Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCGTACTGGAATAATAATTGGAAGCAGAGAGGCAGATCCAATGTGGCATGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTGgtatgcgctcttatatataatactgctttgcacagatggatgccagtagttctcttatttgatgttttactgcctagtgggtccgtgtctttcaaatagc...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g48060.3
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58671651|gb|CK060337.1|CK060337
EST:     GCAGAGAGGCAGACCCAATGTGGCATGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTG                         GTGAAATGGGATGATGATGTGGAGTGCCGTCGGCCTAATGGGGTATCTCCT
genomic: GCAGAGAGGCAGATCCAATGTGGCATGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTGgtatgcgctc ... atggtgacagGTGAAATGGGATGATGATGTGGAGTGCCGTCGGCCTAATGGGGTATCTCCT
EST: gi|218503635|gb|FG969021.1|FG969021
EST:     GCAGAGAGGCAGACCCAATGTGGCATGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTG                         GTGAAATGGGATGATGATGTGGAGTGCCGTCGGCCTAATGGGGTATCTCCT
genomic: GCAGAGAGGCAGATCCAATGTGGCATGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTGgtatgcgctc ... atggtgacagGTGAAATGGGATGATGATGTGGAGTGCCGTCGGCCTAATGGGGTATCTCCT
EST: gi|58659022|gb|CK047702.1|CK047702
EST:     GCAGAGAGGCAGACCCAATGTGGCATGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTG                         GTGAAATGGGATGATGATGTGGAGTGCCGTCGGCCTAATGGGGTATCTCCT
genomic: GCAGAGAGGCAGATCCAATGTGGCATGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTGgtatgcgctc ... atggtgacagGTGAAATGGGATGATGATGTGGAGTGCCGTCGGCCTAATGGGGTATCTCCT
EST: gi|58654299|gb|CK042979.1|CK042979
EST:     GTGGCATGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTG                         GTGAAATGGGATGATGATGTGGAGTGCCGTCGGCCTAATGGGGTATCTCCT
genomic: GTGGCATGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTGgtatgcgctc ... atggtgacagGTGAAATGGGATGATGATGTGGAGTGCCGTCGGCCTAATGGGGTATCTCCT
EST: gi|33677338|gb|CF305577.1|CF305577
EST:     CAGAGAGGCAGATCCAATGTGGCATGGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTG                         GTGAAATGGGATGATGATGTGGGAGTGCCGTCGGCCTAATGGGGTATCTCC
genomic: CAGAGAGGCAGATCCAATGTGGCATGG-TTCGAAGTGGAAATGTTTAGTGgtatgcgctc ... atggtgacagGTGAAATGGGATGATGATGTGG-AGTGCCGTCGGCCTAATGGGGTATCTCC
EST: gi|58683193|gb|CK071880.1|CK071880
EST:     CCAATGTGGCATGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTG                         GTGAAATGGGATGATGATGTGGAGTGCCGTCGGCCTAATGGGGTATCTCCT
genomic: CCAATGTGGCATGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTGgtatgcgctc ... atggtgacagGTGAAATGGGATGATGATGTGGAGTGCCGTCGGCCTAATGGGGTATCTCCT
EST: gi|58672722|gb|CK061408.1|CK061408
EST:     GCAGAGAGGCAGACCCAATGTGGCATGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTG                         GTGAAATGGGATGATGATGTGGAGTGCCGTCGGCCTAATGGGGTATCTCCT
genomic: GCAGAGAGGCAGATCCAATGTGGCATGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTGgtatgcgctc ... atggtgacagGTGAAATGGGATGATGATGTGGAGTGCCGTCGGCCTAATGGGGTATCTCCT
EST: gi|8857852|gb|AU095170.1|AU095170
EST:     GCAGAGAGGCAGATCCAATGTGGCATGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTG                         GTGAAATGGGATGATGATGTGGAGTGCCGTCGGCCTAATGGGGTATCTCCT
genomic: GCAGAGAGGCAGATCCAATGTGGCATGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTGgtatgcgctc ... atggtgacagGTGAAATGGGATGATGATGTGGAGTGCCGTCGGCCTAATGGGGTATCTCCT
EST: gi|58659436|gb|CK048116.1|CK048116
EST:     GCAGAGAGGCAGACCCAATGTGGCATGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTG                         GTGAAATGGGATGATGATGTGGAGTGCCGTCGGCCTAATGGGGTATCTCCT
genomic: GCAGAGAGGCAGATCCAATGTGGCATGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTGgtatgcgctc ... atggtgacagGTGAAATGGGATGATGATGTGGAGTGCCGTCGGCCTAATGGGGTATCTCCT
EST: gi|58596807|gb|CK007335.1|CK007335
EST:     GCAGAGAGGCAGACCCAATGTGGCATGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTG                         GTGAAATGGGATGATGATGTGGAGTGCCGTCGGCCTAATGGGGTATCTCCT
genomic: GCAGAGAGGCAGATCCAATGTGGCATGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTGgtatgcgctc ... atggtgacagGTGAAATGGGATGATGATGTGGAGTGCCGTCGGCCTAATGGGGTATCTCCT
EST: gi|58689818|gb|CK078505.1|CK078505
EST:     GCAGAGAGGCAGACCCAATGTGGCATGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTG                         GTGAAATGGGATGATGA
genomic: GCAGAGAGGCAGATCCAATGTGGCATGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTGgtatgcgctc ... atggtgacagGTGAAATGGGATGATGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCGTACTGGAATAATAATTGGAAGCAGAGAGGCAGATCCAATGTGGCATGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTGgtatgcgctcttatatataatactgctttgcacagatggatgccagtagttctcttatttgatgttttactgcctagtgggtccgtgtctttcaaatagc

- - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - -  GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA