1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
ACAAGTGCATCTCTGAAGTTCACCGTTTTGAACCCAAAGGGGCGCATCTGGACAATGGTTGCTGGAGGTGGTGCCAGTGTCATATATGCTGATACAgtaagctttgagttcctcccttgttttaacttagctgttcagggatttcatgctactgtcatgaaattaacttttttttttcttatttaccag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os11g47330.1 |
intron # | 7 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GCTGGAGGTGGTGCCAGTGTCATATATGCTGATACA GTCGGAGATTTGGGATATGCTTCAGAATTAGGAAACTATGCAGAGTATAGCEST: gi|29623682|gb|CB628693.1|CB628693
genomic: GCTGGAGGTGGTGCCAGTGTCATATATGCTGATACAgtaagctttg ... tatttaccagGTCGGAGATTTGGGATATGCTTCAGAATTAGGAAACTATGCAGAGTATAGC
EST: TCTGGACAATGGTTGCTGGAGGTGGTGCCAGTGTCATATATGCTGATACA GTCGGAGATTTGGGATATGCTTCAGAATTAGGAAACTATGCAGAGTATAGCEST: gi|29687148|gb|CB683423.1|CB683423
genomic: TCTGGACAATGGTTGCTGGAGGTGGTGCCAGTGTCATATATGCTGATACAgtaagctttg ... tatttaccagGTCGGAGATTTGGGATATGCTTCAGAATTAGGAAACTATGCAGAGTATAGC
EST: TCTGGACAATGGTTGCTGGAGGTGGTGCCAGTGTCATATATGCTGATACA GTCGGAGATTTGGGATATGCTTCAGAATTAGGAAACTATGCAGAGTATAGCEST: gi|88993379|gb|CI257807.1|CI257807
genomic: TCTGGACAATGGTTGCTGGAGGTGGTGCCAGTGTCATATATGCTGATACAgtaagctttg ... tatttaccagGTCGGAGATTTGGGATATGCTTCAGAATTAGGAAACTATGCAGAGTATAGC
EST: ATATATGCTGATACA GTCGGAGATTTGGGATATGCTTCAGAATTAGGAAACTATGCAGAGTATAGCEST: gi|29667083|gb|CB663358.1|CB663358
genomic: ATATATGCTGATACAgtaagctttg ... tatttaccagGTCGGAGATTTGGGATATGCTTCAGAATTAGGAAACTATGCAGAGTATAGC
EST: TCTGGACAATGGTTGCTGGAGGTGGTGCCAGTGTCATATATGCTGATACA GTCGGAGATTTGGGATATGCTTCAGAATTAGGAAACTATGCAGAGTATAGCEST: gi|27920666|gb|CB096474.1|CB096474
genomic: TCTGGACAATGGTTGCTGGAGGTGGTGCCAGTGTCATATATGCTGATACAgtaagctttg ... tatttaccagGTCGGAGATTTGGGATATGCTTCAGAATTAGGAAACTATGCAGAGTATAGC
EST: GGTGGTGCCAGTGTCATATATGCTGATACA GTCGGAGATTTGGGATATGCTTCAGAATTAGGAAACTATGCAGAGTATAGC
genomic: GGTGGTGCCAGTGTCATATATGCTGATACAgtaagctttg ... tatttaccagGTCGGAGATTTGGGATATGCTTCAGAATTAGGAAACTATGCAGAGTATAGC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ACAAGTGCATCTCTGAAGTTCACCGTTTTGAACCCAAAGGGGCGCATCTGGACAATGGTTGCTGGAGGTGGTGCCAGTGTCATATATGCTGATACAgtaagctttgagttcctcccttgttttaacttagctgttcagggatttcatgctactgtcatgaaattaacttttttttttcttatttaccag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT