Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGGCCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctctgaatcatatttctgttccataaatgttcttgtaacgttaatgtggtacataggtgcacgcatgaataaaatattggaacaaacatatcg...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os08g44770.2
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os08g44770.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G106928_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 7
GTGGCCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctctgaatcatatttctgttccataaatgttcttg-taacgttaatgtggtacataggtgcacgcatgaataaaatattggaacaaacatatcg-
| ||||||||||| || |||  ||||||||||||||||||  |||| ||||| |||||||||  |     |||||| || |  |    ||    ||     | |||||  ||    |   |||   |  ||      || ||  |  |   |    
GGGGCCATGAGCTCAGCCTCTCTACTGGAAATGCTGGTGGAAGACTGGCATGTGgtatgttcattttgctatatttatggtgaaccgttgaatgtgactgggataatgatgtcagaaaaggcattga--aacttgtcatcggtgcccatccagtta
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86506140|gb|CI148773.1|CI148773
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|86513004|gb|CI155637.1|CI155637
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|86508198|gb|CI150831.1|CI150831
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|86421225|gb|CI057214.1|CI057214
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|88839545|gb|CI005333.1|CI005333
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|86534109|gb|CI174315.1|CI174315
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|86889161|gb|CI315772.1|CI315772
EST:     CCATGAGCTTATTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         TTGTTTTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|86864469|gb|CI334166.1|CI334166
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|86834311|gb|CI344071.1|CI344071
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|86528723|gb|CI168929.1|CI168929
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|87015771|gb|CI277729.1|CI277729
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|88985036|gb|CI011891.1|CI011891
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|88845738|gb|CI008735.1|CI008735
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|89161504|gb|CI099476.1|CI099476
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|87011952|gb|CI283839.1|CI283839
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|88208570|gb|CI208419.1|CI208419
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|88980612|gb|CI026674.1|CI026674
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|88996089|gb|CI037380.1|CI037380
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|218498098|gb|FG967282.1|FG967282
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|89163341|gb|CI100231.1|CI100231
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|86529872|gb|CI170078.1|CI170078
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|86504300|gb|CI146933.1|CI146933
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|88216068|gb|CI215917.1|CI215917
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|86510525|gb|CI153158.1|CI153158
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|88987550|gb|CI034464.1|CI034464
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|86544571|gb|CI184777.1|CI184777
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|86511754|gb|CI154387.1|CI154387
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|88975422|gb|CI023673.1|CI023673
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|88223278|gb|CI223127.1|CI223127
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|88983420|gb|CI028656.1|CI028656
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|89197874|gb|CI013864.1|CI013864
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|86425026|gb|CI070123.1|CI070123
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|88204781|gb|CI204630.1|CI204630
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|88975345|gb|CI023596.1|CI023596
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|86479222|gb|CI121855.1|CI121855
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|86593056|gb|CI255518.1|CI255518
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|88221590|gb|CI221546.1|CI221546
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|33805978|gb|CF328868.1|CF328868
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTAGTGGGCGACTTG-ATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|86528780|gb|CI168986.1|CI168986
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCA                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|89163339|gb|CI100229.1|CI100229
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|86420964|gb|CI056953.1|CI056953
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|88836667|gb|CI010923.1|CI010923
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|86528134|gb|CI168340.1|CI168340
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|94362563|gb|CI052682.1|CI052682
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|88202104|gb|CI202459.1|CI202459
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|40486867|gb|BX898179.1|BX898179
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|88904537|gb|CI012911.1|CI012911
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|88977576|gb|CI025312.1|CI025312
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|88987807|gb|CI017896.1|CI017896
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|86527878|gb|CI168084.1|CI168084
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGGTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|88835465|gb|CI005155.1|CI005155
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|86418762|gb|CI053563.1|CI053563
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|86508677|gb|CI151310.1|CI151310
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|86526897|gb|CI167103.1|CI167103
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|89170154|gb|CI039431.1|CI039431
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|88975959|gb|CI024210.1|CI024210
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|89169247|gb|CI038754.1|CI038754
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|89178504|gb|CI015209.1|CI015209
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|89178593|gb|CI015298.1|CI015298
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|88991730|gb|CI034868.1|CI034868
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|88217696|gb|CI217545.1|CI217545
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|86416925|gb|CI030936.1|CI030936
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|88835396|gb|CI005086.1|CI005086
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|89187924|gb|CI009908.1|CI009908
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|86512030|gb|CI154663.1|CI154663
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|38475413|gb|CF959546.1|CF959546
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGAGTGGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|89187021|gb|CI053424.1|CI053424
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|33805976|gb|CF328867.1|CF328867
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTAGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|88256889|gb|CI354670.1|CI354670
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|87033246|gb|CI187870.1|CI187870
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|88975836|gb|CI024087.1|CI024087
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|88214858|gb|CI212896.1|CI212896
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|88366020|gb|CI548267.1|CI548267
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|86261178|gb|CI004743.1|CI004743
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
EST: gi|86533041|gb|CI173247.1|CI173247
EST:     CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCG                         GTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG
genomic: CCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctc ... tgttgtgcagGTGTTGTTGGGCTGACCCCGTTGTAGGTCGCTGCAAGTTGCAGCTGAAGTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTGGCCATGAGCTTAGTCTCAGTACTGGAAATGCTGGTGGGCGACTTGCATGCGgtatgttctctgaatcatatttctgttccataaatgttcttgtaacgttaatgtggtacataggtgcacgcatgaataaaatattggaacaaacatatcg

- - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aataaaa