Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTACTAAATGGAAAGATGCTGGTACAGGAAAGCATGTTGAATATGACCAGAGACCTGATATCTTTAGgtttgaatagaaagtttattacgatgcctatcattttgcacattactttattgatgcgctcttcctgtttgtctgctactgtaaacag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g10150.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g10150.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G045259_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 8
CTACTAAATGGAAAGATGCTGGTACAGGAAAGCATGTTGAATATGACCAGAGACCTGATATCTTTAGgtttgaatagaaagtttattacgatgcctatcattttgcacattactttattga-tgcgctcttcctgtttgtctgctactgtaaacag
| ||||||||||| ||||||||||| ||  | |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |  | | ||  ||| || |||     | |     ||| ||| || ||||| | |  |   | | | ||| ||||    |||||||
CAACTAAATGGAAGGATGCTGGTACGGGGCACCATGTTGAATATGATCAGAGACCTGATATTTTTAGgttcggttgggaatattagtatgatatgctttaccactcacgttatttcattgaatacttttgacatttgtgtttgct-tcataaacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88573975|gb|CI665744.1|CI665744
EST:     GCTGGTACAGGAAAGCATGTTGAATATGACCAGAGACCTGATATCTTTAG                         GGGTACTGTTCGTTATGCTAGTGTGCATGCCCACTTGGGAAGAACTGGATG
genomic: GCTGGTACAGGAAAGCATGTTGAATATGACCAGAGACCTGATATCTTTAGgtttgaatag ... ctgtaaacagGGGTACTGTTCGTTATGCTAGTGTGCATGCCCACTTGGGAAGAACTGGATG
EST: gi|29645031|gb|CB650038.1|CB650038
EST:     GCTGGTACAGGAAAGCATGTTGAATATGACCAGAGACCTGATATCTTTAG                         GGGTACTGTTCGTTATGCTAGTGTGCATGCCCACTTGGGAAGAACTGGATG
genomic: GCTGGTACAGGAAAGCATGTTGAATATGACCAGAGACCTGATATCTTTAGgtttgaatag ... ctgtaaacagGGGTACTGTTCGTTATGCTAGTGTGCATGCCCACTTGGGAAGAACTGGATG
EST: gi|29670785|gb|CB667060.1|CB667060
EST:     GCATGTTGAATATGACCAGAGACCTGATATCTTTAG                         GGGTACTGTTCGTTATGCTAGTGTGCATGCCCACTTGGGAAGAACTGGATG
genomic: GCATGTTGAATATGACCAGAGACCTGATATCTTTAGgtttgaatag ... ctgtaaacagGGGTACTGTTCGTTATGCTAGTGTGCATGCCCACTTGGGAAGAACTGGATG