Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAAGCCAGCAGGAGCTCCAAATTTTCCACTTCCTCCTTATGGTGGCTACATGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAGgtaaaccaaactaaacatttgtaggctaccatattgacattgtagtctgtctttatggacttttctccttttttttggcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os11g14430.2
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os11g14430.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G103430_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 7
CAAGCCAGCAGGAGCTCCAAATTTTCCACTTCCTCCTTATGGTGG------CTACATGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAGgtaaaccaaactaaacatttgtaggctaccatat---tgacattgtagtctgtctttatggacttttctcct--tttttttggcag
       | |||||  || |||| ||| |||||||| ||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| || ||||||||| | |||| |||| ||||   |   |  ||| |     | | || | | |||  || ||   | ||  | |  |  |||||||||
------TGGAGGAGGCCCTAATTATCCCCTTCCTCCCTATGGTGGTGGTGGCTACATGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGCGGCGGTCCTGCATACAACCAGgtgatccaacctaaccattcagacaatcacatgtatgcaatactgcattgtgttattttgctttattaacataatacttttggcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|218503841|gb|FG957229.1|FG957229
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAG                         CCTATGATCTATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGTATGAGGAT
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAGgtaaaccaaa ... tttttggcagCCTATGATCTATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGAATGAGGAT
EST: gi|29639969|gb|CB644978.1|CB644978
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAG                         CCTATGATCTATGGT
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAGgtaaaccaaa ... tttttggcagCCTATGATCTATGGT
EST: gi|88394072|gb|CI684740.1|CI684740
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAG                         CCTATGATCTATGGTAGAGGA
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAGgtaaaccaaa ... tttttggcagCCTATGATCTATGGTAGAGGA
EST: gi|88326998|gb|CI676114.1|CI676114
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAG                         CCTATGATCTATGGTAGAG
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAGgtaaaccaaa ... tttttggcagCCTATGATCTATGGTAGAG
EST: gi|29640012|gb|CB645021.1|CB645021
EST:     GGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAG                         CCTATGATCTAT
genomic: GGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGG-TGGTGGTCCTGGATTCAACCAGgtaaaccaaa ... tttttggcagCCTATGATCTAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CAAGCCAGCAGGAGCTCCAAATTTTCCACTTCCTCCTTATGGTGGCTACATGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAGgtaaaccaaactaaacatttgtaggctaccatattgacattgtagtctgtctttatggacttttctccttttttttggcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG