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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTTATTGTGTGCATTCCACCAGCAGTGATCgtaagtgtgataaatttggtccaagaagtataatattattcgtgcattatgcttactgttggtgttcctctttccatgaccaacttgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g13770.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g13770.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G070605_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 7
----------------------ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTTATTGTGTGCATTCCACCAGCAGTGATCgtaagtgtgataaatttggtccaagaagtat-----aatattattcgtgcattatgcttactgttggtgttcctctttccatgaccaacttgcag
                      ||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| || ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||    |        ||| ||||      ||||  |||||||    || | |||  ||  |  |  ||  |  ||||      |||||
CTAATCGTTTCTGGCATTGCAGACTGACATGGATAGCACCAACGTGTATGCTTACATTTCAATAATTGCTCTCATTGTTTGCATTCCGCCTGCAGTGATCgtaagtgtggattaccacagttaagtagtagtaagaaataggattcgtgggccatacatacaattt-taatggtccatatatgattg---tgcag

upper sequence: LOC_Os01g13770.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G070605_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 8
ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTTATTGTGTGCATTCCACCAGCAGTGATCgtaagtgtgataaatttggtccaagaagtat-----aatattattcgtgcattatgcttactgttggtgttcctctttccatgaccaacttgcag
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ACTGACATGGATAGCACCAACGTGTATGCTTACATTTCAATAATTGCTCTCATTGTTTGCATTCCGCCTGCAGTGATCgtaagtgtggattaccacagttaagtagtagtaagaaataggattcgtgggccatacatacaattt-taatggtccatatatgattg---tgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86848816|gb|CI295657.1|CI295657
EST:     CTTATATCTCAATAATTGCCCTTATTGTGTGCATTCCACCAGCAGTGATC                         ATCGAGGGACCTCAACTATTGCAGCATGGTTTTAACGATGCAATTGCAAAA
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EST: gi|29661885|gb|CB658160.1|CB658160
EST:     CTTATATCTCAATAATTGCCCTTATTGTGTGCATTCCACCAGCAGTGATC                         ATCGAGGGACCTCAACTATTGCAGCATGGTTTTAACGATGCAATTGCAAAA
genomic: CTTATATCTCAATAATTGCCCTTATTGTGTGCATTCCACCAGCAGTGATCgtaagtgtga ... caacttgcagATCGAGGGACCTCAACTATTGCAGCATGGTTTTAACGATGCAATTGCAAAA
EST: gi|86598026|gb|CI278416.1|CI278416
EST:     CTTATATCTCAATAATTGCCCTTATTGTGTGCATTCCACCAGCAGTGATC                         ATCGAGGGACCTCAACTATTGCAGCATGGTTTTAACGATGCAATTGCAAAA
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EST: gi|29685282|gb|CB681557.1|CB681557
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EST: gi|29687904|gb|CB684179.1|CB684179
EST:     CTTATATCTCAATAATTGCCCTTATTGTGTGCATTCCACCAGCAGTGATC                         ATCGAGGGACCTCAACTATTGCAGCATGGTTTTAACGATGCAATTGCAAAA
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EST: gi|58690439|gb|CK079126.1|CK079126
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EST: gi|313084102|gb|HO213885.1|HO213885
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EST: gi|29618840|gb|CB623852.1|CB623852
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EST: gi|29663772|gb|CB660047.1|CB660047
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EST: gi|86831593|gb|CI301443.1|CI301443
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EST: gi|56157641|gb|C24843.2|C24843
EST:     CTTATATCTCAATAATTGCCCTTATTGTGTGCATTCCACCAGCAGTGATC                         ATCGAGGGACCTCAACTATTGCAGCATGGTTTTAACGATGCANTTGCAAAT
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EST: gi|44677263|gb|CR290697.1|CR290697
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EST: gi|29657796|gb|CB654071.1|CB654071
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EST: gi|88983619|gb|CI028787.1|CI028787
EST:     GCATTCCACCAGCAGTGATC                         ATCGAGGGACCTCAACTATTGCAGCATGGTTTTAACGATGCGATTGCAAAA
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EST: gi|25797136|gb|CA753097.1|CA753097
