Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATTCTTGTCCATGGAAGTGGAAGACTCAGATTATTCTGCTTCTTTATCGCCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAGgtattggatattcccccatctttttgattaatctattacgagcctgttctaggcagccaagatttcccttagtcttgagcctcgttagttgtatccaccacaacaatcaatctatcatcagactatcgtgttaaaccactaactctagcaatctttcatacccaaatatttgcaaatattgcttcttgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os08g05650.2
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os08g05650.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G088549_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 7
GATTCTTGTCCATGGAAGTGGAAGACTCAGATTATTCTGCTTCTTTATCGCCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAGgtat------tggatattcccccatctttttgattaatctattacgagcctgttctaggcagccaagatttccct--tagtcttgagcctcgttagttgtatccaccacaacaatcaatctatcatcagactatcgtgttaaaccactaactctagcaatctttcatacccaaatatttgcaaatattgctt-cttgcag
|||||| ||||||||||| || || || ||| | || ||||||||| | ||||||||| | |||||||||||||| || || || |||||||||||||||||||      ||  | |      |||| |||        | || || ||   |  |   |    | |  ||      ||  ||||||| | ||    ||      ||   |  ||    ||  ||||||  | || ||       |      |  ||| |  |           |  |||| |  ||   || || ||||
GATTCTCGTCCATGGAAGCGGCAGGCTGAGACTGTTTTGCTTCTTTGTTGCCTATCAGCTCTGCTGGCATCTTCTACTCCCCTACGTGGAATATGTCAAGgtatgtatcgtgactttctttgtatctgtttacagcgcttgttgcg-gcggttcatgtacctatagggcttagtagatatccttgagcttagtagcatgctctttcctagaacataggact-ccatcagtttgtcttggcttcttagatgaccgtgcactgatgtggcattttgttgttgcgacaatgatttgctcgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86415449|gb|CI069852.1|CI069852
EST:     CCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAG                         GTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT
genomic: CCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAGgtattggata ... cttcttgcagGTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT
EST: gi|86844061|gb|CI336739.1|CI336739
EST:     CCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAG                         GTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT
genomic: CCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAGgtattggata ... cttcttgcagGTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT
EST: gi|86488767|gb|CI131400.1|CI131400
EST:     CCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAG                         GTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT
genomic: CCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAGgtattggata ... cttcttgcagGTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT
EST: gi|109712298|gb|CI104906.1|CI104906
EST:     CCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAG                         GTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT
genomic: CCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAGgtattggata ... cttcttgcagGTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT
EST: gi|88964632|gb|CI069980.1|CI069980
EST:     CCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAG                         GTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT
genomic: CCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAGgtattggata ... cttcttgcagGTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT
EST: gi|89164150|gb|CI101238.1|CI101238
EST:     CCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCCTATGTGGAATATGTCAAG                         GTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCCATTGGCCAAACCCACAATGGGTGCGGT
genomic: CCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAGgtattggata ... cttcttgcagGTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT
EST: gi|86485159|gb|CI127792.1|CI127792
EST:     TCAGTTTTGCTGGCATCTTCTCCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAG                         GTAAAACATGTTAAGGTCAGCCCTATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT
genomic: TCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAGgtattggata ... cttcttgcagGTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT
EST: gi|86846087|gb|CI339728.1|CI339728
EST:     CCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAG                         GTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT
genomic: CCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAGgtattggata ... cttcttgcagGTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT
EST: gi|86890006|gb|CI319995.1|CI319995
EST:     CCTATCAGTTGTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGT-GAATATGTCAAG                         GTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT
genomic: CCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAGgtattggata ... cttcttgcagGTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT
EST: gi|86426868|gb|CI071965.1|CI071965
EST:     CCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAG                         GTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT
genomic: CCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAGgtattggata ... cttcttgcagGTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT
EST: gi|27548428|gb|CA766393.2|CA766393
EST:     CCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAG                         GTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGGTGCGG
genomic: CCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAGgtattggata ... cttcttgcagGTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGG-TGCGG
EST: gi|86902879|gb|CI312256.1|CI312256
EST:     CCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAG                         GTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT
genomic: CCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAGgtattggata ... cttcttgcagGTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT
EST: gi|86874781|gb|CI325292.1|CI325292
EST:     CCTATCAATTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAG                         GTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT
genomic: CCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAGgtattggata ... cttcttgcagGTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT