|CT852401
EST:     TTGACCGTGATACAGTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAG                         GATATCGCCCTAGCTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
genomic: TTGACCGTGATACAGTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAGgtaaaactcg ... caatcttcagGATATCGCCCTAGCTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
EST: gi|86870480|gb|CI320576.1|CI320576
EST:     TTGACCCTGATACAGTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAG                         GATATCGCCCTAGCTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
genomic: TTGACCGTGATACAGTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAGgtaaaactcg ... caatcttcagGATATCGCCCTAGCTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
EST: gi|86533720|gb|CI173926.1|CI173926
EST:     TTGACCGTGATACAGTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAG                         GATATCGCCCTAGCTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT
genomic: TTGACCGTGATACAGTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAGgtaaaactcg ... caatcttcagGATATCGCCCTAGCTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 71 (upstream exon), 74 (downstream exon)
Score: 35

GTATGGGCGAGTAATGCCATTCTTAGAGCTTTTTGCTCGCATTGATGCTGTTGACCGTGATACAGTAATGGAAACAGCTAAGGATTTCATAATTGACAAGgtaaaactcg ... caatcttcagGATATCGCCCTAGCTGCAGTGGGACCGCTCACGAATTTGCCGGAGCTTAGTTGGTTTCGCTCACATACATACTCGGATGATGAATTTAGTTCAAGAACGT




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