1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
CAAGCCAGCAGGAGCTCCAAATTTTCCACTTCCTCCTTATGGTGGCTACATGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAGgtaaaccaaactaaacatttgtaggctaccatattgacattgtagtctgtctttatggacttttctccttttttttggcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os11g14430.1 |
intron # | 7 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAG CCTATGATCTATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGTATGAGGATEST: gi|29639969|gb|CB644978.1|CB644978
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAGgtaaaccaaa ... tttttggcagCCTATGATCTATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGAATGAGGAT
EST: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAG CCTATGATCTATGGTEST: gi|88394072|gb|CI684740.1|CI684740
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAGgtaaaccaaa ... tttttggcagCCTATGATCTATGGT
EST: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAG CCTATGATCTATGGTAGAGGAEST: gi|88326998|gb|CI676114.1|CI676114
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAGgtaaaccaaa ... tttttggcagCCTATGATCTATGGTAGAGGA
EST: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAG CCTATGATCTATGGTAGAGEST: gi|29640012|gb|CB645021.1|CB645021
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAGgtaaaccaaa ... tttttggcagCCTATGATCTATGGTAGAG
EST: GGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAG CCTATGATCTAT
genomic: GGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGG-TGGTGGTCCTGGATTCAACCAGgtaaaccaaa ... tttttggcagCCTATGATCTAT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CAAGCCAGCAGGAGCTCCAAATTTTCCACTTCCTCCTTATGGTGGCTACATGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAGgtaaaccaaactaaacatttgtaggctaccatattgacattgtagtctgtctttatggacttttctccttttttttggcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG