Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATTCTTGTCCATGGAAGTGGAAGACTCAGATTATTCTGCTTCTTTATCGCCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAGgtattggatattcccccatctttttgattaatctattacgagcctgttctaggcagccaagatttcccttagtcttgagcctcgttagttgtatccaccacaacaatcaatctatcatcagactatcgtgttaaaccactaactctagcaatctttcatacccaaatatttgcaaatattgcttcttgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os08g05650.1
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os08g05650.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G088549_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 7
GATTCTTGTCCATGGAAGTGGAAGACTCAGATTATTCTGCTTCTTTATCGCCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAGgtat------tggatattcccccatctttttgattaatctattacgagcctgttctaggcagccaagatttccct--tagtcttgagcctcgttagttgtatccaccacaacaatcaatctatcatcagactatcgtgttaaaccactaactctagcaatctttcatacccaaatatttgcaaatattgctt-cttgcag
|||||| ||||||||||| || || || ||| | || ||||||||| | ||||||||| | |||||||||||||| || || || |||||||||||||||||||      ||  | |      |||| |||        | || || ||   |  |   |    | |  ||      ||  ||||||| | ||    ||      ||   |  ||    ||  ||||||  | || ||       |      |  ||| |  |           |  |||| |  ||   || || ||||
GATTCTCGTCCATGGAAGCGGCAGGCTGAGACTGTTTTGCTTCTTTGTTGCCTATCAGCTCTGCTGGCATCTTCTACTCCCCTACGTGGAATATGTCAAGgtatgtatcgtgactttctttgtatctgtttacagcgcttgttgcg-gcggttcatgtacctatagggcttagtagatatccttgagcttagtagcatgctctttcctagaacataggact-ccatcagtttgtcttggcttcttagatgaccgtgcactgatgtggcattttgttgttgcgacaatgatttgctcgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86415449|gb|CI069852.1|CI069852
EST:     CCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAG                         GTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT
genomic: CCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAGgtattggata ... cttcttgcagGTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT
EST: gi|86844061|gb|CI336739.1|CI336739
EST:     CCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAG                         GTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT
genomic: CCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAGgtattggata ... cttcttgcagGTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT
EST: gi|86488767|gb|CI131400.1|CI131400
EST:     CCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAG                         GTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT
genomic: CCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAGgtattggata ... cttcttgcagGTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT
EST: gi|109712298|gb|CI104906.1|CI104906
EST:     CCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAG                         GTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT
genomic: CCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAGgtattggata ... cttcttgcagGTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT
EST: gi|88964632|gb|CI069980.1|CI069980
EST:     CCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAG                         GTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT
genomic: CCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAGgtattggata ... cttcttgcagGTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT
EST: gi|89164150|gb|CI101238.1|CI101238
EST:     CCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCCTATGTGGAATATGTCAAG                         GTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCCATTGGCCAAACCCACAATGGGTGCGGT
genomic: CCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAGgtattggata ... cttcttgcagGTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT
EST: gi|86485159|gb|CI127792.1|CI127792
EST:     TCAGTTTTGCTGGCATCTTCTCCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAG                         GTAAAACATGTTAAGGTCAGCCCTATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT
genomic: TCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAGgtattggata ... cttcttgcagGTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT
EST: gi|86846087|gb|CI339728.1|CI339728
EST:     CCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAG                         GTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT
genomic: CCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAGgtattggata ... cttcttgcagGTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT
EST: gi|86890006|gb|CI319995.1|CI319995
EST:     CCTATCAGTTGTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGT-GAATATGTCAAG                         GTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT
genomic: CCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAGgtattggata ... cttcttgcagGTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT
EST: gi|27548428|gb|CA766393.2|CA766393
EST:     CCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAG                         GTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGGTGCGG
genomic: CCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAGgtattggata ... cttcttgcagGTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGG-TGCGG
EST: gi|86902879|gb|CI312256.1|CI312256
EST:     CCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAG                         GTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT
genomic: CCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAGgtattggata ... cttcttgcagGTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT
EST: gi|86874781|gb|CI325292.1|CI325292
EST:     CCTATCAATTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAG                         GTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT
genomic: CCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAGgtattggata ... cttcttgcagGTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 43 (upstream exon), 56 (downstream exon)
Score: 7

GATTCTTGTCCATGGAAGTGGAAGACTCAGATTATTCTGCTTCTTTATCGCCTATCAGTTTTGCTGGCATCTTCTTCTGCCTTATGTGGAATATGTCAAGgtattggata ... cttcttgcagGTAAAACATGTTAAGGTCAGGCCAATTGGCAAAACCCACAATGGGTGCGGTGTTGACGGAGAGCTTATTCTTGGAGAGGGCCAAACAGAATGGCAGTGCT




<











<


<