EST:     CTTATATCTCAATAATTGCCCTTATTGTGTGCATTCCACCAGCAGTGATC                         ATCGAGGGACCTCAACTATTGCAGCATGGTTTTAACGATGCAATTGCAAAA
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EST: gi|29643945|gb|CB648952.1|CB648952
EST:     CTTATATCTCAATAATTGCCCTTATTGTGTGCATTCCACCAGCAGTGATC                         ATCGAGGGACCTCAACTATTGCAGCATGGTTTTACCGATGCAATTGCAAAA
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EST: gi|29656095|gb|CB652370.1|CB652370
EST:     CTTATATCTCAATAATTGCCCTTATTGTGTGCATTCCACCAGCAGTGATC                         ATCGAGGGACCTCAACTATTGCAGCATGGTTTTAACGATGCAATTGCAAAA
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EST: gi|29661884|gb|CB658159.1|CB658159
EST:     CTTATATCTCAATAATTGCCCTTATTGTGTGCATTCCACCAGCAGTGATC                         ATCGAGGGACCTCAACTATTGCAGCATGGTTTTAACGATGCAATTGCAAAA
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EST: gi|29683569|gb|CB679844.1|CB679844
EST:     CTTATATCTCAATAATTGCCCTTATTGTGTGCATTCCACCAGCAGTGATC                         ATCGAGGGACCTCAACTATTGCAGCATGGTTTTAACGATGCAATTGCAAAA
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EST: gi|86250525|gb|CI003643.1|CI003643
EST:     TATTGTGTGCATTCCACCAGCAGTGATC                         ATCGAGGGACCTCAACTATTGCAGCATGGTTTTAACGATGCAATTGCAAAA
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EST: gi|86854673|gb|CI258966.1|CI258966
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EST: gi|29658105|gb|CB654380.1|CB654380
EST:     CTTATATCTCAATAATTGCCCTTATTGTGTGCATTCCACCAGCAGTGATC                         ATCGAGGGACCTCAACTATTGCAGCATGGTTTTAACGATGCAATTGCAAAA
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EST: gi|29655875|gb|CB652150.1|CB652150
EST:     CTTATATCTCAATAATTGCCCTTATTGTGTGCATTCCACCAGCAGTGATC                         ATCGAGGGACCTCAACTATTGCAGCATGGTTTTAACGATGCAATTGCAAAA
genomic: CTTATATCTCAATAATTGCCCTTATTGTGTGCATTCCACCAGCAGTGATCgtaagtgtga ... caacttgcagATCGAGGGACCTCAACTATTGCAGCATGGTTTTAACGATGCAATTGCAAAA
EST: gi|86828588|gb|CI278677.1|CI278677
EST:     CTTATATCTCAATAATTGCCCTTATTGTGTGCATTCCACCAGCAGTGATC                         ATCGAGGGACCTCAACTATTGCAGCATGGTTTTAACGATGCAATTGCAAAA
genomic: CTTATATCTCAATAATTGCCCTTATTGTGTGCATTCCACCAGCAGTGATCgtaagtgtga ... caacttgcagATCGAGGGACCTCAACTATTGCAGCATGGTTTTAACGATGCAATTGCAAAA
EST: gi|29636760|gb|CB641769.1|CB641769
EST:     CTTATATCTCAATAATTGCCCTTATTGTGTGCATTCCACCAGCAGTGATC                         ATCGAGGGACCTCAACTATTGCAGCATGGTTTTAACGATGCAATTGCAAAA
genomic: CTTATATCTCAATAATTGCCCTTATTGTGTGCATTCCACCAGCAGTGATCgtaagtgtga ... caacttgcagATCGAGGGACCTCAACTATTGCAGCATGGTTTTAACGATGCAATTGCAAAA
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EST:     CTTATATCTCAATAATTGCCCTTATTGTGTGCATTCCACCAGCAGTGATC                         ATCGAGGGACCTCAACTATTGCAGCATGGTTTTAACGATGCAATTGCAAAA
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EST: gi|29657882|gb|CB654157.1|CB654157
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EST:     CTTATATCTCAATAATTGCCCTTATTGTGTGCATTCCACCAGCAGTGATC                         ATCGAGGGACCTCAACTATTGCAGCATGGT
genomic: CTTATATCTCAATAATTGCCCTTATTGTGTGCATTCCACCAGCAGTGATCgtaagtgtga ... caacttgcagATCGAGGGACCTCAACTATTGCAGCATGGT
EST: gi|88342868|gb|CI640201.1|CI640201
EST:     CTTATATCTCAATAATTGCCCTTATTGTGTGCATTCCACCAGCAGTGATC                         ATCGAGGGACCTCAACTATTGCAGCATGGTTTTAACGATGCAATTGCAAAA
genomic: CTTATATCTCAATAATTGCCCTTATTGTGTGCATTCCACCAGCAGTGATCgtaagtgtga ... caacttgcagATCGAGGGACCTCAACTATTGCAGCATGGTTTTAACGATGCAATTGCAAAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 75 (downstream exon)
Score: 79

ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTTATTGTGTGCATTCCACCAGCAGTGATCgtaagtgtga ... caacttgcagATCGAGGGACCTCAACTATTGCAGCATGGTTTTAACGATGCAATTGCAAAAGTAGGCTTGACAAAGTTCGTTTCTGACCTTTTCTTCGTGGGACTGTTCT




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